+ verifyValues(sm, 'A',
+ new float[]
+ { 4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0,
+ -3, -2, 0, -2, -1, 0 });
+ verifyValues(sm, 'R',
+ new float[]
+ { -1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1,
+ -3, -2, -3, -1, 0, -1 });
+ verifyValues(sm, 'N',
+ new float[]
+ { -2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4,
+ -2, -3, 3, 0, -1 });
+ verifyValues(sm, 'D',
+ new float[]
+ { -2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1,
+ -4, -3, -3, 4, 1, -1 });
+ verifyValues(sm, 'C',
+ new float[]
+ { 0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1,
+ -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2 });
+ verifyValues(sm, 'Q',
+ new float[]
+ { -1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2,
+ -1, -2, 0, 3, -1 });
+ verifyValues(sm, 'E',
+ new float[]
+ { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1,
+ -3, -2, -2, 1, 4, -1 });
+ verifyValues(sm, 'G',
+ new float[]
+ { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0,
+ -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1 });
+ verifyValues(sm, 'H',
+ new float[]
+ { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2,
+ -2, 2, -3, 0, 0, -1 });
+ verifyValues(sm, 'I',
+ new float[]
+ { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2,
+ -1, -3, -1, 3, -3, -3, -1 });
+ verifyValues(sm, 'L',
+ new float[]
+ { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2,
+ -1, -2, -1, 1, -4, -3, -1 });
+ verifyValues(sm, 'K',
+ new float[]
+ { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1,
+ -3, -2, -2, 0, 1, -1 });
+ verifyValues(sm, 'M',
+ new float[]
+ { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1,
+ -1, -1, 1, -3, -1, -1 });
+ verifyValues(sm, 'F',
+ new float[]
+ { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2,
+ -2, 1, 3, -1, -3, -3, -1 });
+ verifyValues(sm, 'P',
+ new float[]
+ { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1,
+ -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2 });
+ verifyValues(sm, 'S',
+ new float[]
+ { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3,
+ -2, -2, 0, 0, 0 });
+ verifyValues(sm, 'T',
+ new float[]
+ { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1,
+ 5, -2, -2, 0, -1, -1, 0 });
+ verifyValues(sm, 'W',
+ new float[]
+ { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3,
+ -2, 11, 2, -3, -4, -3, -2 });
+ verifyValues(sm, 'Y',
+ new float[]
+ { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2,
+ -2, 2, 7, -1, -3, -2, -1 });
+ verifyValues(sm, 'V',
+ new float[]
+ { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0,
+ -3, -1, 4, -3, -2, -1 });
+ verifyValues(sm, 'B',
+ new float[]
+ { -2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1,
+ -4, -3, -3, 4, 1, -1 });
+ verifyValues(sm, 'Z',
+ new float[]
+ { -1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1,
+ -3, -2, -2, 1, 4, -1 });
+ verifyValues(sm, 'X',
+ new float[]
+ { 0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0,
+ 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1 });
+ }
+
+ /**
+ * Helper method to check pairwise scores for one residue
+ *
+ * @param sm
+ * @param res
+ * @param expected
+ * score values against 'res', in ResidueProperties.aaIndex order
+ */
+ private void verifyValues(ScoreMatrix sm, char res, float[] expected)
+ {
+ for (int j = 0; j < expected.length; j++)
+ {
+ char c2 = ResidueProperties.aa[j].charAt(0);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore(res, c2), expected[j],
+ String.format("%s->%s", res, c2));
+ }
+ }
+
+ @Test(groups = "Functional")
+ public void testConstructor_gapDash()
+ {
+ float[][] scores = new float[2][];
+ scores[0] = new float[] { 1f, 2f };
+ scores[1] = new float[] { 4f, 5f };
+ ScoreMatrix sm = new ScoreMatrix("Test", new char[] { 'A', '-' },
+ scores);
+ assertEquals(sm.getSize(), 2);
+ assertArrayEquals(scores, sm.getMatrix());
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'a'), 1f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'A'), 1f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('a', '-'), 2f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('-', 'A'), 4f);
+ assertEquals(sm.getMatrixIndex('a'), 0);
+ assertEquals(sm.getMatrixIndex('A'), 0);
+ assertEquals(sm.getMatrixIndex('-'), 1);
+ assertEquals(sm.getMatrixIndex(' '), -1);
+ assertEquals(sm.getMatrixIndex('.'), -1);
+ }
+
+ @Test(groups = "Functional")
+ public void testGetPairwiseScore()
+ {
+ float[][] scores = new float[2][];
+ scores[0] = new float[] { 1f, 2f };
+ scores[1] = new float[] { -4f, 5f };
+ ScoreMatrix sm = new ScoreMatrix("Test", new char[] { 'A', 'B' },
+ scores);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'A'), 1f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'a'), 1f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('A', 'B'), 2f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('b', 'a'), -4f);
+ assertEquals(sm.getPairwiseScore('B', 'b'), 5f);