+ def get_base_name n
+ if n.downcase.end_with?( "_ni.fasta" )
+ n[ 0 .. n.length - 10 ]
+ elsif n.downcase.end_with?( ".fasta" )
+ n[ 0 .. n.length - 7 ]
+ elsif n.downcase.end_with?( "_ni.fsa" )
+ n[ 0 .. n.length - 8 ]
+ elsif n.downcase.end_with?( ".fsa" )
+ n[ 0 .. n.length - 5 ]
+ else
+ n
+ end
+ end
+