JAL-1847 Merge branch 'thiago' into develop

[jalview.git] / examples / embeddedWJmol.html
diff --git a/examples/embeddedWJmol.html b/examples/embeddedWJmol.html

index af4df17..bf050c0 100644 (file)
--- a/examples/embeddedWJmol.html
+++ b/examples/embeddedWJmol.html
@@ -1,7 +1,7 @@
  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   * 
   * This file is part of Jalview.
   * 
@@ -85,7 +85,7 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
  //--><!]]>
    </script>
  <script src="javascript/deployJava.js"></script>
-<script src="jmol/Jmol.js"></script>
+<script src="jmol/Jmol2.js"></script>
  <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
@@ -96,15 +96,7 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
  <script language="JavaScript">
  // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  // jmolInitialize('jmol');
-jmolInitialize("","JmolApplet-12.2.4.jar");
-function genHref()
-{
- var s1 = "ml:i@midd..", s2 = "atelcpoueau", s3 = "iomyob.neck", href="";
- for(i=0; i<11; i++)
- { href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i); 
- }
- window.location=href;
-}
+jmolInitialize("","JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar");
  </script>
  <script>
   var loglevel=1;
@@ -130,7 +122,7 @@ function genHref()
    jvfollower = document.getElementById("jvA");
    setConsole(document.getElementById("stdout"));
    
-  sep = jvfollower.getSeparator();
+ // sep = jvfollower.getSeparator();
    //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
    linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
   };
@@ -138,7 +130,7 @@ function genHref()
   var _jvA=new Object();
   _jvA.attributes = {
    code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-  archive : 'jalviewApplet.jar',
+  archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar',
    width : '500',
    height : '350',
    mayscript : 'True',