git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-2446 merged to spike branch
[jalview.git] / src / jalview / renderer / AnnotationRenderer.java
diff --git a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
index 61194ce..518c179 100644 (file)
--- a/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
+++ b/src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
@@ -22,13 +22,19 @@ package jalview.renderer;
 
 import jalview.analysis.AAFrequency;
 import jalview.analysis.CodingUtils;
 
 import jalview.analysis.AAFrequency;
 import jalview.analysis.CodingUtils;
+import jalview.analysis.Rna;
 import jalview.analysis.StructureFrequency;
 import jalview.api.AlignViewportI;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.Annotation;
 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
 import jalview.analysis.StructureFrequency;
 import jalview.api.AlignViewportI;
 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
 import jalview.datamodel.Annotation;
 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
+import jalview.datamodel.HiddenColumns;
+import jalview.datamodel.ProfilesI;
 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
+import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
 import jalview.schemes.ResidueProperties;
 import jalview.schemes.ResidueProperties;
+import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
+import jalview.util.Platform;
 
 import java.awt.BasicStroke;
 import java.awt.Color;
 
 import java.awt.BasicStroke;
 import java.awt.Color;
@@ -43,8 +49,6 @@ import java.awt.image.ImageObserver;
 import java.util.BitSet;
 import java.util.Hashtable;
 
 import java.util.BitSet;
 import java.util.Hashtable;
 
-import com.stevesoft.pat.Regex;
-
 public class AnnotationRenderer
 {
   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
 public class AnnotationRenderer
 {
   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
@@ -58,96 +62,24 @@ public class AnnotationRenderer
    */
   private final boolean debugRedraw;
 
    */
   private final boolean debugRedraw;
 
-  public AnnotationRenderer()
-  {
-    this(false);
-  }
-
-  /**
-   * Create a new annotation Renderer
-   * 
-   * @param debugRedraw
-   *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
-   *          output
-   */
-  public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
-  {
-    this.debugRedraw = debugRedraw;
-  }
-
-  public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
-          int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
-          int column, boolean validRes, boolean validEnd)
-  {
-    g.setColor(STEM_COLOUR);
-    int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
-    int x1 = lastSSX;
-    int x2 = (x * charWidth);
-    Regex closeparen = new Regex("(\\))");
-
-    char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
-            : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
-
-    boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
-            || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
-    boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
-            || row_annotations[column] == null
-            || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
-    // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
-    // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
-    if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
-    {
-
-      if (diffupstream)
-      // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
-      // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
-      {
-        g.fillPolygon(new int[]
-        { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
-        { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
-        x1 += 5;
-      }
-      if (diffdownstream)
-      {
-        x2 -= 1;
-      }
-    }
-    else
-    {
-
-      // display a forward arrow
-      if (diffdownstream)
-      {
-        g.fillPolygon(new int[]
-        { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
-        { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
-        x2 -= 5;
-      }
-      if (diffupstream)
-      {
-        x1 += 1;
-      }
-    }
-    // draw arrow body
-    g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
-  }
-
   private int charWidth, endRes, charHeight;
 
   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 
   private FontMetrics fm;
 
   private int charWidth, endRes, charHeight;
 
   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 
   private FontMetrics fm;
 
-  private final boolean MAC = jalview.util.Platform.isAMac();
+  private final boolean MAC = Platform.isAMac();
 
   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
           av_normaliseProfile = false;
 
 
   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
           av_normaliseProfile = false;
 
-  ColourSchemeI profcolour = null;
+  ResidueShaderI profcolour = null;
 
   private ColumnSelection columnSelection;
 
   private ColumnSelection columnSelection;
+  
+  private HiddenColumns hiddenColumns;
 
 
-  private Hashtable[] hconsensus;
+  private ProfilesI hconsensus;
 
   private Hashtable[] complementConsensus;
 
 
   private Hashtable[] complementConsensus;
 
@@ -196,7 +128,96 @@ public class AnnotationRenderer
    */
   private boolean canClip = false;
 
    */
   private boolean canClip = false;
 
