- int[] intervals = colsel.getVisibleContigs(seqsel
- .getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
+ // int[] intervals = colsel.getVisibleContigs(
+ // seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);
+ int[] intervals = hidden.getVisibleContigs(
+ seqsel.getStartRes(), seqsel.getEndRes() + 1);