in progress
[jalview.git] / forester / aptx / aptx_configuration_files / _aptx_configuration_file
index eca2b05..f5b275b 100644 (file)
@@ -129,6 +129,9 @@ native_ui: ?
 #  To allow/not allow editing (cut, copy, and paste): allow_editing
 #     Example: 'allow_editing: yes'
 #
+#  To allow/not allow thicker strokes for very small trees: allow_thick_strokes
+#     Example: 'allow_thick_strokes: yes'
+#
 #  NH/NHX/Nexus file parsing
 #  -------------------------
 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
@@ -163,12 +166,12 @@ font_size_min:                             2
 font_size_max:                             20
 antialias_screen:                          yes
 show_scale:                                yes
-show_branch_length_values:                 no
 cladogram_type:                            ext_node_sum_dep
 phylogeny_graphics_type:                   rectangular
 node_label_direction:                      horizontal
 show_default_node_shapes_internal:         no
 show_default_node_shapes_external:         no
+show_node_shapes_for_nodes_with_vis_data:  yes 
 default_node_size:                         4
 default_node_shape:                        rectangle
 default_node_fill:                         solid
@@ -182,11 +185,14 @@ overview_placement_type:                   upper_left
 color_labels_same_as_branch_length_values: no
 display_sequence_relations:                no
 show_domain_labels:                        yes
+line_up_renderable_data:                   yes
+right_align_domain_architectures:          no
 show_seq_annotation_ref_sources:           yes
 branch_length_value_digits:                3
-confidence_value_digits:                   3
+confidence_value_digits:                   2
 background_gradient:                       no
 allow_editing:                             yes
+allow_thick_strokes:                       no
 ext_descendents_data_to_return_on:         window
 ext_descendents_data_to_return:            user_selected
 #label_for_get_ext_descendents_data:        Return_Node_Data         
@@ -211,6 +217,7 @@ validate_against_phyloxml_xsd_schema:      true
 
 phylogram:                      display   ?
 rollover:                       display   yes
+color_according_to_sequence:    display   no
 color_according_to_species:     display   no
 color_according_to_annotation:  display   no
 show_node_names:                display   yes
@@ -224,10 +231,12 @@ show_taxonomy_common_names:     display   no
 show_taxonomy_images:           display   no
 show_annotations:               display   no
 write_confidence_values:        display   ?
+write_branch_length_values:     display   no
 write_events:                   display   ?
-color_branches:                 display   no
+use_visual_styles:              display   no
 width_branches:                 display   no
 show_domain_architectures:      display   no
+show_msa:                       display   no
 show_binary_characters:         display   no
 show_binary_character_counts:   display   no
 display_internal_data:          display   yes
@@ -274,19 +283,20 @@ default_click_to: display_node_data
 display_color: background                 0x000000
 display_color: background_gradient_bottom 0x0000FF
 display_color: sequence                   0xE6E6E6
-display_color: taxonomy                   0xFFDCDC
-display_color: confidence                 0x38B0FF
+display_color: taxonomy                   0xB4B4B4
+display_color: confidence                 0xB4B4B4
 display_color: branch_length              0x8C8C8C
 display_color: branch                     0xFFFFFF
 display_color: node_box                   0xFFFFFF
-display_color: collapsed                  0xFFFF00
+display_color: collapsed                  0xFFFFFF
 display_color: matching_a                 0x00FF00
 display_color: matching_b                 0xFF0000
 display_color: matching_a_and_b           0xFFFF00
 display_color: duplication                0xFF0000
 display_color: speciation                 0x00FF00
 display_color: duplication_or_specation   0xFFFF00
-display_color: domains                    0x7B68EE
+display_color: domain_label               0xE6E6E6
+display_color: domain_base                0x646464
 display_color: binary_domain_combinations 0x4169FF
 display_color: annotation                 0xADFF2F
 display_color: overview                   0x828282
@@ -309,12 +319,13 @@ gui_menu_text_color:                  0xFFFFFF
 gui_button_border_color:              0x000000
 
