- boolean sameChar = Comparison.isSameResidue(
- seqRes.charAt(i + (j * len)),
- strRes.charAt(i + (j * len)), false);
- if (sameChar
- && !jalview.util.Comparison.isGap(seqRes.charAt(i
- + (j * len))))
+ char c1 = seqRes.charAt(i + (j * len));
+ char c2 = strRes.charAt(i + (j * len));
+ boolean sameChar = Comparison.isSameResidue(c1, c2, false);
+ if (sameChar && !Comparison.isGap(c1))