-  public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
+  public AnnotationRenderer()
+  {
+    this(false);
+  }
+
+  /**
+   * Create a new annotation Renderer
+   * 
+   * @param debugRedraw
+   *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
+   *          output
+   */
+  public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
+  {
+    this.debugRedraw = debugRedraw;
+  }
+
+  /**
+   * Remove any references and resources when this object is no longer required
+   */
+  public void dispose()
+  {
+    hconsensus = null;
+    complementConsensus = null;
+    hStrucConsensus = null;
+    fadedImage = null;
+    annotationPanel = null;
+  }
+
+  void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
+          int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
+          boolean validRes, boolean validEnd)
+  {
+    g.setColor(STEM_COLOUR);
+    int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
+    int x1 = lastSSX;
+    int x2 = (x * charWidth);
+
+    char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
+            : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
+
+    boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
+            || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
+    boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
+            || row_annotations[column] == null
+            || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
+
+    if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
+    {
+      if (diffupstream)
+      // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
+      // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
+      {
+        /*
+         * if new annotation with a closing base pair half of the stem, 
+         * display a backward arrow
+         */
+        g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
+                new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
+                    y + 8 + iconOffset }, 3);
+        x1 += 5;
+      }
+      if (diffdownstream)
+      {
+        x2 -= 1;
+      }
+    }
+    else
+    {
+      // display a forward arrow
+      if (diffdownstream)
+      {
+        /*
+         * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem, 
+         * display a forward arrow
+         */
+        g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
+            y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
+        x2 -= 5;
+      }
+      if (diffupstream)
+      {
+        x1 += 1;
+      }
+    }
+    // draw arrow body
+    g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
+  }
+
+  void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
           boolean validEnd)
           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
           boolean validEnd)
@@ -207,7 +228,6 @@ public class AnnotationRenderer
     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
     int x1 = lastSSX;
     int x2 = (x * charWidth);
     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
     int x1 = lastSSX;
     int x2 = (x * charWidth);
-    Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 
     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 
     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
@@ -219,17 +239,16 @@ public class AnnotationRenderer
             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
-    if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
-                                            // )
+    if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
     {
 
       if (diffupstream)
       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
       {
     {
 
       if (diffupstream)
       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
       {
-        g.fillPolygon(new int[]
-        { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
-        { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
+        g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
+                new int[] { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,
+                    y + 8 + iconOffset }, 3);
         x1 += 5;
       }
       if (diffdownstream)
         x1 += 5;
       }
       if (diffdownstream)
@@ -243,9 +262,8 @@ public class AnnotationRenderer
       // display a forward arrow
       if (diffdownstream)
       {
       // display a forward arrow
       if (diffdownstream)
       {
-        g.fillPolygon(new int[]
-        { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
-        { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
+        g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[] {
+            y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
         x2 -= 5;
       }
       if (diffupstream)
         x2 -= 5;
       }
       if (diffupstream)
@@ -292,22 +310,27 @@ public class AnnotationRenderer
   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
   {
     charWidth = av.getCharWidth();
   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
   {
     charWidth = av.getCharWidth();
-    endRes = av.getEndRes();
+    endRes = av.getRanges().getEndRes();
     charHeight = av.getCharHeight();
     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
     charHeight = av.getCharHeight();
     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
-    profcolour = av.getGlobalColourScheme();
-    if (profcolour == null)
+    profcolour = av.getResidueShading();
+    if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
     {
     {
-      // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
-      // colourscheme set
-      profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
-              : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
+      /*
+       * Use default colour for sequence logo if 
+       * the alignment has no colourscheme set
+       * (would like to use user preference but n/a for applet)
+       */
+      ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
+              : new ZappoColourScheme();
+      profcolour = new ResidueShader(col);
     }
     columnSelection = av.getColumnSelection();
     }
     columnSelection = av.getColumnSelection();
+    hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
@@ -323,7 +346,7 @@ public class AnnotationRenderer
    * @param column
    * @return
    */
    * @param column
    * @return
    */
-  public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
+  int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
   {
     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
   {
     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
@@ -339,7 +362,7 @@ public class AnnotationRenderer
       {
         // TODO? group consensus for cDNA complement
         return AAFrequency.extractProfile(
       {
         // TODO? group consensus for cDNA complement
         return AAFrequency.extractProfile(
-                aa.groupRef.consensusData[column],
+                aa.groupRef.consensusData.get(column),
                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
       }
       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
       }
       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
@@ -353,7 +376,8 @@ public class AnnotationRenderer
         }
         else
         {
         }
         else
         {
-          return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
+          return AAFrequency.extractProfile(
+hconsensus.get(column),
                   av_ignoreGapsConsensus);
         }
       }
                   av_ignoreGapsConsensus);
         }
       }
@@ -569,7 +593,7 @@ public class AnnotationRenderer
         {
           if (hasHiddenColumns)
           {
         {
           if (hasHiddenColumns)
           {
-            column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
+            column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
             if (column > row_annotations.length - 1)
             {
               break;
             if (column > row_annotations.length - 1)
             {
               break;
@@ -600,14 +624,9 @@ public class AnnotationRenderer
 
               if (columnSelection != null)
               {
 
               if (columnSelection != null)
               {
-                for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
+                if (columnSelection.contains(column))
                 {
                 {
-                  int v = columnSelection.columnAt(n);
-
-                  if (v == column)
-                  {
-                    g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
-                  }
+                  g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
                 }
               }
             }
                 }
               }
             }
@@ -634,17 +653,17 @@ public class AnnotationRenderer
                 //
                 // if (scaleColLabel)
                 // {
                 //
                 // if (scaleColLabel)
                 // {
-                  // justify the label and scale to fit in column
-                  if (fmWidth > charWidth)
-                  {
-                    // scale only if the current font isn't already small enough
-                    fmScaling = charWidth;
-                    fmScaling /= fmWidth;
-                    g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
-                            .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
-                    // and update the label's width to reflect the scaling.
-                    fmWidth = charWidth;
-                  }
+                // justify the label and scale to fit in column
+                if (fmWidth > charWidth)
+                {
+                  // scale only if the current font isn't already small enough
+                  fmScaling = charWidth;
+                  fmScaling /= fmWidth;
+                  g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
+                          .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
+                  // and update the label's width to reflect the scaling.
+                  fmWidth = charWidth;
+                }
                 // }
               }
               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
                 // }
               }
               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
@@ -757,7 +776,7 @@ public class AnnotationRenderer
                             validEnd);
                     break;
                   }
                             validEnd);
                     break;
                   }
-
+                  // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
                 case 'E':
                   if (!isRNA)
                   {
                 case 'E':
                   if (!isRNA)
                   {
@@ -766,6 +785,7 @@ public class AnnotationRenderer
                             validEnd);
                     break;
                   }
                             validEnd);
                     break;
                   }
+                  // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 
                 case '{':
                 case '}':
 
