- private static boolean testBasicProtein() {
- try {
- // A0 A10 B15 A20 B25 A30 B35 B40 C50 A60 C70 D80
- final Domain A0 = new BasicDomain( "A", 0, 25, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain A10 = new BasicDomain( "A", 10, 11, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain B15 = new BasicDomain( "B", 11, 16, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain A20 = new BasicDomain( "A", 20, 100, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain B25 = new BasicDomain( "B", 25, 26, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain A30 = new BasicDomain( "A", 30, 31, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain B35 = new BasicDomain( "B", 31, 40, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain B40 = new BasicDomain( "B", 40, 600, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain C50 = new BasicDomain( "C", 50, 59, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain A60 = new BasicDomain( "A", 60, 395, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain C70 = new BasicDomain( "C", 70, 71, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final Domain D80 = new BasicDomain( "D", 80, 81, ( short ) 1, ( short ) 4, 0.1, -12 );
- final BasicProtein p = new BasicProtein( "p", "owl", 0 );
- p.addProteinDomain( B15 );
- p.addProteinDomain( C50 );
- p.addProteinDomain( A60 );
- p.addProteinDomain( A30 );
- p.addProteinDomain( C70 );
- p.addProteinDomain( B35 );
- p.addProteinDomain( B40 );
- p.addProteinDomain( A0 );
- p.addProteinDomain( A10 );
- p.addProteinDomain( A20 );
- p.addProteinDomain( B25 );
- p.addProteinDomain( D80 );
- List<DomainId> domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids.add( new DomainId( "X" ) );
- if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( !p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "X" ) );
- if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "X" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- domains_ids = new ArrayList<DomainId>();
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "B" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "A" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "C" ) );
- domains_ids.add( new DomainId( "D" ) );
- if ( !p.contains( domains_ids, false ) ) {
- return false;
- }
- if ( p.contains( domains_ids, true ) ) {
- return false;
- }
- }
- catch ( final Exception e ) {
- e.printStackTrace( System.out );
- return false;
- }
- return true;
- }
-