- public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end) {\r
-\r
- String si = ii.getSequence();\r
- String sj = jj.getSequence();\r
-\r
- int ilen = si.length()-1;\r
- int jlen = sj.length()-1;\r
-\r
- while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
- {\r
- ilen--;\r
- }\r
-\r
- while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
- {\r
- jlen--;\r
- }\r
-\r
- int count = 0;\r
- int match = 0;\r
- float pid = -1;\r
-\r
- if (ilen > jlen) {\r
-\r
- for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
- if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
- match++;\r
- }\r
- count++;\r
- }\r
- pid = (float)match/(float)ilen * 100;\r
- } else {\r
- for (int j = 0; j < jlen; j++) {\r
- if (si.substring(start + j,start + j+1).equals(sj.substring(start + j,start + j+1))) {\r
- match++;\r
- }\r
- count++;\r
- }\r
- pid = (float)match/(float)jlen * 100;\r
- }\r
+ public static float compare(SequenceI ii, SequenceI jj, int start, int end)\r
+ {\r
+ String si = ii.getSequence();\r
+ String sj = jj.getSequence();\r
+\r
+ int ilen = si.length() - 1;\r
+ int jlen = sj.length() - 1;\r
+\r
+ while (jalview.util.Comparison.isGap(si.charAt(start + ilen)))\r
+ {\r
+ ilen--;\r
+ }\r
+\r
+ while (jalview.util.Comparison.isGap(sj.charAt(start + jlen)))\r
+ {\r
+ jlen--;\r
+ }\r
+\r
+ int count = 0;\r
+ int match = 0;\r
+ float pid = -1;\r
+\r
+ if (ilen > jlen)\r
+ {\r
+ for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
+ {\r
+ if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
+ j, start + j + 1)))\r
+ {\r
+ match++;\r
+ }\r
+\r
+ count++;\r
+ }\r
+\r
+ pid = (float) match / (float) ilen * 100;\r
+ }\r
+ else\r
+ {\r
+ for (int j = 0; j < jlen; j++)\r
+ {\r
+ if (si.substring(start + j, start + j + 1).equals(sj.substring(start +\r
+ j, start + j + 1)))\r
+ {\r
+ match++;\r
+ }\r
+\r
+ count++;\r
+ }\r
+\r
+ pid = (float) match / (float) jlen * 100;\r
+ }\r