- final double new_d = ( getDvalueUnmapped( otu1, _mappings[ j ] ) + getDvalue( j, otu2 ) - d ) / 2;
- System.out.print( DF.format( new_d ) + " " );
- // System.out.println( "going to remove: " + getDvalueUnmapped( otu1, _mappings[ j ] ) + ", " + otu1 + ", "
- // + _mappings[ j ] );
- if ( otu1 < _mappings[ j ] ) {
- _s.removePairing( getDvalueUnmapped( otu1, _mappings[ j ] ), otu1, _mappings[ j ] );
+ final int mj = _mappings[ j ];
+ // final double new_d = ( getDvalueUnmapped( otu1, _mappings[ j ] ) + getDvalue( j, otu2 ) - d ) / 2;
+ // System.out.println( "\nnew d value: " + DF.format( new_d ) );
+ if ( otu1 < mj ) {
+ _s.removePairing( _d_values[ otu1 ][ mj ], otu1, mj );