- // int[] intervals = colsel.getVisibleContigs(
- // seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- List<int[]> intervals = hidden.getVisibleContigs(
- seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
- for (int[] region : intervals)
+ Iterator<int[]> intervals = hidden
+ .getVisContigsIterator(seqsel.getStartRes(),
+ seqsel.getEndRes() + 1, false);
+ while (intervals.hasNext())