 
-
-#  Domain Structure Display Colors
-#  -------------------------------
-domain_structure_base_color:          0x202020
-domain_structure_font_color:          0x909090
-
+#  Vector Data Display Colors and Sizes
+#  ------------------------------------
+vector_data_min_color:                0x0000FF
+vector_data_max_color:                0xFFFF00
+vector_data_mean_color:               0x000000
+vector_data_width:                    120
+vector_data_height:                   12
 
 
 #  Settings Specific for Archaeopteryx Applets (E and A)
@@ -346,6 +357,13 @@ raxml_local:                            /bin/raxml
 
 
 
+#  Sequence colors
+#  ---------------
+#  Format: species_color: sequencename hexcolor
+sequence_color: Tubulin-alpha        0xEE0000
+sequence_color: Tubulin-beta         0x00EE00
+
+
 #  Species colors
 #  --------------
 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
@@ -357,7 +375,6 @@ species_color: CIOSA        0xFF2CAE
 species_color: BOVIN        0x5C3317
 species_color: CANFA        0x8B2323
 species_color: HUMAN        0xFF2400
-species_color: Homo_sapiens 0xFF2400
 species_color: PANTR        0xCC2400
 species_color: MOUSE        0xFF7F00
 species_color: RAT          0xFFEF00
@@ -372,21 +389,23 @@ species_color: DANRE        0x0000BB
 species_color: TETNG        0x0000AA
 species_color: ORYLA        0x000088
 species_color: GASAC        0x000066
-species_color: CAEEL        0xA0A0A0
+species_color: CAEEL        0x666699
 species_color: CAEBR        0xB0B0B0
-species_color: DROME        0x706F00
-species_color: DROPS        0x504F00
+species_color: DROME        0x663366
+species_color: DROPS        0x996699
 species_color: APIME        0x7A7700
 species_color: AEDAE        0x8C5900
 species_color: TRICA        0x918E00
-species_color: NEMVE        0xAABADD
-species_color: HYDAT        0x7C9BCF
+species_color: NEMVE        0x0066CC
+species_color: HYDAT        0x3399FF
+species_color: HYDVU        0x3399FF
 species_color: LUBBA        0xF7B5CB
 species_color: GEOCY        0xF5A0BD
+species_color: AMPQE        0x009966
 species_color: SUBDO        0xC790B9
 species_color: MONBE        0xFC0FC0
-species_color: DICPU        0x23238E
-species_color: DICDI        0x4D4DFF
+species_color: DICPU        0xFFCC33
+species_color: DICDI        0xFFCC00
 species_color: ENTHI        0x5959AB
 species_color: ARATH        0x00FF00
 species_color: POPTR        0x006400
@@ -421,7 +440,7 @@ species_color: mammals        0xFF0000
 species_color: Chordata       0x8470FF
 species_color: Echinodermata  0x6495ED
 species_color: Hemichordata   0x7EC0EE
-species_color: Arthropoda     0x7AC5CD 
+species_color: Arthropoda     0x7AC5CD
 species_color: Nematoda       0x7171C6
 species_color: Tardigrada     0x388E8E
 species_color: Annelida       0xC67171
@@ -448,9 +467,10 @@ species_color: Archaea        0x0000FF
 species_color: Eukaryota      0xFF0000
 species_color: eukaryotes     0xFF0000
 
+
+
 #  Domain colors
 #  -------------
-
 domain_color: Cofilin_ADF     0xFC0FC0
 domain_color: TIR             0x900000
 domain_color: NACHT           0x202020
@@ -463,15 +483,12 @@ domain_color: PAAD_DAPIN      0x9999CC
 domain_color: NB-ARC          0x500050
 domain_color: WD40            0x888888
 domain_color: RVT_1           0x999900
-
 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
-
 domain_color: CBM_48          0xFF0000
 domain_color: Alpha-amylase   0x0000FF
 domain_color: Alpha-amylase_C 0x0080FF
-
 domain_color: GDE_N           0x009000
 domain_color: GDE_C           0x00FF00
 domain_color: hGDE_N          0x990099
@@ -481,9 +498,9 @@ domain_color: hGDE_amylase    0x0000EE
 domain_color: hDGE_amylase    0x0000EE
 
 
+
 #  Annotation colors
 #  -----------------
-
 annotation_color: dehydrogenase 0x0000FF
 annotation_color: kinase        0xFF00FF
 annotation_color: protease      0x009900