<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">117571</id>\r
<scientific_name>Euteleostomi</scientific_name>\r
+ <common_name>bony vertebrates</common_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Tetrapoda</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8287</id>\r
+ <scientific_name>Sarcopterygii</scientific_name>\r
+ <common_name>lobe-finned fish</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Amniota</name>\r
+ <name>Tetrapoda</name>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">40674</id>\r
- <scientific_name>Mammalia</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Amniota</name>\r
<clade>\r
- <name>Theria</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">40674</id>\r
+ <scientific_name>Mammalia</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9347</id>\r
- <scientific_name>Eutheria</scientific_name>\r
- <common_name>Placental mammals</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1002/bies.200900053">\r
- <desc>The new framework for understanding placental mammal evolution</desc>\r
- </reference>\r
+ <name>Theria</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Boreoeutheria</scientific_name>\r
- <synonym>Boreotheria</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9347</id>\r
+ <scientific_name>Eutheria</scientific_name>\r
+ <common_name>Placental mammals</common_name>\r
</taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1002/bies.200900053">\r
+ <desc>The new framework for understanding placental mammal evolution</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314146</id>\r
- <scientific_name>Euarchontoglires</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <scientific_name>Boreoeutheria</scientific_name>\r
+ <synonym>Boreotheria</synonym>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Euarchonta</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">314146</id>\r
+ <scientific_name>Euarchontoglires</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9443</id>\r
- <scientific_name>Primates</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <scientific_name>Euarchonta</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">376913</id>\r
- <scientific_name>Haplorrhini</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9443</id>\r
+ <scientific_name>Primates</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314293</id>\r
- <scientific_name>Simiiformes</scientific_name>\r
- <rank>infraorder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">376913</id>\r
+ <scientific_name>Haplorrhini</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9526</id>\r
- <scientific_name>Catarrhini</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">314293</id>\r
+ <scientific_name>Simiiformes</scientific_name>\r
+ <rank>infraorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314295</id>\r
- <scientific_name>Hominoidea</scientific_name>\r
- <common_name>Apes</common_name>\r
- <rank>superfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9526</id>\r
+ <scientific_name>Catarrhini</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9604</id>\r
- <scientific_name>Hominidae</scientific_name>\r
- <common_name>Great apes</common_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <id provider="uniprot">314295</id>\r
+ <scientific_name>Hominoidea</scientific_name>\r
+ <common_name>Apes</common_name>\r
+ <rank>superfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">207598</id>\r
- <scientific_name>Homininae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9604</id>\r
+ <scientific_name>Hominidae</scientific_name>\r
+ <common_name>Great apes</common_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Hominini</scientific_name>\r
- <rank>tribe</rank>\r
+ <id provider="uniprot">207598</id>\r
+ <scientific_name>Homininae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9606</id>\r
- <code>HUMAN</code>\r
- <scientific_name>Homo sapiens</scientific_name>\r
- <common_name>Human</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.thehindu.com/multimedia/dynamic/00029/IN05_DARWIN_29896f.jpg</uri>\r
+ <scientific_name>Hominini</scientific_name>\r
+ <rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9606</id>\r
+ <code>HUMAN</code>\r
+ <scientific_name>Homo sapiens</scientific_name>\r
+ <common_name>Human</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.thehindu.com/multimedia/dynamic/00029/IN05_DARWIN_29896f.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9598</id>\r
+ <code>PANTR</code>\r
+ <scientific_name>Pan troglodytes</scientific_name>\r
+ <common_name>Chimpanzee</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8b/Schimpanse_zoo-leipig.jpg/800px-Schimpanse_zoo-leipig.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9598</id>\r
- <code>PANTR</code>\r
- <scientific_name>Pan troglodytes</scientific_name>\r
- <common_name>Chimpanzee</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8b/Schimpanse_zoo-leipig.jpg/800px-Schimpanse_zoo-leipig.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9595</id>\r
+ <code>GORGO</code>\r
+ <scientific_name>Gorilla gorilla gorilla</scientific_name>\r
+ <common_name>Western lowland gorilla</common_name>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c7/Stavenn_Gorilla_gorilla_00.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9595</id>\r
- <code>GORGO</code>\r
- <scientific_name>Gorilla gorilla gorilla</scientific_name>\r
- <common_name>Western lowland gorilla</common_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/c7/Stavenn_Gorilla_gorilla_00.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9601</id>\r
+ <code>PONAB</code>\r
+ <scientific_name>Pongo abelii</scientific_name>\r
+ <common_name>Sumatran orangutan</common_name>\r
+ <synonym>Pongo pygmaeus abelii</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.ism.ac.jp/~hasegawa/photos/animal3b.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9601</id>\r
- <code>PONAB</code>\r
- <scientific_name>Pongo abelii</scientific_name>\r
- <common_name>Sumatran orangutan</common_name>\r
- <synonym>Pongo pygmaeus abelii</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">61853</id>\r
+ <code>NOMLE</code>\r
+ <scientific_name>Nomascus leucogenys</scientific_name>\r
+ <common_name>Northern white-cheeked gibbon</common_name>\r
+ <synonym>Hylobates leucogenys</synonym>\r
+ <synonym>Hylobates concolor leucogenys</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.ism.ac.jp/~hasegawa/photos/animal3b.jpg</uri>\r
+ <uri>http://uswest.ensembl.org/img/species/pic_Nomascus_leucogenys.png</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Hylobates_concolor2.jpg/450px-Hylobates_concolor2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">61853</id>\r
- <code>NOMLE</code>\r
- <scientific_name>Nomascus leucogenys</scientific_name>\r
- <common_name>Northern white-cheeked gibbon</common_name>\r
- <synonym>Hylobates leucogenys</synonym>\r
- <synonym>Hylobates concolor leucogenys</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://uswest.ensembl.org/img/species/pic_Nomascus_leucogenys.png</uri>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/1/1b/Hylobates_concolor2.jpg/450px-Hylobates_concolor2.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9528</id>\r
+ <scientific_name>Cercopithecinae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9544</id>\r
+ <code>MACMU</code>\r
+ <scientific_name>Macaca mulatta</scientific_name>\r
+ <common_name>Rhesus macaque</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.our-pets.net/images/rhesus1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9557</id>\r
+ <code>PAPHA</code>\r
+ <scientific_name>Papio hamadryas</scientific_name>\r
