- // av.setCurrentTree(tree);
- //
- // /*
- // * isPopupTrigger is set for mousePressed (Mac)
- // * or mouseReleased (Windows)
- // */
- // if (e.isPopupTrigger())
- // {
- // if (highlightNode != null)
- // {
- // chooseSubtreeColour();
- // }
- // return;
- // }
- //
- // /*
- // * defer right-click handling on Windows to
- // * mouseClicked; note isRightMouseButton
- // * also matches Cmd-click on Mac which should do
- // * nothing here
- // */
- // if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
- // {
- // return;
- // }
- //
- // int x = e.getX();
- // int y = e.getY();
- //
- // Object ob = findElement(x, y);
- //
- // if (ob instanceof SequenceI)
- // {
- // treeSelectionChanged((Sequence) ob);
- // PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
- // repaint();
- // av.sendSelection();
- // return;
- // }
- // else if (!(ob instanceof SequenceNode))
- // {
- // // Find threshold
- // if (tree.getMaxHeight() != 0)
- // {
- // threshold = (float) (x - offx)
- // / (float) (getWidth() - labelLength - (2 * offx));
- //
- // List<SequenceNode> groups = tree.groupNodes(threshold);
- // setColor(tree.getTopNode(), Color.black);
- //
- // AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();
- //
- // // TODO push calls below into a single AlignViewportI method?
- // // see also AlignViewController.deleteGroups
- // for (int a = 0; a < aps.length; a++)
- // {
- // aps[a].av.setSelectionGroup(null);
- // aps[a].av.getAlignment().deleteAllGroups();
- // aps[a].av.clearSequenceColours();
- // if (aps[a].av.getCodingComplement() != null)
- // {
- // aps[a].av.getCodingComplement().setSelectionGroup(null);
- // aps[a].av.getCodingComplement().getAlignment()
- // .deleteAllGroups();
- // aps[a].av.getCodingComplement().clearSequenceColours();
- // }
- // }
- // colourGroups(groups);
- // }
- //
- // PaintRefresher.Refresh(tp, ap.av.getSequenceSetId());
- // repaint();
- // }