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JAL-1483 cut and paste from SW score model to allow scores based on sequences to...
[jalview.git] / help / html / calculations / sorting.html
diff --git a/help/html/calculations/sorting.html b/help/html/calculations/sorting.html
index 47522ee..bbbca5c 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/sorting.html
+++ b/help/html/calculations/sorting.html
@@ -1,4 +1,22 @@
 <html>
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+-->
 <head>
 <title>Sorting Sequences</title>
 </head>
 <head>
 <title>Sorting Sequences</title>
 </head>
@@ -34,8 +52,13 @@ alignments by some measure of sequence identity.<br>
 If the current alignment has been generated by one of Jalview's
 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
 its corresponding entry in the Sort menu.
 If the current alignment has been generated by one of Jalview's
 alignment web services, the alignment ordering can be recovered by
 its corresponding entry in the Sort menu.
-</p><p>
+</p>
 </li>
 </li>
+<li><p><strong>Sort by Score</strong></p>
+<p>This menu appears if the alignment contains any <a href="../features/annotationsFormat.html">sequence associated
+alignment annotation</a> with associated score values. Each entry is the
+label for a distinct group of sequence associated annotation
+scores which can be used for sorting.</p>
 </ul>
 <p><strong>Reversing the Order</strong></p>
 <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an
 </ul>
 <p><strong>Reversing the Order</strong></p>
 <p>Selecting any item from the Sort menu will sort sequences in an