+ <common_name>Hamadryas baboon</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://pin.primate.wisc.edu/fs/sheets/images/227lg.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9528</id>\r
- <scientific_name>Cercopithecinae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9483</id>\r
+ <code>CALJA</code>\r
+ <scientific_name>Callithrix jacchus</scientific_name>\r
+ <common_name>White-tufted-ear marmoset</common_name>\r
+ <synonym>Callithrix jacchus jacchus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.arthurgrosset.com/mammals/photos/caljac28086.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9544</id>\r
- <code>MACMU</code>\r
- <scientific_name>Macaca mulatta</scientific_name>\r
- <common_name>Rhesus macaque</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.our-pets.net/images/rhesus1.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9557</id>\r
- <code>PAPHA</code>\r
- <scientific_name>Papio hamadryas</scientific_name>\r
- <common_name>Hamadryas baboon</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://pin.primate.wisc.edu/fs/sheets/images/227lg.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9483</id>\r
- <code>CALJA</code>\r
- <scientific_name>Callithrix jacchus</scientific_name>\r
- <common_name>White-tufted-ear marmoset</common_name>\r
- <synonym>Callithrix jacchus jacchus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9478</id>\r
+ <code>TARSY</code>\r
+ <scientific_name>Tarsius syrichta</scientific_name>\r
+ <common_name>Philippine tarsier</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.arthurgrosset.com/mammals/photos/caljac28086.jpg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0408/1425.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9478</id>\r
- <code>TARSY</code>\r
- <scientific_name>Tarsius syrichta</scientific_name>\r
- <common_name>Philippine tarsier</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0408/1425.jpeg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">376911</id>\r
+ <scientific_name>Strepsirrhini</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">30608</id>\r
+ <code>MICMU</code>\r
+ <scientific_name>Microcebus murinus</scientific_name>\r
+ <common_name>Lesser mouse lemur</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://daniel.montagnon.pagesperso-orange.fr/images/MicrocbusMurinus.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">30611</id>\r
+ <code>OTOGA</code>\r
+ <scientific_name>Otolemur garnettii</scientific_name>\r
+ <common_name>Garnett's greater bushbaby</common_name>\r
+ <synonym>Galago garnetti</synonym>\r
+ <synonym>Small-eared galago</synonym>\r
+ <synonym>Garnett's greater bushbaby</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">376911</id>\r
- <scientific_name>Strepsirrhini</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">37347</id>\r
+ <code>TUPBE</code>\r
+ <scientific_name>Tupaia belangeri</scientific_name>\r
+ <common_name>Common tree shrew</common_name>\r
+ <synonym>Tupaia glis belangeri</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30608</id>\r
- <code>MICMU</code>\r
- <scientific_name>Microcebus murinus</scientific_name>\r
- <common_name>Lesser mouse lemur</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://daniel.montagnon.pagesperso-orange.fr/images/MicrocbusMurinus.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30611</id>\r
- <code>OTOGA</code>\r
- <scientific_name>Otolemur garnettii</scientific_name>\r
- <common_name>Garnett's greater bushbaby</common_name>\r
- <synonym>Galago garnetti</synonym>\r
- <synonym>Small-eared galago</synonym>\r
- <synonym>Garnett's greater bushbaby</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.mbweni.com/images/Mbweni%20Images/naturetrail/small-earedgalago.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">37347</id>\r
- <code>TUPBE</code>\r
- <scientific_name>Tupaia belangeri</scientific_name>\r
- <common_name>Common tree shrew</common_name>\r
- <synonym>Tupaia glis belangeri</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/4/44/Tupaia_belangeri.JPG/800px-Tupaia_belangeri.JPG</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314147</id>\r
- <scientific_name>Glires</scientific_name>\r
- <common_name>Rodents and rabbits</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9989</id>\r
- <scientific_name>Rodentia</scientific_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">314147</id>\r
+ <scientific_name>Glires</scientific_name>\r
+ <common_name>Rodents and rabbits</common_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Ctenohystrica & Mouse-related clade</name>\r
- <reference doi="10.1186/1471-2148-9-71">\r
- <desc>Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades.</desc>\r
- </reference>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9989</id>\r
+ <scientific_name>Rodentia</scientific_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <common_name>Mouse-related clade</common_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Ctenohystrica & Mouse-related clade</name>\r
+ <reference doi="10.1186/1471-2148-9-71">\r
+ <desc>Rodent phylogeny revised: analysis of six nuclear genes from all major rodent clades.</desc>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">337687</id>\r
- <scientific_name>Muroidea</scientific_name>\r
+ <common_name>Mouse-related clade</common_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">39107</id>\r
- <scientific_name>Murinae</scientific_name>\r
- <rank>subfamily</rank>\r
+ <id provider="uniprot">337687</id>\r
+ <scientific_name>Muroidea</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10090</id>\r
- <code>MOUSE</code>\r
- <scientific_name>Mus musculus</scientific_name>\r
- <common_name>Mouse</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/mus_musc.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">39107</id>\r
+ <scientific_name>Murinae</scientific_name>\r
+ <rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">10090</id>\r
+ <code>MOUSE</code>\r
+ <scientific_name>Mus musculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Mouse</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/mus_musc.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">10116</id>\r
+ <code>RAT</code>\r
+ <scientific_name>Rattus norvegicus</scientific_name>\r
+ <common_name>Rat</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Rattus_norvegicus_1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10116</id>\r
- <code>RAT</code>\r
- <scientific_name>Rattus norvegicus</scientific_name>\r
- <common_name>Rat</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10036</id>\r
+ <code>MESAU</code>\r
+ <scientific_name>Mesocricetus auratus</scientific_name>\r
+ <common_name>Golden hamster</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Rattus_norvegicus_1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.dicts.info/img/ud/syrian_hamster.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10036</id>\r
- <code>MESAU</code>\r
- <scientific_name>Mesocricetus auratus</scientific_name>\r
- <common_name>Golden hamster</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10020</id>\r
+ <code>DIPOR</code>\r
+ <scientific_name>Dipodomys ordii</scientific_name>\r
+ <common_name>Ord's kangaroo rat</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.dicts.info/img/ud/syrian_hamster.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/dipoordi.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10020</id>\r
- <code>DIPOR</code>\r
- <scientific_name>Dipodomys ordii</scientific_name>\r
- <common_name>Ord's kangaroo rat</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">10141</id>\r
+ <code>CAVPO</code>\r
+ <scientific_name>Cavia porcellus</scientific_name>\r
+ <common_name>Guinea pig</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.nsrl.ttu.edu/tmot1/images/dipoordi.jpg</uri>\r
