- fr = Math.min(lastXci.cStart, lastXci.cEnd);
- to = Math.max(lastXci.cStart, lastXci.cEnd);
- jalview.bin.Console.trace("Marking " + fr + " to " + to);
- for (int c = fr; c <= to; c++)
- {
- if (cma.sequenceRef != null)
- {
- int col = cma.sequenceRef.findIndex(c);
- av.getColumnSelection().addElement(col);
- }
- else
- {
- av.getColumnSelection().addElement(c);
- }
- }
- fr = Math.min(cXci.cStart, cXci.cEnd);
- to = Math.max(cXci.cStart, cXci.cEnd);
- jalview.bin.Console.trace("Marking " + fr + " to " + to);
- for (int c = fr; c <= to; c++)
+ fr = Math.min(lastXci.cStart, cXci.cStart);
+ to = Math.max(lastXci.cEnd, cXci.cEnd);
+ int[] mappedPos = forFromX.getMappedPositionsFor(fr, to);
+ if (mappedPos != null)