# and stores the result in 'report'.
options = ['--maxiterate', '1000', '--localpair']
mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options)
# and stores the result in 'report'.
options = ['--maxiterate', '1000', '--localpair']
mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options)