+ <uri>http://archive.vetknowledge.com/files/images/guinea-pig---tan.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">10141</id>\r
- <code>CAVPO</code>\r
- <scientific_name>Cavia porcellus</scientific_name>\r
- <common_name>Guinea pig</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">43179</id>\r
+ <code>SPETR</code>\r
+ <scientific_name>Spermophilus tridecemlineatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Thirteen-lined ground squirrel</common_name>\r
+ <synonym>Ictidomys tridecemlineatus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://archive.vetknowledge.com/files/images/guinea-pig---tan.jpg</uri>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/ADW_mammals/Rodentia/Spermophilus4345.jpg/medium.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">43179</id>\r
- <code>SPETR</code>\r
- <scientific_name>Spermophilus tridecemlineatus</scientific_name>\r
- <common_name>Thirteen-lined ground squirrel</common_name>\r
- <synonym>Ictidomys tridecemlineatus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/ADW_mammals/Rodentia/Spermophilus4345.jpg/medium.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9975</id>\r
- <scientific_name>Lagomorpha</scientific_name>\r
- <common_name>Rabbits, hares, pikas</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9978</id>\r
- <code>OCHPR</code>\r
- <scientific_name>Ochotona princeps</scientific_name>\r
- <common_name>Southern American pika</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/Ochotona_princeps.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9986</id>\r
- <code>RABIT</code>\r
- <scientific_name>Oryctolagus cuniculus</scientific_name>\r
- <common_name>Rabbit</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://greennature.com/gallery/farm-animal-pictures/albino_rabbit.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9975</id>\r
+ <scientific_name>Lagomorpha</scientific_name>\r
+ <common_name>Rabbits, hares, pikas</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9978</id>\r
+ <code>OCHPR</code>\r
+ <scientific_name>Ochotona princeps</scientific_name>\r
+ <common_name>Southern American pika</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/3b/Ochotona_princeps.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9986</id>\r
+ <code>RABIT</code>\r
+ <scientific_name>Oryctolagus cuniculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Rabbit</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Rabbit_in_montana.jpg/675px-Rabbit_in_montana.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">314145</id>\r
- <scientific_name>Laurasiatheria</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Scrotifera</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">314145</id>\r
+ <scientific_name>Laurasiatheria</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla & Chiroptera</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Scrotifera</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla</name>\r
+ <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla & Chiroptera</name>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">91561</id>\r
- <scientific_name>Cetartiodactyla</scientific_name>\r
- <common_name>Even-toed ungulates</common_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Perissodactyla & Cetartiodactyla</name>\r
<clade>\r
- <name>Cetruminantia & Suina</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">91561</id>\r
+ <scientific_name>Cetartiodactyla</scientific_name>\r
+ <common_name>Even-toed ungulates</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Cetruminantia</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Cetruminantia & Suina</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9895</id>\r
- <scientific_name>Bovidae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
+ <scientific_name>Cetruminantia</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9913</id>\r
- <code>BOVIN</code>\r
- <scientific_name>Bos taurus</scientific_name>\r
- <common_name>Bovine</common_name>\r
- <synonym>Bos bovis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.biopix.eu/photos/jcs-bos-taurus-(dansk-rodbroget-kvaeg)-22141.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9895</id>\r
+ <scientific_name>Bovidae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9913</id>\r
+ <code>BOVIN</code>\r
+ <scientific_name>Bos taurus</scientific_name>\r
+ <common_name>Bovine</common_name>\r
+ <synonym>Bos bovis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://bioweb.uwlax.edu/bio203/s2007/hayes_katy/images/DSC01638.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9940</id>\r
+ <code>SHEEP</code>\r
+ <scientific_name>Ovis aries</scientific_name>\r
+ <common_name>Sheep</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/james_dowlinghealey/blacksheep.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9940</id>\r
- <code>SHEEP</code>\r
- <scientific_name>Ovis aries</scientific_name>\r
- <common_name>Sheep</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/james_dowlinghealey/blacksheep.jpg/medium.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9721</id>\r
+ <scientific_name>Cetacea</scientific_name>\r
+ <common_name>Whales</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9771</id>\r
+ <code>BALMU</code>\r
+ <scientific_name>Balaenoptera musculus</scientific_name>\r
+ <common_name>Blue whale</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://2.bp.blogspot.com/_W90V87w3sr8/TT63uRT_U9I/AAAAAAAAAo8/to9O8zEeo7k/s1600/bluewhale.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9739</id>\r
+ <code>TURTR</code>\r
+ <scientific_name>Tursiops truncatus</scientific_name>\r
+ <common_name>Atlantic bottle-nosed dolphin</common_name>\r
+ <synonym>Delphinus truncatus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a6/Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg/800px-Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9721</id>\r
- <scientific_name>Cetacea</scientific_name>\r
- <common_name>Whales</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9823</id>\r
+ <code>PIG</code>\r
+ <scientific_name>Sus scrofa</scientific_name>\r
+ <common_name>Pig</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/sus%20scrofa2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9771</id>\r
- <code>BALMU</code>\r
- <scientific_name>Balaenoptera musculus</scientific_name>\r
- <common_name>Blue whale</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://2.bp.blogspot.com/_W90V87w3sr8/TT63uRT_U9I/AAAAAAAAAo8/to9O8zEeo7k/s1600/bluewhale.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9739</id>\r
- <code>TURTR</code>\r
- <scientific_name>Tursiops truncatus</scientific_name>\r
- <common_name>Atlantic bottle-nosed dolphin</common_name>\r
- <synonym>Delphinus truncatus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/a/a6/Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg/800px-Bottlenose_Dolphin_KSC04pd0178.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9823</id>\r
- <code>PIG</code>\r
- <scientific_name>Sus scrofa</scientific_name>\r
- <common_name>Pig</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">30538</id>\r
+ <code>LAMPA</code>\r
+ <scientific_name>Lama guanicoe pacos</scientific_name>\r
+ <common_name>Alpaca</common_name>\r
+ <synonym>Lama pacos</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/sus%20scrofa2.jpg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0658.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">30538</id>\r
- <code>LAMPA</code>\r
- <scientific_name>Lama guanicoe pacos</scientific_name>\r
- <common_name>Alpaca</common_name>\r
- <synonym>Lama pacos</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9796</id>\r
+ <code>HORSE</code>\r
+ <scientific_name>Equus caballus</scientific_name>\r
