-\r
- static final int[][] BLOSUM62 = {\r
- //A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V B Z X -\r
- { 4 ,-1, -2 ,-2 , 0 ,-1 ,-1 , 0 ,-2 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-2 ,-1 , 1 , 0 ,-3 ,-2 , 0 ,-2, -1 , 0 ,-4},\r
- {-1 , 5 , 0 ,-2 ,-3 , 1 , 0 ,-2 , 0 ,-3 ,-2 , 2 ,-1 ,-3 ,-2 ,-1 ,-1 ,-3 ,-2 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-4 },\r
- {-2 , 0 , 6 , 1 ,-3 , 0 , 0 , 0 , 1 ,-3 ,-3 , 0 ,-2 ,-3 ,-2 , 1 , 0 ,-4 ,-2 ,-3 , 3 , 0 ,-1 ,-4 },\r
- {-2 ,-2 , 1 , 6 ,-3 , 0 , 2 ,-1 ,-1 ,-3 ,-4 ,-1 ,-3 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-4 ,-3 ,-3 , 4 , 1 ,-1 ,-4 },\r
- { 0 , 3 ,-3 ,-3 , 9 ,-3 ,-4 ,-3 ,-3 ,-1 ,-1 ,-3 ,-1 ,-2 ,-3 ,-1 ,-1 ,-2 ,-2 ,-1 ,-3 ,-3 ,-2 ,-4 },\r
- {-1 , 1 , 0 , 0 ,-3 , 5 , 2 ,-2 , 0 ,-3 ,-2 , 1 , 0 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-2 ,-1 ,-2 , 0 , 3 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 , 0 , 0 , 2 ,-4 , 2 , 5 ,-2 , 0 ,-3 ,-3 , 1 ,-2 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-3 ,-2 ,-2 , 1 , 4 ,-1 ,-4 },\r
- { 0 ,-2 , 0 ,-1 ,-3 ,-2 ,-2 , 6 ,-2 ,-4 ,-4 ,-2 ,-3 ,-3 ,-2 , 0 ,-2 ,-2 ,-3 ,-3 ,-1 ,-2 ,-1 ,-4 },\r
- {-2 , 0 , 1 ,-1 ,-3 , 0 , 0 ,-2 , 8 ,-3 ,-3 ,-1 ,-2 ,-1 ,-2 ,-1 ,-2 ,-2 , 2 ,-3 , 0 , 0 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 ,-3 ,-3 ,-3 ,-1 ,-3 ,-3 ,-4 ,-3 , 4 , 2 ,-3 , 1 , 0 ,-3 ,-2 ,-1 ,-3 ,-1 , 3 ,-3 ,-3 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 ,-2 ,-3 ,-4 ,-1 ,-2 ,-3 ,-4 ,-3 , 2 , 4 ,-2 , 2 , 0 ,-3 ,-2 ,-1 ,-2 ,-1 , 1 ,-4 ,-3 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 , 2 , 0 ,-1 ,-3 , 1 , 1 ,-2 ,-1 ,-3 ,-2 , 5 ,-1 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-3 ,-2 ,-2 , 0 , 1 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 ,-1 ,-2 ,-3 ,-1 , 0 ,-2 ,-3 ,-2 , 1 , 2 ,-1 , 5 , 0 ,-2 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 , 1 ,-3 ,-1 ,-1 ,-4 },\r
- {-2 ,-3 ,-3 ,-3 ,-2 ,-3 ,-3 ,-3 ,-1 , 0 , 0 ,-3 , 0 , 6 ,-4 ,-2 ,-2 , 1 , 3 ,-1 ,-3 ,-3 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 ,-2 ,-2 ,-1 ,-3 ,-1 ,-1 ,-2 ,-2 ,-3 ,-3 ,-1 ,-2 ,-4 , 7 ,-1 ,-1 ,-4 ,-3 ,-2 ,-2 ,-1 ,-2 ,-4 },\r
- { 1 ,-1 , 1 , 0 ,-1 , 0 , 0 , 0 ,-1 ,-2 ,-2 , 0 ,-1 ,-2 ,-1 , 4 , 1 ,-3 ,-2 ,-2 , 0 , 0 , 0 ,-4 },\r
- { 0 ,-1 , 0 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-2 ,-2 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-2 ,-1 , 1 , 5 ,-2 ,-2 , 0 ,-1 ,-1 , 0 ,-4 },\r
- {-3 ,-3 ,-4 ,-4 ,-2 ,-2 ,-3 ,-2 ,-2 ,-3 ,-2 ,-3 ,-1 , 1 ,-4 ,-3 ,-2 ,11 , 2 ,-3 ,-4 ,-3 ,-2 ,-4 },\r
- {-2 ,-2 ,-2 ,-3 ,-2 ,-1 ,-2 ,-3 , 2 ,-1 ,-1 ,-2 ,-1 , 3 ,-3 ,-2 ,-2 , 2 , 7 ,-1 ,-3 ,-2 ,-1 ,-4 },\r
- { 0 ,-3 ,-3 ,-3 ,-1 ,-2 ,-2 ,-3 ,-3 , 3 , 1 ,-2 , 1 ,-1 ,-2 ,-2 , 0 ,-3 ,-1 , 4 ,-3 ,-2 ,-1 ,-4 },\r
- {-2 ,-1 , 3 , 4 ,-3 , 0 , 1 ,-1 , 0 ,-3 ,-4 , 0 ,-3 ,-3 ,-2 , 0 ,-1 ,-4 ,-3 ,-3 , 4 , 1 ,-1 ,-4 },\r
- {-1 , 0 , 0 , 1 ,-3 , 3 , 4 ,-2 , 0 ,-3 ,-3 , 1 ,-1 ,-3 ,-1 , 0 ,-1 ,-3 ,-2 ,-2 , 1 , 4 ,-1 ,-4 },\r
- { 0 ,-1 ,-1 ,-1 ,-2 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-2 , 0 , 0 ,-2 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-1 ,-4 },\r
- {-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 ,-4 , 1 },\r
+ static final int[][] BLOSUM62 =\r
+ {\r
+ {\r
+ 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3,\r
+ -2, 0, -2, -1, 0, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2,\r
+ -3, -1, 0, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3,\r
+ 3, 0, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4,\r
+ -3, -3, 4, 1, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 0, 3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2,\r
+ -2, -1, -3, -3, -2, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1,\r
+ -2, 0, 3, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
+ -2, 1, 4, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2,\r
+ -3, -3, -1, -2, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2,\r
+ -3, 0, 0, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3,\r
+ -1, 3, -3, -3, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2,\r
+ -1, 1, -4, -3, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
+ -2, 0, 1, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1,\r
+ -1, 1, -3, -1, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3,\r
+ -1, -3, -3, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1,\r
+ -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2,\r
+ -2, 0, 0, 0, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2,\r
+ -2, 0, -1, -1, 0, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2,\r
+ 11, 2, -3, -4, -3, -2, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2,\r
+ 7, -1, -3, -2, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3,\r
+ -1, 4, -3, -2, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3,\r
+ -3, 4, 1, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2,\r
+ -2, 1, 4, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2,\r
+ -1, -1, -1, -1, -1, -4\r
+ },\r
+ {\r
+ -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,\r
+ -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1\r
+ },\r