-Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
-Hostname: [ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk]
-
-C4 Alignment:
-------------
- Query: DDB_G0269124
- Target: contig_1146 [revcomp]
- Model: protein2genome:local
- Raw score: 3652
- Query range: 142 -> 1059
- Target range: 11269 -> 8533
-
- 143 : SerProSerSerGluTyrGlyThrThrSerGlyGlyGlnArgPheAspThrLeuValAsp : 162
- ||||||!:!! !||| !.! ! ! !!.! !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
- SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
- 11269 : TCGCCCAACATGGAGCTGGCGCGCGACCTCGCCCAGCCGCACTTTGAGACGCTGATCGAC : 11212
-
- 163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu : 182
- ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!! |||
- ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
- 11211 : CCCGACATGACGCCCGGCGAGATCGAGGAGAAGATGCGCCAGCACAAGGCGCACCTCGAG : 11152
-
- 183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer : 202
- ..!|||:!!.....!..!:!!! |||:!!|||..!:!! !! ! !
- ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
- 11151 : ------------ATGCAAAAGTCCTCGTCGGAACTCAAGAAGAAGTCCCAAATGCAACTC : 11104
-
- 203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu : 222
- !.!||| ! :!!:!! !..!..!:!: !!.!||| ::: :!! !:!!!!:
- LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
- 11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044
-
- 223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal : 242
- |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
- AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
- 11043 : GACATGGAGACGTCGGAGACCCTTTTCGCCGAGGAACGCAAGGAGGTCGTCTTTGAGGTG : 10984
-
- 243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn : 262
- :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
- 10983 : CGTCCCTACTTCTCGCACTCTATCCTCCAGGCGACGATGGCCGTCTTCCTCATCTGGAAC : 10924
-
- 263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr : 281
- ||||||||||||||||||||| !|||||||||||||||! ! !:!! !:!! ..!
- IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
- 10923 : ATCTTTTACTTTGCCTACCGTATGGGCTGGACCATGAACACCCAGAACGGCGTCTACGTG : 10864
-
- 282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu : 301
- .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
- 10863 : CTCTGCTACTCGGTGCTCTTCCTCATCGTCGAGTTCATCTCTTTCCTCGGCTCCGCGCTC : 10804
-
- 302 : HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheValLeuValValThrLeuGluGlnIle : 321
- |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
- HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheIleLeuValValThrLeuGluGlnIle
- 10803 : CATCTCAACAACTTTACCAATCCGTGCACCTTTATCCTGGTGGTCACGCTGGAGCAGATC : 10744
-
- 322 : LeuAlaLysArgArgLysLysHisProThrValMetMetTyrValCysThrTyrLysGlu : 341
- ||||||:::||||||||| !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
- LeuAlaArgArgArgLysProPheProThrValMetMetTyrIleCysThrTyrLysGlu
- 10743 : CTCGCGCGCCGTCGCAAGCCCTTCCCCACCGTCATGATGTACATCTGTACCTACAAGGAG : 10684
-
- 342 : ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleSerMetAspTyrProSerGlu : 361
- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
- ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleAlaMetAspTyrProAlaGlu
- 10683 : CCGCCCTCGATCGTCTCGCGCACGTTCCGCACCGCCATCGCCATGGACTACCCCGCCGAG : 10624
-
- 362 : AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerValAsnTyrArgGluSerArgGlyTrpAla : 381
- ||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||!:!||||||||||||||||||:!!
- AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerIleAsnPheArgGluSerArgGlyTrpSer
- 10623 : AACCTCTGGATCGGCCTGCTCGACGACTCGATCAACTTCCGCGAGTCGCGCGGCTGGTCG : 10564
-
- 382 : HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuTyrValLeuLeuGlnLysAlaValTyrSer : 401
- ||||||||||||||||||||||||||||||!:! !|||||||||::::!!||||||:!!
- HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuPheGlnLeuLeuGlnArgSerValTyrAla
- 10563 : CACCTCCAATCGGTCGAGAAGAACTTCCTCTTCCAGCTGCTCCAGCGCTCCGTGTACGCC : 10504
-
- 402 : ValHisAsnIleArgProProValThrSerGlnHisGluAspProHisGlyIleLeuAsn : 421
- |||||||||||| !|||||||||.!!..!||| !|||||||||:!!|||||||||..!