+ <common_name>Horse</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0658.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0801/0088.jpeg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9796</id>\r
- <code>HORSE</code>\r
- <scientific_name>Equus caballus</scientific_name>\r
- <common_name>Horse</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0801/0088.jpeg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9397</id>\r
+ <scientific_name>Chiroptera</scientific_name>\r
+ <common_name>Bats</common_name>\r
+ <rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">59463</id>\r
+ <code>MYOLU</code>\r
+ <scientific_name>Myotis lucifugus</scientific_name>\r
+ <common_name>Little brown bat</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://biology.lakeheadu.ca/uploads/Nature_photography/brown_bat.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">132908</id>\r
+ <code>PTEVA</code>\r
+ <scientific_name>Pteropus vampyrus</scientific_name>\r
+ <common_name>Large flying fox</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5e/Pteropus_vampyrus1.jpg/412px-Pteropus_vampyrus1.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
+ <name>Carnivora</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9397</id>\r
- <scientific_name>Chiroptera</scientific_name>\r
- <common_name>Bats</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">33554</id>\r
+ <scientific_name>Carnivora</scientific_name>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">59463</id>\r
- <code>MYOLU</code>\r
- <scientific_name>Myotis lucifugus</scientific_name>\r
- <common_name>Little brown bat</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://biology.lakeheadu.ca/uploads/Nature_photography/brown_bat.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">379584</id>\r
+ <scientific_name>Caniformia</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9646</id>\r
+ <code>AILME</code>\r
+ <scientific_name>Ailuropoda melanoleuca</scientific_name>\r
+ <common_name>Giant panda</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9615</id>\r
+ <code>CANFA</code>\r
+ <scientific_name>Canis familiaris</scientific_name>\r
+ <common_name>Dog</common_name>\r
+ <synonym>Canis lupus familiaris</synonym>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">132908</id>\r
- <code>PTEVA</code>\r
- <scientific_name>Pteropus vampyrus</scientific_name>\r
- <common_name>Large flying fox</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9685</id>\r
+ <code>FELCA</code>\r
+ <scientific_name>Felis catus</scientific_name>\r
+ <common_name>Cat</common_name>\r
+ <synonym>Felis silvestris catus</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5e/Pteropus_vampyrus1.jpg/412px-Pteropus_vampyrus1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Carnivora</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">33554</id>\r
- <scientific_name>Carnivora</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9362</id>\r
+ <scientific_name>Insectivora</scientific_name>\r
+ <common_name>hedgehogs, shrews, moles and others</common_name>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">379584</id>\r
- <scientific_name>Caniformia</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">9365</id>\r
+ <code>ERIEU</code>\r
+ <scientific_name>Erinaceus europaeus</scientific_name>\r
+ <common_name>Western European hedgehog</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9646</id>\r
- <code>AILME</code>\r
- <scientific_name>Ailuropoda melanoleuca</scientific_name>\r
- <common_name>Giant panda</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3c/Giant_Panda_2004-03-2.jpg/800px-Giant_Panda_2004-03-2.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CANFA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9615</id>\r
- <code>CANFA</code>\r
- <scientific_name>Canis familiaris</scientific_name>\r
- <common_name>Dog</common_name>\r
- <synonym>Canis lupus familiaris</synonym>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/ab/Wikilabrador_jardin.JPG</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>FELCA</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9685</id>\r
- <code>FELCA</code>\r
- <scientific_name>Felis catus</scientific_name>\r
- <common_name>Cat</common_name>\r
- <synonym>Felis silvestris catus</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">42254</id>\r
+ <code>SORAR</code>\r
+ <scientific_name>Sorex araneus</scientific_name>\r
+ <common_name>Eurasian common shrew</common_name>\r
+ <synonym>European shrew</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9b/Domestic_cat_cropped.jpg/755px-Domestic_cat_cropped.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <scientific_name>Atlantogenata</scientific_name>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9362</id>\r
- <scientific_name>Insectivora</scientific_name>\r
- <common_name>hedgehogs, shrews, moles and others</common_name>\r
- <rank>order</rank>\r
+ <id provider="uniprot">311790</id>\r
+ <scientific_name>Afrotheria</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9365</id>\r
- <code>ERIEU</code>\r
- <scientific_name>Erinaceus europaeus</scientific_name>\r
- <common_name>Western European hedgehog</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d4/Igel01.jpg</uri>\r
+ <scientific_name>Paenungulata</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9785</id>\r
+ <code>LOXAF</code>\r
+ <scientific_name>Loxodonta africana</scientific_name>\r
+ <common_name>African savanna elephant</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9813</id>\r
+ <code>PROCA</code>\r
+ <scientific_name>Procavia capensis</scientific_name>\r
+ <common_name>Cape hyrax</common_name>\r
+ <synonym>Rock dassie</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">42254</id>\r
- <code>SORAR</code>\r
- <scientific_name>Sorex araneus</scientific_name>\r
- <common_name>Eurasian common shrew</common_name>\r
- <synonym>European shrew</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9371</id>\r
+ <code>ECHTE</code>\r
+ <scientific_name>Echinops telfairi</scientific_name>\r
+ <common_name>Lesser hedgehog tenrec</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.batraciens-reptiles.com/musaraigne2.jpg</uri>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Atlantogenata</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">311790</id>\r
- <scientific_name>Afrotheria</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
- </taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <scientific_name>Paenungulata</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">9348</id>\r
+ <scientific_name>Xenarthra</scientific_name>\r
+ <synonym>Edentata</synonym>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9785</id>\r
- <code>LOXAF</code>\r
- <scientific_name>Loxodonta africana</scientific_name>\r
- <common_name>African savanna elephant</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9358</id>\r
+ <code>CHOHO</code>\r
+ <scientific_name>Choloepus hoffmanni</scientific_name>\r
+ <common_name>Hoffmann's two-fingered sloth</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/susan_hoffman/elephants.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9813</id>\r
- <code>PROCA</code>\r
- <scientific_name>Procavia capensis</scientific_name>\r
- <common_name>Cape hyrax</common_name>\r
- <synonym>Rock dassie</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">9361</id>\r
+ <code>DASNO</code>\r
+ <scientific_name>Dasypus novemcinctus</scientific_name>\r
+ <common_name>Nine-banded armadillo</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/1206/0460.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9371</id>\r
- <code>ECHTE</code>\r
- <scientific_name>Echinops telfairi</scientific_name>\r
