git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html
index a75a3a1..1965e70 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -27,11 +27,8 @@
   <p>
     <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
   </p>
   <p>
     <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
   </p>
-  <p>
-    Jalview includes a client for retrieving sequences and their
-    features via the <a href="http://www.biodas.org">Distributed
-      Annotation System</a>.
-  </p>
+  <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their
+    features via the Distributed Annotation System.</p>
   <ol>
     <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
       -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
   <ol>
     <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
       -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
@@ -51,15 +48,15 @@
     </li>
   </ol>
   <p>
     </li>
   </ol>
   <p>
-    If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
-    accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
+    If your DAS source selection contains sources which use UniProt
+    accession ids, you will be asked whether Jalview should find UniProt
     Accession ids for the given sequence names. It is important to
     Accession ids for the given sequence names. It is important to
-    realise that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather
-    than Swissprot/Uniprot sequence names.<br> The <a
-      href="../webServices/dbreffetcher.html"
-    >database reference fetcher</a> documentation describes how Jalview
-    discovers what database references are appropriate for the sequences
-    in the alignment.
+    realise that many DAS sources only use UniProt accession ids, rather
+    than Swissprot/UniProt sequence names.<br> The <a
+      href="../webServices/dbreffetcher.html">database
+      reference fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers
+    what database references are appropriate for the sequences in the
+    alignment.
   <ul>
     <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
       alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
   <ul>
     <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
       alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
@@ -69,6 +66,12 @@
   <p>
     <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
   </p>
   <p>
     <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
   </p>
+  <br />
+  <p>
+    <em>The DAS registry at http://www.dasregistry.org was
+      decommissioned early in 2015. An unmaintained mirror is currently
+      hosted at http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/.</em>
+  </p>
   <p>&nbsp;
 </body>
 </html>
   <p>&nbsp;
 </body>
 </html>