- ValHisAsnIleAlaProProValAlaGlnGlnAlaGluAspProTyrGlyIleLeuGly
- 10503 : GTGCACAACATCGCGCCGCCCGTCGCGCAGCAGGCCGAGGACCCGTACGGCATCCTCGGC : 10444
-
- 422 : GluThrSerSerLysIleGluSerSerThrLysGluValIleGluAlaGluValGlnTrp : 441
- |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
- GluThrSerGluArgIleGluLysThrThrLysGluValValGluAlaGluValGlnTrp
- 10443 : GAGACGTCCGAGCGCATCGAAAAGACCACGAAAGAGGTCGTCGAGGCCGAGGTGCAGTGG : 10384
-
- 442 : PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyValGlyGlnGluIleProArgAsp : 461
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!! !!::||| ! !! !!!:
- PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyIleAspArgGluProGluIleGlu
- 10383 : TTCATCGAGTACTTCCTCCTGAACAGCTGGTTCGGCATCGACCGCGAGCCCGAGATCGAG : 10324
-
- 462 : AlaAspAspAlaGluArgAlaLeuIleAlaLysLeuArgAspAspAsnPheSerProTyr : 481
- !!..!|||||||||||| !!!!|||:!!! !||||||!!:|||||||||||| !!|||
- ProSerAspAlaGluArgAsnPheIleSerMetLeuArgGluAspAsnPheSerAlaTyr
- 10323 : CCCTCCGACGCCGAACGCAACTTTATCTCGATGCTGCGCGAGGACAACTTCTCGGCGTAC : 10264
-
- 482 : ArgThrPheThrLysSerGluSerGluLysIleSerAsnPheThrIleAspSerLeuGln : 501
- ||||||.!!||| ! ..!||| !!||| |||! !!..|||:!!! !|||:!!||||||
- ArgThrIleThrAspGlnGluArgGluLeuIleTyrThrPheSerSerAspAlaLeuGln
- 10263 : CGCACCATCACCGACCAGGAGCGCGAGCTCATCTACACGTTCTCGAGCGACGCGCTCCAG : 10204
-
- 502 : SerLeuTrpHisGlySerAlaPhePheArgProLeuIleArgSerIleLeuLeuLysLys : 521
- |||:!!|||||||||||| !!.!.!:!|||||||||:!:|||!:! !|||!!!:!!:::
- SerIleTrpHisGlySerProMetTyrArgProLeuValArgAsnAlaLeuPheGlnArg
- 10203 : TCGATCTGGCACGGCTCGCCCATGTACCGCCCGCTGGTGCGCAACGCCCTGTTCCAGCGC : 10144
-
- 522 : AspTyrValArgAsnPheValSerGluLeuAsnAsnGlnHisArgLeuArgPheLeuAsn : 541
- !||||||!:!:!!|||:!!:!!|||! !||| ..!|||||||||||||||||||||
- ArgTyrValLysAspPheIleAlaGluHisAsnAlaSerHisArgLeuArgPheLeuAsn
- 10143 : CGCTACGTCAAGGACTTTATCGCCGAGCACAACGCGTCGCACCGTCTGCGCTTCCTCAAC : 10084
-
- 542 : ThrGluAlaLeuAlaMetAlaGlnTyrGlnValLeuMetMetGlyArgGlnGluLeuPro : 561
- ..!!!:|||:!! !||||||||||||:!!|||! !||||||||||||||||||:!!|||
- ValAspAlaIleAsnMetAlaGlnTyrLysValHisMetMetGlyArgGlnGluValPro
- 10083 : GTCGACGCGATCAACATGGCGCAGTACAAGGTGCACATGATGGGCCGCCAGGAGGTGCCC : 10024
-
- 562 : TrpAspGluIleSerSerGlyAsnValArgIleAspPheAspThrCysAspGlyProIle : 581
- !::|||!!::!:|||:!!|||||||||||||||||||||||| !! !||| !!:!!
- PheAspAspValSerAlaGlyAsnValArgIleAspPheAspPro---ThrGlySerVal
- 10023 : TTCGACGACGTGTCCGCGGGCAACGTGCGCATCGACTTTGACCCG---ACCGGCTCGGTC : 9967
-
- 582 : ValSerProLysCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla : 601
- |||!!!|||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- ValThrProArgCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla
- 9966 : GTCACGCCGCGCTGCACCTACCTGCGCCGCCGCAAGCCGCCCATCCCGCACAACAAGGCC : 9907
-
- 602 : GlyAsnIleAsnAsnAlaLeuPheAsnGluSerThrLysAlaAspTyrGluPheLeuGly : 621
- |||||||||||||||!.!|||||||||||||||! ! ! |||||||||||||||:!!|||
- GlyAsnIleAsnAsnGlyLeuPheAsnGluSerIleHisAlaAspTyrGluPheMetGly
- 9906 : GGCAACATCAACAACGGCCTCTTCAACGAGTCGATCCACGCCGACTACGAGTTCATGGGC : 9847
-
- 622 : LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValLeuProTyrPhe : 641
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||
- LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValMetProTyrPhe
- 9846 : CTGCTCGATGCCGACCAGCAGCCGCACCCCGACTTCCTCAAGCGCGTCATGCCCTACTTC : 9787
-
- 642 : TyrSerAspGluGlyGlnAspLeuAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle : 661
- !:!||||||!!:|||!!.!!::!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- PheSerAspAspGlyHisGluValAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle
- 9786 : TTCAGCGACGACGGCCACGAGGTCGCCTTTGTCCAGACGCCGCAGTTCTTCTCCAACATC : 9727
-
- 662 : TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu : 681
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu
- 9726 : TACCCCGTCGACGACCCGCTCGGCCACAGAAACATGGAGTTCTACGGTCCCGTAATGGAG : 9667
-
- 682 : GlyArgSerAlaAsnAsnAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgGln : 701
- |||||||||.!!|||..!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!
- GlyArgSerThrAsnGlyAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgLys
- 9666 : GGTCGCTCCACCAACGGCGCCTGCCCCTTCGTCGGAACCAACGCCATCTTCCGTCGCAAG : 9607
-
- 702 : ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly : 721
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly
- 9606 : CCCCTCTACGACATTGGCGGCATCATGTACAACTCTGTCACTGAGGATATGTACACGGGA : 9547
-
- 722 : MetLysLeuGlnValSerGlyTyrLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly : 741
- |||||||||||||||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- MetLysLeuGlnValSerGlyPheLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly
- 9546 : ATGAAGCTCCAGGTCTCGGGATTCAAGTCGTGGTACCACAACGAGGTGCTCGTCGTCGGT : 9487
-
- 742 : ThrAlaProValAspLeuLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla : 761
- |||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- ThrAlaProValAspIleLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla
- 9486 : ACCGCGCCCGTCGATATCAAGGAAACGCTCGAGCAGAGAAAGCGTTGGGCGCAGGGCGCC : 9427
-
- 762 : ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgGlyLysLeuGlyTrpArgLys : 781
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !||||||||||||||||||
- ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgLysLysLeuGlyTrpArgLys
- 9426 : GTCGAAATCTTCTCGCTCACGCCGTGGGGCTACATCCGCAAGAAGCTCGGCTGGAGAAAG : 9367
-
- 782 : MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaPhePheTyr : 801
- |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!||||||
- MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaIlePheTyr
- 9366 : ATGCTCTACAACCTCGACTCGTGCATCTACCCGTTCCTCTCGCCGACTGCCATCTTCTAC : 9307
-
- 802 : GlyAlaSerProLeuIleMetSerIleTrpThrValProIleValValLysAspProIle : 821
- ||| !:!!||||||||||||!!!:!:|||||||||||||||||||||! :!!||||||
- GlyLeuAlaProLeuIleMetCysLeuTrpThrValProIleValValThrAsnProIle
- 9306 : GGTCTGGCGCCGCTGATCATGTGTCTGTGGACCGTGCCCATCGTCGTCACCAACCCCATC : 9247
-
- 822 : IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetValLeuProArgValIleGlnTyrMet : 841
- |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||!!:|||||||||
- IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetIleLeuProArgValMetGlnTyrMet
- 9246 : ATCTTCATCCTCGTCGGTATGATCCCCGTCATGATCCTGCCGCGTGTCATGCAGTACATG : 9187
-
- 842 : IleLeuArgAlaLysArgProTyrGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu : 861
- ||||||||||||! !||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- IleLeuArgAlaThrArgProPheGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu
- 9186 : ATCCTCCGCGCCACGCGTCCCTTCGAGGCCGGAAAGTCCGGCCCCTCGCTCTGGGTCGAA : 9127
-
- 862 : AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheGlyPheAlaGlyThrTyrIleSer : 881
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||
- AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheAlaPheAlaGlyThrTyrIleSer
- 9126 : GCCACCGATCTCTGGCGTGCCGAACAGACCTTCTTTGCGTTCGCCGGAACCTACATCTCT : 9067
-
- 882 : SerTrpArgGluGlySerAlaSerIleValLysLeuLeuLysAlaArgLysIleSerArg : 901
- :!!|||!:!! ||||||||||||:!!|||:::|||:!!|||||||||||||||||||||
- AlaTrpLysAlaGlySerAlaSerValValArgLeuIleLysAlaArgLysIleSerArg
- 9066 : GCGTGGAAGGCCGGCTCCGCGTCGGTCGTCCGTCTCATCAAGGCGCGCAAGATCTCGCGT : 9007
-
- 902 : HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgAspPheValLysLysProValValCysGlu : 921
- ||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||!.!||||||||||||:!! !|||
- HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgGluPheAlaLysLysProValIleValGlu
- 9006 : CACAAACTCGCCATGTGGAACTGGAAGCGTGAGTTTGCCAAGAAGCCCGTCATCGTCGAG : 8947
-
- 922 : ValPheArgGlnThrLysLeuValAsnGluAsnAspAsnAlaGlnGluSerSerGlyLys : 941
- !!:!||||||:!!|||||||||:!!.!. !!!: .!!:!!||| !!.!||| !