                 case '{':
                 case '}':
@@ -873,7 +893,6 @@ public class AnnotationRenderer
         {
           validRes = true;
         }
         {
           validRes = true;
         }
-
         // x ++;
 
         if (row.hasIcons)
         // x ++;
 
         if (row.hasIcons)
@@ -888,6 +907,7 @@ public class AnnotationRenderer
                       startRes, column, validRes, validEnd);
               break;
             }
                       startRes, column, validRes, validEnd);
               break;
             }
+            // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 
           case 'E':
             if (!isRNA)
 
           case 'E':
             if (!isRNA)
@@ -896,6 +916,7 @@ public class AnnotationRenderer
                       startRes, column, validRes, validEnd);
               break;
             }
                       startRes, column, validRes, validEnd);
               break;
             }
+            // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 
           case '(':
           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 
           case '(':
           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
@@ -1076,15 +1097,15 @@ public class AnnotationRenderer
 
   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
 
 
   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
 
-  public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
-          int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
+  void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
+          int y, int iconOffset, int startRes, int column,
           boolean validRes, boolean validEnd)
   {
     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
   }
 
           boolean validRes, boolean validEnd)
   {
     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
   }
 
-  public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
+  void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
 
   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
           boolean validRes, boolean validEnd)
 
   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
           boolean validRes, boolean validEnd)
@@ -1096,11 +1117,9 @@ public class AnnotationRenderer
     {
       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
     {
       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
-      g.fillPolygon(new int[]
-      { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
-              new int[]
-              { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
-              3);
+      g.fillPolygon(new int[] { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4,
+          (x * charWidth) }, new int[] { y + iconOffset,
+          y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset }, 3);
     }
     else
     {
     }
     else
     {
@@ -1110,8 +1129,8 @@ public class AnnotationRenderer
 
   }
 
 
   }
 
-  public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
-          int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
+  void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
+          int y, int iconOffset, int startRes, int column,
           boolean validRes, boolean validEnd)
   {
     g.setColor(HELIX_COLOUR);
           boolean validRes, boolean validEnd)
   {
     g.setColor(HELIX_COLOUR);
@@ -1170,7 +1189,7 @@ public class AnnotationRenderer
     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
   }
 
     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
   }
 
-  public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
+  void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
           float min, float max, int graphHeight)
   {
           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
           float min, float max, int graphHeight)
   {
@@ -1216,7 +1235,7 @@ public class AnnotationRenderer
       column = sRes + x;
       if (hasHiddenColumns)
       {
       column = sRes + x;
       if (hasHiddenColumns)
       {
-        column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
+        column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
       }
 
       if (column > aaMax)
       }
 
       if (column > aaMax)
@@ -1255,8 +1274,7 @@ public class AnnotationRenderer
       g.setColor(_aa.threshold.colour);
       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
       g.setColor(_aa.threshold.colour);
       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
-              BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
-              { 5f, 3f }, 0f));
+              BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
 
       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
 
       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
@@ -1264,7 +1282,7 @@ public class AnnotationRenderer
     }
   }
 
     }
   }
 
-  public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
+  void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
           boolean normaliseProfile)
           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
           boolean normaliseProfile)
@@ -1296,7 +1314,7 @@ public class AnnotationRenderer
       column = sRes + x;
       if (hasHiddenColumns)
       {
       column = sRes + x;
       if (hasHiddenColumns)
       {
-        column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
+        column = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(column);
       }
 
       if (column > aaMax)
       }
 
       if (column > aaMax)
@@ -1395,8 +1413,9 @@ public class AnnotationRenderer
             scl = htn * scale * profl[c++];
             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
                     .getFontRenderContext());
             scl = htn * scale * profl[c++];
             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
                     .getFontRenderContext());
-            g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
-                    wdth, scl / lm.getAscent())));
+            Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
+                    wdth, scl / lm.getAscent()));
+            g.setFont(font);
             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
 
             // Debug - render boxes around characters
             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
 
             // Debug - render boxes around characters
@@ -1439,8 +1458,7 @@ public class AnnotationRenderer
       g.setColor(_aa.threshold.colour);
       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
       g.setColor(_aa.threshold.colour);
       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
-              BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
-              { 5f, 3f }, 0f));
+              BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f }, 0f));
 
       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
               * _aa.graphHeight);
 
       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
               * _aa.graphHeight);