- <common_name>Lesser hedgehog tenrec</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/david_kupitz/etelfairi.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9263</id>\r
+ <scientific_name>Metatheria</scientific_name>\r
+ <common_name>Marsupials</common_name>\r
+ </taxonomy>\r
+ <reference doi="10.1016/j.ympev.2004.05.004">\r
+ <desc>First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9348</id>\r
- <scientific_name>Xenarthra</scientific_name>\r
- <synonym>Edentata</synonym>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <scientific_name>Eometatheria</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9358</id>\r
- <code>CHOHO</code>\r
- <scientific_name>Choloepus hoffmanni</scientific_name>\r
- <common_name>Hoffmann's two-fingered sloth</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9315</id>\r
+ <code>MACEU</code>\r
+ <scientific_name>Macropus eugenii</scientific_name>\r
+ <common_name>Tammar wallaby</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/89/Sloth8.jpg/800px-Sloth8.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9361</id>\r
- <code>DASNO</code>\r
- <scientific_name>Dasypus novemcinctus</scientific_name>\r
- <common_name>Nine-banded armadillo</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">9305</id>\r
+ <code>SARHA</code>\r
+ <scientific_name>Sarcophilus harrisii</scientific_name>\r
+ <common_name>Tasmanian devil</common_name>\r
+ <synonym>Sarcophilus laniarius</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://anthropometaphors.files.wordpress.com/2008/11/nine-banded-armadillo41.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9263</id>\r
- <scientific_name>Metatheria</scientific_name>\r
- <common_name>Marsupials</common_name>\r
- </taxonomy>\r
- <reference doi="10.1016/j.ympev.2004.05.004">\r
- <desc>First combined cladistic analysis of marsupial mammal interrelationships</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <scientific_name>Eometatheria</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9315</id>\r
- <code>MACEU</code>\r
- <scientific_name>Macropus eugenii</scientific_name>\r
- <common_name>Tammar wallaby</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/de/Macropus_eugenii.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9305</id>\r
- <code>SARHA</code>\r
- <scientific_name>Sarcophilus harrisii</scientific_name>\r
- <common_name>Tasmanian devil</common_name>\r
- <synonym>Sarcophilus laniarius</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">13616</id>\r
+ <code>MONDO</code>\r
+ <scientific_name>Monodelphis domestica</scientific_name>\r
+ <common_name>Short-tailed gray opossum</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/3b/Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg/727px-Sarcophilus_harrisii_-Healesville_Sanctuary-8a.jpg</uri>\r
+ <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
- <clade>\r
- <name>MONDO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13616</id>\r
- <code>MONDO</code>\r
- <scientific_name>Monodelphis domestica</scientific_name>\r
- <common_name>Short-tailed gray opossum</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://animaldiversity.ummz.umich.edu/site/resources/phil_myers/classic/monodelphis.jpg/medium.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9258</id>\r
+ <code>ORNAN</code>\r
+ <scientific_name>Ornithorhynchus anatinus</scientific_name>\r
+ <common_name>Duckbill platypus</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Platypus_BrokenRiver_QLD_Australia2.png</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ORNAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9258</id>\r
- <code>ORNAN</code>\r
- <scientific_name>Ornithorhynchus anatinus</scientific_name>\r
- <common_name>Duckbill platypus</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/12/Platypus_BrokenRiver_QLD_Australia2.png</uri>\r
+ <id provider="uniprot">8457</id>\r
+ <scientific_name>Sauropsida</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
- </clade>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8457</id>\r
- <scientific_name>Sauropsida</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>Archosauria & Testudines</name>\r
- <reference doi="10.1038/ng.2615">\r
- <desc>The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8492</id>\r
- <scientific_name>Archosauria</scientific_name>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Archosauria & Testudines</name>\r
+ <reference doi="10.1038/ng.2615">\r
+ <desc>The draft genomes of soft-shell turtle and green sea turtle yield insights into the development and evolution of the turtle-specific body plan</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
<clade>\r
- <name>Neognathae</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8825</id>\r
- <scientific_name>Neognathae</scientific_name>\r
- <rank>superorder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">8492</id>\r
+ <scientific_name>Archosauria</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>Phasianidae & Anatidae (waterfowl)</name>\r
+ <name>Neognathae</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8825</id>\r
+ <scientific_name>Neognathae</scientific_name>\r
+ <rank>superorder</rank>\r
+ </taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9005</id>\r
- <scientific_name>Phasianidae</scientific_name>\r
- <rank>family</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Phasianidae & Anatidae (waterfowl)</name>\r
<clade>\r
- <name>CHICK</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9031</id>\r
- <code>CHICK</code>\r
- <scientific_name>Gallus gallus</scientific_name>\r
- <common_name>Chicken</common_name>\r
- <synonym>Gallus domesticus</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg</uri>\r
+ <id provider="uniprot">9005</id>\r
+ <scientific_name>Phasianidae</scientific_name>\r
+ <rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9031</id>\r
+ <code>CHICK</code>\r
+ <scientific_name>Gallus gallus</scientific_name>\r
+ <common_name>Chicken</common_name>\r
+ <synonym>Gallus domesticus</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f8/Rooster04_adjusted.jpg/800px-Rooster04_adjusted.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">9103</id>\r
+ <code>MELGA</code>\r
+ <scientific_name>Meleagris gallopavo</scientific_name>\r
+ <common_name>Common turkey</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">9103</id>\r
- <code>MELGA</code>\r
- <scientific_name>Meleagris gallopavo</scientific_name>\r
- <common_name>Common turkey</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">8839</id>\r
+ <code>ANAPL</code>\r
+ <scientific_name>Anas platyrhynchos</scientific_name>\r
+ <common_name>Domestic duck</common_name>\r
+ <synonym>Anas boschas</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://calphotos.berkeley.edu/imgs/512x768/0000_0000/0205/0858.jpeg</uri>\r
+ <uri>http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8839</id>\r
- <code>ANAPL</code>\r
- <scientific_name>Anas platyrhynchos</scientific_name>\r
- <common_name>Domestic duck</common_name>\r
- <synonym>Anas boschas</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">59729</id>\r
+ <code>TAEGU</code>\r
+ <scientific_name>Taeniopygia guttata</scientific_name>\r
+ <common_name>Zebra finch</common_name>\r
+ <synonym>Poephila guttata</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content.ornith.cornell.edu/UEWebApp/images/MPR_070302_100009_L.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">59729</id>\r
- <code>TAEGU</code>\r
- <scientific_name>Taeniopygia guttata</scientific_name>\r
- <common_name>Zebra finch</common_name>\r
- <synonym>Poephila guttata</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">8496</id>\r
+ <code>ALLMI</code>\r
+ <scientific_name>Alligator mississippiensis</scientific_name>\r
