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in progress
[jalview.git] / forester / aptx / aptx_configuration_files / _aptx_configuration_file_1
diff --git a/forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1 b/forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1
index 36be8fa..cc250e3 100644 (file)
--- a/forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1
+++ b/forester/aptx/aptx_configuration_files/_aptx_configuration_file_1
@@ -107,9 +107,13 @@ native_ui: ?
 #  To replace underscores with spaces during NH/NHX/Nexus file parsing:
 #     'replace_underscores_in_nh_parsing', possible values are 'yes', 'no'
 #
-#  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) from node names during NH/NHX/Nexus file parsing:
-#     'taxonomy_extraction_in_nh_parsing',
-#     possible values are 'yes' (for e.g. BCL2_MOUSE), 'pfam' (for e.g. BCL2_MOUSE/23-453), 'no'
+#  To extract UniProt taxonomy codes (e.g. CAEEL) or UniProt identifiers (or scientific names)
+#  from node names during NH/NHX/Nexus file parsing: 'taxonomy_extraction_in_nh_parsing'
+#     possible values are:
+#     'no'
+#     'pfam_strict'  (for e.g. MOUSE from BCL2_MOUSE/23-453, or [uniprot] 10090 from BCL2_10090/23-453)
+#     'pfam_relaxed' (for e.g. MOUSE from bax_MOUSE, or [uniprot] 10090 from bax_10090)
+#     'aggressive'   (for e.g. MOUSE from MOUSE, or [uniprot] 10090 from 10090, or Nematostella vectensis from xyz_Nematostella_vectensis)
 #
 #  Internal node labels are confidence values during NH/NHX/Nexus file parsing:
 #     'internal_labels_are_confidence_values', possible values are 'yes', 'no'
@@ -130,7 +134,6 @@ show_default_node_shapes_external:         no
 default_node_size:                         4
 default_node_shape:                        rectangle
 default_node_fill:                         solid
-taxonomy_colorize_node_shapes:             no
 #graphics_export_x:                         595
 #graphics_export_y:                         792
 pdf_export_line_width:                     0.5
@@ -151,7 +154,7 @@ ext_descendents_data_to_return:            user_selected
 #  NH/NHX/Nexus file parsing:
 internal_labels_are_confidence_values:     no
 replace_underscores_in_nh_parsing:         no
-taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         pfam    
+taxonomy_extraction_in_nh_parsing:         pfam_relaxed    
 
 
 
@@ -219,6 +222,7 @@ click_to: swap                     display
 click_to: sort_descendants         display
 click_to: color_subtree            display
 click_to: open_seq_web             nodisplay
+click_to: open_pdb_web             nodisplay
 click_to: open_tax_web             nodisplay
 click_to: blast                    nodisplay
 click_to: cut_subtree              nodisplay
@@ -246,7 +250,9 @@ display_color: branch_length              0x8C8C8C
 display_color: branch                     0xFFFFFF
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 display_color: collapsed                  0xFFFF00
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@@ -292,76 +298,74 @@ use_tabbed_display:      yes
 
 
 
-#  Application Specific Settings
-#  -----------------------------
-
 #  Species colors
 #  --------------
 #  Format: species_color: speciesname hexcolor
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