- sorted = dassrc.toArray(new String[0]);
- tosort = dassrc.toArray(new String[0]);
- for (int j = 0, jSize = sorted.length; j < jSize; j++)
- {
- tosort[j] = tosort[j].toLowerCase();
- }
- jalview.util.QuickSort.sort(tosort, sorted);
- for (int j = sorted.length - 1; j >= 0; j--, i++)
- {
- srcs[i] = sorted[j];
- }
- return srcs;
+ public void addAllDatabases()
+ {
+ addDBRefSourceImpl(EnsemblGene.class); // includes EnsemblGenomes.class
+ addDBRefSourceImpl(Uniprot.class); // includes UniprotName.class
+ // addDBRefSourceImpl(EmblSource.class);
+ // addDBRefSourceImpl(EmblCdsSource.class);
+ // addDBRefSourceImpl(Pdb.class);
+ // addDBRefSourceImpl(PfamFull.class);
+ // addDBRefSourceImpl(PfamSeed.class);
+ // addDBRefSourceImpl(RfamSeed.class);
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBL,
+ "jalview.ws.dbsources.EmblSource");
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.EMBLCDS,
+ "jalview.ws.dbsources.EmblCdsSource");
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PDB, "jalview.ws.dbsources.Pdb");
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_FULL,
+ "jalview.ws.dbsources.PfamFull");
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.PFAM_SEED,
+ "jalview.ws.dbsources.PfamSeed");
+ addDBRefSourceImpl(DBRefSource.RFAM_SEED,
+ "jalview.ws.dbsources.RfamSeed");