+ resIndex = regex.matchedFrom();\r
+\r
+\r
+ if(rubberband!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<rubberband.getStartRes())\r
+ continue;\r
+\r
+ searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
+ searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
+ searchResults.add( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
+\r
+ SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
+ resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
+ regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString())\r
+ );\r
+ sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
+ searchGroup.addGroup( sg );\r