- // public RnamlFile(BufferedReader r) throws IOException,
- // ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException,
- // ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed
- // {
- // super();
- // parse(r);
- // // sets the index of each sequence in the alignment
- // for( int i=0,c=seqs.size(); i<c; i++ ) {
- // seqs.get(i).setIndex(i);
- // }
- //
- //
- // }
-