+ <common_name>American alligator</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/84/Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg/355px-Taeniopygia_guttata_-_front_view_-_dundee_wildlife_park.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.herpcenter.com/reptile-caresheets/images/american_alligator.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8496</id>\r
- <code>ALLMI</code>\r
- <scientific_name>Alligator mississippiensis</scientific_name>\r
- <common_name>American alligator</common_name>\r
+ <id provider="uniprot">13735</id>\r
+ <code>PELSI</code>\r
+ <scientific_name>Pelodiscus sinensis</scientific_name>\r
+ <authority>(Wiegmann, 1835) Cox et al. 1998</authority>\r
+ <common_name>Chinese softshell turtle</common_name>\r
+ <synonym>Trionyx sinensis</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/c/cd/Two_american_alligators.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.chelonia.org/PsinensisTR1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">13735</id>\r
- <code>PELSI</code>\r
- <scientific_name>Pelodiscus sinensis</scientific_name>\r
- <authority>(Wiegmann, 1835) Cox et al. 1998</authority>\r
- <common_name>Chinese softshell turtle</common_name>\r
- <synonym>Trionyx sinensis</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">28377</id>\r
+ <code>ANOCA</code>\r
+ <scientific_name>Anolis carolinensis</scientific_name>\r
+ <authority>Voigt, 1832</authority>\r
+ <common_name>Green anole</common_name>\r
+ <synonym>American chameleon</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.chelonia.org/PsinensisTR1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg</uri>\r
+ <uri>http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5a/Anolis_carolinensis.jpg/800px-Anolis_carolinensis.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8353</id>\r
+ <scientific_name>Xenopus</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">8355</id>\r
+ <code>XENLA</code>\r
+ <scientific_name>Xenopus laevis</scientific_name>\r
+ <authority>Daudin, 1802</authority>\r
+ <common_name>African clawed frog</common_name>\r
+ <synonym>Bufo laevis</synonym>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">28377</id>\r
- <code>ANOCA</code>\r
- <scientific_name>Anolis carolinensis</scientific_name>\r
- <authority>Voigt, 1832</authority>\r
- <common_name>Green anole</common_name>\r
- <synonym>American chameleon</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">8364</id>\r
+ <code>XENTR</code>\r
+ <scientific_name>Xenopus tropicalis</scientific_name>\r
+ <common_name>Western clawed frog</common_name>\r
+ <synonym>Silurana tropicalis</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content61.eol.org/content/2009/09/20/01/05528_580_360.jpg</uri>\r
- <uri>http://content61.eol.org/content/2008/10/08/13/66818_580_360.jpg</uri>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5a/Anolis_carolinensis.jpg/800px-Anolis_carolinensis.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8353</id>\r
- <scientific_name>Xenopus</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">7897</id>\r
+ <code>LATCH</code>\r
+ <scientific_name>Latimeria chalumnae</scientific_name>\r
+ <common_name>West Indian ocean coelacanth</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://marinebio.org/upload/Latimeria-chalumnae/1.jpg</uri>\r
+ <uri>http://images.nationalgeographic.com/wpf/media-live/photos/000/005/cache/coelacanth_501_600x450.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8355</id>\r
- <code>XENLA</code>\r
- <scientific_name>Xenopus laevis</scientific_name>\r
- <authority>Daudin, 1802</authority>\r
- <common_name>African clawed frog</common_name>\r
- <synonym>Bufo laevis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e3/Xenopus_laevis.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">8364</id>\r
- <code>XENTR</code>\r
- <scientific_name>Xenopus tropicalis</scientific_name>\r
- <common_name>Western clawed frog</common_name>\r
- <synonym>Silurana tropicalis</synonym>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://genoweb.univ-rennes1.fr/OGP/xenopus%20tropicalis.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<scientific_name>Atherinomorpha</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ORYLA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">8090</id>\r
<code>ORYLA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GASAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">69293</id>\r
<code>GASAC</code>\r
<scientific_name>Gasterosteus aculeatus</scientific_name>\r
<common_name>Three-spined stickleback</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.fiskbasen.se/images/gasterosteus_aculeatus.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.jjphoto.dk/fish_archive/freshwater/gasterosteus_aculeatus.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TETNG</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">99883</id>\r
<code>TETNG</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DANRE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7955</id>\r
<code>DANRE</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CIOIN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7719</id>\r
<code>CIOIN</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CIOSA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">51511</id>\r
<code>CIOSA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OIKDI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="ncbi">34765</id>\r
<code>OIKDI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BRAFL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7739</id>\r
<code>BRAFL</code>\r
<clade>\r
<name>Hemichordata & Echinodermata</name>\r
<clade>\r
- <name>SACKO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">10224</id>\r
<code>SACKO</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>STRPU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7668</id>\r
<code>STRPU</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>AEDAE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7159</id>\r
<code>AEDAE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ANOGA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7165</id>\r
<code>ANOGA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CULPI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7175</id>\r
<code>CULPI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BOMMO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7091</id>\r
<code>BOMMO</code>\r
<rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>APIME</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7460</id>\r
<code>APIME</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NASVI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7425</id>\r
<code>NASVI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRICA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7070</id>\r
<code>TRICA</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ACYPI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">7029</id>\r
<code>ACYPI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHOPR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">13249</id>\r
<code>RHOPR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DAPPU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">6669</id>\r
<code>DAPPU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>IXOSC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">6945</id>\r
<code>IXOSC</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PRIPA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">54126</id>\r
<code>PRIPA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BRUMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">6279</id>\r
<code>BRUMA</code>\r
<scientific_name>Pinctada fucata</scientific_name>\r
