Merge branch 'JAL-1023_viewall2structsw7' into Release_2_7_Branch
[jalview.git] / doc / building.html
index 9c09324..dfb21a2 100755 (executable)
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -62,7 +62,21 @@ ant makedist
   key)
 </pre>
 
-<p>
+       <p>
+               <strong>Building the JalviewLite applet<br>
+               </strong> The JalviewLite applet is compiled using a subset of the packages in
+               the src directory (specifically: MCView, and jalview.{datamodel,
+               analysis, appletgui, utils, schemes, api, structure}, and
+               com.stevesoft.*). Once compiled, these class files are obfuscated to
+               make the code run efficiently. To compile the applet Jar, use the
+               makeApplet task - optionally passing in a 'donotobfuscate' property to
+               the ant build (e.g. -Ddonotobfuscate=true) to disable obfuscation. </p><p>
+               The ant target 'pubapplet' can be used to compile install the
+               jalviewApplet.jar and any dependent jars (under appletlib) into a copy
+               of the examples directory created under the <em>outputDir</em> build
+               property (which defaults to the 'dist' directory).
+       </p>
+       <p>
 <h1>using IDEs to build Jalview</h1>
        <p>The Jalview source distribution includes project definitions for
                Eclipse, Netbeans and some rather ancient Borland JBuilder .jpx