- searchResults.add( Integer.toString( resIndex) );\r
- searchResults.add( Integer.toString( matcher.end()-1 ) );\r
+ searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
+ searchResults.add( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
+\r
+ SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
+ resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
+ regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString())\r
+ );\r
+ sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
+ searchGroup.addGroup( sg );\r
+\r