<common_name>Pearl oyster</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1e/Pinctada_margaritifera_MHNT.CON.2002.893.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.elrincondelmalacologo.com/Web%20fotos%20marinos%20no%20gasteropodos/Fotos%20coleccion/Pteriidae/Pinctada%20fucata.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SCHMD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">79327</id>\r
<code>SCHMD</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRIAD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">10228</id>\r
<code>TRIAD</code>\r
<scientific_name>Trichoplax adhaerens</scientific_name>\r
<synonym>Trichoplax reptans</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://ncse.com/files/images/trichoplax_ana_signorovitch.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Triad1/placozoan_signorovitch.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
<reference doi="10.1073/pnas.0602076103">\r
</reference>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">400682</id>\r
- <code>AMPQE</code>\r
- <scientific_name>Amphimedon queenslandica</scientific_name>\r
- <authority>Hooper & Van Soest, 2006</authority>\r
- <common_name>Sponge</common_name>\r
- <synonym>Reniera sp. JGI-2005</synonym>\r
+ <id provider="uniprot">27923</id>\r
+ <code>MNELE</code>\r
+ <scientific_name>Mnemiopsis leidyi</scientific_name>\r
+ <authority>A. gassiz, 1865</authority>\r
+ <common_name>Sea walnut</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://images.marinespecies.org/resized/46694_amphimedon-queenslandica.jpg</uri>\r
+ <uri>http://images.marinespecies.org/resized/12797_mnemiopsis-leidyi.jpg</uri>\r
+ <uri>http://i.livescience.com/images/i/000/014/544/original/mnemiopsis-leidyi-jellyfish-101014-02.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MONBE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">81824</id>\r
<code>MONBE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GIBZE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5518</id>\r
<code>GIBZE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MAGGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">148305</id>\r
<code>MAGGR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHAGB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">1029505</id>\r
<code>CHAGB</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NEUCR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5141</id>\r
<code>NEUCR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OIDMAI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">78148</id>\r
<scientific_name>Oidiodendron maius</scientific_name>\r
<rank>subclass</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CLAGRA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">27339</id>\r
<scientific_name>Cladonia grayi</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>XANPAR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">107463</id>\r
<scientific_name>Xanthoria parietina</scientific_name>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MYCFI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">83344</id>\r
<scientific_name>Mycosphaerella fijiensis</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MYCGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">54734</id>\r
<code>MYCGR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MYCPJ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">64363</id>\r
<code>MYCPJ</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>COCHE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5016</id>\r
<code>COCHE</code>\r
<synonym>Exserohilum turcicum</synonym>\r
<synonym>Helminthosporium turcicum</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://openi.nlm.nih.gov/imgs/rescaled512/3017769_1471-2229-10-103-3.png</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PYRTR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">426418</id>\r
<code>PYRTR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHANO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">13684</id>\r
<code>PHANO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ASPNG</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5061</id>\r
<code>ASPNG</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Neosartorya_Emericella</name>\r
+ <name>Neosartorya & Emericella</name>\r
<clade>\r
- <name>EMENI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">195546</id>\r
<code>EMENI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NEOFI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">331117</id>\r
<code>NEOFI</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>COCIM</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5501</id>\r
<code>COCIM</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>UNCRE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">336963</id>\r
<code>UNCRE</code>\r
<clade>\r
<name>Saccharomyces</name>\r
<clade>\r
- <name>SACCA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">27288</id>\r
<code>SACCA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>YEAST</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4932</id>\r
<code>YEAST</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PICAN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4905</id>\r
<code>PICAN</code>\r
<clade>\r
<name>Kluyveromyces</name>\r
<clade>\r
- <name>KLULA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">28985</id>\r
<code>KLULA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>KLUWA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4914</id>\r
<code>KLUWA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ASHGO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">33169</id>\r
<code>ASHGO</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CANAL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5476</id>\r
<code>CANAL</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CANTR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5482</id>\r
<code>CANTR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DEBHA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4959</id>\r
<code>DEBHA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>YARLI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4952</id>\r
<code>YARLI</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>SCHJP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4897</id>\r
<code>SCHJP</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SCHPO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4896</id>\r
<code>SCHPO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PNECA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4754</id>\r
<code>PNECA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>COPCI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5346</id>\r
<code>COPCI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PLEOS</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5322</id>\r
<code>PLEOS</code>\r
<scientific_name>Hydnomerulius pinastri</scientific_name>\r
<common_name>Spiny dry rot fungus</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://mycoweb-stv.narod.ru/fungi/Submitted/STV1/Hydnomerulius_pinastri_1_STV_20100913.jpg</uri>\r
+ <uri>http://genome.jgi.doe.gov/public/Hydpi1/Hydnomerulius_pinastri.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GLOTR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">104355</id>\r
<code>GLOTR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CERSU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">42742</id>\r
<code>CERSU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HETAN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">13563</id>\r
<code>HETAN</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CRYNE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5207</id>\r
