+ public void printGroups(List<SequenceGroup> list)\r
+ {\r
+ SequenceI seqrep = null;\r
+ for (SequenceGroup sg:list)\r
+ {\r
+ if (!sg.hasSeqrep())\r
+ {\r
+ text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"\r
+ + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1)\r
+ + "\t" + "-1\t");\r
+ seqrep = null;\r
+ }\r
+ else\r
+ {\r
+ seqrep = sg.getSeqrep();\r
+ text.append("SEQUENCE_REF\t");\r
+ text.append(seqrep.getName());\r
+ text.append(newline);\r
+ text.append("SEQUENCE_GROUP\t");\r
+ text.append(sg.getName());\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append((seqrep.findPosition(sg.getStartRes())));\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append((seqrep.findPosition(sg.getEndRes())));\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append("-1\t");\r
+ }\r
+ for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
+ {\r
+ text.append(sg.getSequenceAt(s).getName());\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ text.append(newline);\r
+ text.append("PROPERTIES\t");\r
+ text.append(sg.getName());\r
+ text.append("\t");\r
+\r
+ if (sg.getDescription() != null)\r
+ {\r
+ text.append("description=");\r
+ text.append(sg.getDescription());\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ if (sg.cs != null)\r
+ {\r
+ text.append("colour=");\r
+ text.append(ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs));\r
+ text.append("\t");\r
+ if (sg.cs.getThreshold() != 0)\r
+ {\r
+ text.append("pidThreshold=");\r
+ text.append(sg.cs.getThreshold());\r
+ }\r
+ if (sg.cs.conservationApplied())\r
+ {\r
+ text.append("consThreshold=");\r
+ text.append(sg.cs.getConservationInc());\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ }\r
+ text.append("outlineColour=");\r
+ text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()));\r
+ text.append("\t");\r
+\r
+ text.append("displayBoxes=");\r
+ text.append(sg.getDisplayBoxes());\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append("displayText=");\r
+ text.append(sg.getDisplayText());\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append("colourText=");\r
+ text.append(sg.getColourText());\r
+ text.append("\t");\r
+ text.append("showUnconserved=");\r
+ text.append(sg.getShowNonconserved());\r
+ text.append("\t");\r
+ if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
+ {\r
+ text.append("textCol1=");\r
+ text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour));\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
+ {\r
+ text.append("textCol2=");\r
+ text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2));\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ if (sg.thresholdTextColour != 0)\r
+ {\r
+ text.append("textColThreshold=");\r
+ text.append(sg.thresholdTextColour);\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ if (sg.idColour != null)\r
+ {\r
+ text.append("idColour=");\r
+ text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour));\r
+ text.append("\t");\r
+ }\r
+ if (sg.isHidereps())\r
+ {\r
+ text.append("hide=true\t");\r
+ }\r
+ if (sg.isHideCols())\r
+ {\r
+ text.append("hidecols=true\t");\r
+ }\r
+ if (seqrep != null)\r
+ {\r
+ // terminate the last line and clear the sequence ref for the group\r
+ text.append(newline);\r
+ text.append("SEQUENCE_REF");\r
+ }\r
+ text.append(newline);\r
+ text.append(newline);\r
+\r
+ }\r
+ }\r