-
- private static List<UniProtTaxonomy> resolveFakeTaxonomyCodes( final int max_taxonomies_return, final String code )
- throws IOException {
- if ( code.equals( "CAP" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "283909", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "FUGRU" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "31033", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "GIALA" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "5741", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "TRIVE" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "413071", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "CAPOWC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "192875", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "SPHARC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "667725", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "THETRA" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "529818", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "CHLVUL" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "574566", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "CITCLE" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "85681", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "MYCPOP" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "85929", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "AGABB" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "597362", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "BAUCOM" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "430998", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "DICSQU" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "114155", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "FOMPIN" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "40483", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "HYDMA" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "6085", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "MYCFI" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "83344", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "OIDMAI" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "78148", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "OSTRC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "385169", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "POSPL" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "104341", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "SAICOM" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "5606", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "SERLA" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "85982", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "SPORO" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "40563", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "ACRALC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "398408", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "THITER" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "35720", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "MYCTHE" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "78579", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "CONPUT" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "80637", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "WOLCOC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "81056", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "CLAGRA" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "27339", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "XANPAR" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "107463", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "HYDPIN" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "388859", max_taxonomies_return );
- }
- else if ( code.equals( "SERLAC" ) ) {
- return getTaxonomiesFromId( "85982", max_taxonomies_return );
- }
- else {
- return null;
- }
- }
-
- private static List<UniProtTaxonomy> uniProtTaxonomyToList( final UniProtTaxonomy tax ) {
- final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
- l.add( tax );
- return l;
- }
-
- public enum Db {
- UNIPROT, EMBL, NCBI, NONE, REFSEQ;
- }