+ String[] es=(String[]) emptySeqs.get(i);
+ if (es[1]==null)
+ t_alseqs[i+alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0], insbuff.toString(),1,0);
+ else {
+ if (es[1].length()<nw) {
+ t_alseqs[i+alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0], es[1]+insbuff.substring(0, nw-es[1].length()),1,1+es[1].length());
+ } else {
+ t_alseqs[i+alseq_l] = new jalview.datamodel.Sequence(es[0], es[1]);
+ }
+ }