- ArgTyrArgGlnSerLysLeuValHisHisAlaGlu---ThrGluGluHisLysGlyPro
- 8946 : CGCTACCGCCAGTCGAAGCTGGTGCACCACGCCGAG---ACCGAGGAGCACAAGGGCCCG : 8890
-
- 942 : HisLysAlaGluGlnSerPheArgThrSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer : 961
- !.!|||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
- ArgLysAlaGluGlnSerPheArgSerSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer
- 8889 : CGCAAGGCCGAGCAGTCGTTCCGTTCCTCCAACAAGGAGTCCGACACCATCAAGAACTCG : 8830
-
- 962 : ArgLeuPheLeuProAsnIleIleLeuPheValValAsnIleLeuAlaMetMetSerAla : 981
- ||||||||| !||||||:!!|||:!!|||! !!.!||||||||||||!!::!! !.!!
- ArgLeuPheAlaProAsnLeuIleMetPheGlyAlaAsnIleLeuAlaIleLeuLeuThr
- 8829 : CGTCTCTTTGCGCCGAATCTCATCATGTTTGGCGCCAACATCCTCGCCATCCTGCTGACC : 8770
-
- 982 : ValLeuArgPheAsnCysPheGlnAsnAspMetTrpLeuLeuValValValAlaGlyPhe : 1001
- :!!||| !||||||||||||! |||||||||||||||:!!:!!|||||||||||||||
- LeuLeuSerPheAsnCysPheLeuAsnAspMetTrpLeuMetIleValValAlaGlyPhe
- 8769 : CTGCTCTCGTTCAACTGCTTCCTCAACGACATGTGGCTGATGATTGTCGTCGCCGGTTTC : 8710
-
- 1002 : SerPheSerThrLeuTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu : 1021
- :!!|||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
- AlaPheSerThrCysTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu
- 8709 : GCCTTCTCCACGTGCTGGCATCTCTGGTCGTTCATCCCTATGGCCCTCAGACAGTCCGAG : 8650
-
- 1022 : LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleValLeuPheLeuValLeu : 1041
- ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!:!!||||||:!!|||
- LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleLeuIlePheLeuIleLeu
- 8649 : AAGCAGTGGCCCTACGCCTCCTCGTACCACGCGCACAACATTCTCATCTTTCTCATTCTC : 8590
-
- 1042 : GlyPheLeuValLeuLeuPheValAspValLysValCysIleProArgValGly : 1059
- |||||||||||||||||||||..! ! ||| |||||||||||||||||||||
- GlyPheLeuValLeuLeuPheThrLysValAlaValCysIleProArgValGly
- 8589 : GGTTTCCTGGTGCTCCTGTTCACCAAGGTCGCTGTCTGTATTCCTCGTGTCGGA : 8534
-
-vulgar: DDB_G0269124 142 1059 . contig_1146 11269 8533 - 3652 M 40 120 G 4 0 M 94 282 G 0 3 M 296 888 G 1 0 M 356 1068 G 1 0 M 125 375
+# (exonerate delimits GFF with [START|END] OF GFF DUMP)
# --- START OF GFF DUMP ---
#
#
contig_1146 exonerate:protein2genome:local gene 8534 11269 3652 - . gene_id 0 ; sequence DDB_G0269124 ; gene_orientation .
contig_1146 exonerate:protein2genome:local cds 8534 11269 . - .
contig_1146 exonerate:protein2genome:local exon 8534 11269 . - . insertions 3 ; deletions 6
+#TODO need to understand why GFF features is from 11269 but Align is from 11270
contig_1146 exonerate:protein2genome:local similarity 8534 11269 3652 - . alignment_id 0 ; Query DDB_G0269124 ; Align 11270 143 120 ; Align 11150 187 282 ; Align 10865 281 888 ; Align 9977 578 1068 ; Align 8909 935 375
+# and a made-up alignment to a sequence in exonerateseqs.fa
+contig_1146 exonerate:protein2genome:local similarity 8534 11269 3652 - . alignment_id 0 ; Query DDB_G0280897 ; Align 11270 143 120
# --- END OF GFF DUMP ---
-#
--- completed exonerate analysis
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff