- r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
- new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
- ALGORITHM.GSDIR,
- REROOTING.NONE,
- null,
- 10,
- 19,
- true,
- false,
- true );
- if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 10 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
- return false;
- }
- if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 4 ) {
- return false;
- }
- m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
- if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,10,0,0,10,0,0" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,0,10,0,0,0,0" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,0,0,10,0,0,0" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,10,0,0,10,0,0" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,0,0,0,0,10,0" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,0,0,0,0,0,10" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
- return false;
- }
- //
- r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxcode_1.run1.t" ),
- new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
- ALGORITHM.GSDIR,
- REROOTING.BY_ALGORITHM,
- "",
- -1,
- -1,
- true,
- false,
- true );
- if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 201 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 3 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 2 ) {
- return false;
- }
- if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
- return false;
- }
- if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 0 ) {
- return false;
- }
- m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
- if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "BCDO2_HUMAN,201,201,201" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "Q1RLW1_DANRE,201,201,201" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
- return false;
- }
- if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "Q6DIN7_XENTR,201,201,201" ) ) {
- System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
- return false;
- }
+ // r0 = RIO.executeAnalysis( new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_mb_taxsn.run1.t" ),
+ // new File( PATH_TO_TEST_DATA + "rio_tol_1.xml" ),
+ // ALGORITHM.GSDIR,
+ // REROOTING.NONE,
+ // null,
+ // 10,
+ // 19,
+ // true,
+ // false,
+ // true );
+ // if ( r0.getGSDIRtaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
+ // return false;
+ // }
+ // if ( r0.getAnalyzedGeneTrees().length != 10 ) {
+ // return false;
+ // }
+ // if ( r0.getExtNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 6 ) {
+ // return false;
+ // }
+ // if ( r0.getIntNodesOfAnalyzedGeneTrees() != 5 ) {
+ // return false;
+ // }
+ // if ( r0.getRemovedGeneTreeNodes().size() != 0 ) {
+ // return false;
+ // }
+ // if ( ForesterUtil.roundToInt( r0.getDuplicationsStatistics().median() ) != 4 ) {
+ // return false;
+ // }
+ // m = RIO.calculateOrthologTable( r0.getAnalyzedGeneTrees(), true );
+ // if ( !m.getRowAsString( 0, ',' ).equals( "A7SHU1_Nematostella_vectensis,10,0,0,10,0,0" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 0, ',' ) );
+ // return false;
+ // }
+ // if ( !m.getRowAsString( 1, ',' ).equals( "BCDO2_Homo_sapiens,0,10,0,0,0,0" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 1, ',' ) );
+ // return false;
+ // }
+ // if ( !m.getRowAsString( 2, ',' ).equals( "BCDO2_Mus_musculus,0,0,10,0,0,0" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 2, ',' ) );
+ // return false;
+ // }
+ // if ( !m.getRowAsString( 3, ',' ).equals( "H2ZH97_Ciona_savignyi,10,0,0,10,0,0" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 3, ',' ) );
+ // return false;
+ // }
+ // if ( !m.getRowAsString( 4, ',' ).equals( "Q1RLW1_Danio_rerio,0,0,0,0,10,0" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 4, ',' ) );
+ // return false;
+ // }
+ // if ( !m.getRowAsString( 5, ',' ).equals( "Q6DIN7_Xenopus_tropicalis,0,0,0,0,0,10" ) ) {
+ // System.out.println( m.getRowAsString( 5, ',' ) );
+ // return false;
+ // }