<code>CRYNE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TREME</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">1029985</id>\r
<code>TREME</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>USTMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5270</id>\r
<code>USTMA</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MELLP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">156696</id>\r
<code>MELLP</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PUCGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">1029947</id>\r
<code>PUCGR</code>\r
<scientific_name>mitosporic Sporidiobolales</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>RHOGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">29898</id>\r
<code>RHOGR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>WALSE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">148960</id>\r
<code>WALSE</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MUCCI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">36080</id>\r
<code>MUCCI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHYBL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4837</id>\r
<code>PHYBL</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHIOR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">64495</id>\r
<code>RHIOR</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>DICDI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">44689</id>\r
<code>DICDI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DICPU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5786</id>\r
<code>DICPU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ENTHI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5759</id>\r
<code>ENTHI</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>FRAVE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">57918</id>\r
<code>FRAVE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PRUPE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3760</id>\r
<code>PRUPE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CUCSA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3659</id>\r
<code>CUCSA</code>\r
<rank>subfamily</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>SOYBN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3847</id>\r
<code>SOYBN</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MEDTR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3880</id>\r
<code>MEDTR</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MANES</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3983</id>\r
<code>MANES</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RICCO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3988</id>\r
<code>RICCO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>POPTR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3694</id>\r
<code>POPTR</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ARALY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">59689</id>\r
<code>ARALY</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ARATH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3702</id>\r
<code>ARATH</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CARPA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3649</id>\r
<code>CARPA</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CITCLE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">85681</id>\r
<scientific_name>Citrus clementina</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CITSI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2711</id>\r
<code>CITSI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>EUCGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">71139</id>\r
<code>EUCGR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>VITVI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="eol">582304</id>\r
<code>VITVI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MIMGU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4155</id>\r
<code>MIMGU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>AQUCA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">218851</id>\r
<code>AQUCA</code>\r
<common_name>Rocky mountain columbine</common_name>\r
<synonym>Aquilegia coerulea</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content9.eol.org/content/2010/01/01/03/15137_large.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.wildflower.org/image_archive/320x240/PCD3618/PCD3618_IMG0033.JPG</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>SORBI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4558</id>\r
<code>SORBI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MAIZE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4577</id>\r
<code>MAIZE</code>\r
<rank>tribe</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PANVIR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">38727</id>\r
<scientific_name>Panicum virgatum</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SETIT</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4555</id>\r
<code>SETIT</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ORYSA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">4530</id>\r
<code>ORYSA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ORYSJ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">39947</id>\r
<code>ORYSJ</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BRADI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">15368</id>\r
<code>BRADI</code>\r
<common_name>Purple false brome</common_name>\r
<synonym>Trachynia distachya</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://content5.eol.org/content/2011/01/15/20/16311_large.jpg</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/01/Brachypodium_distachyon_Bd21-3.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SELMO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">34167</id>\r
<code>SELMO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHYPA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">145481</id>\r
<code>PHYPA</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>OSTLU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">436017</id>\r
<code>OSTLU</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OSTRC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">385169</id>\r
<scientific_name>Ostreococcus sp. RCC809</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>OSTTA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">70448</id>\r
<code>OSTTA</code>\r
<scientific_name>Ostreococcus tauri</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Ost9901_3/Ostta.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MICPC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">564608</id>\r
<code>MICPC</code>\r
<scientific_name>Micromonas pusilla (strain CCMP1545)</scientific_name>\r
<common_name>Picoplanktonic green alga</common_name>\r
+ <uri>http://www.mansfield.ohio-state.edu/~sabedon/microfla.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MICSR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">296587</id>\r
<code>MICSR</code>\r
<rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ASTSPC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">763042</id>\r
<scientific_name>Asterochloris sp. Cgr/DA1pho</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLSP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">554065</id>\r
<scientific_name>Chlorella variabilis</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLVUL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">574566</id>\r
<scientific_name>Coccomyxa sp. C-169</scientific_name>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CHLRE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">3055</id>\r
<code>CHLRE</code>\r
</clade>\r
<clade>\r
<name>Stramenopiles & Alveolata & Rhizaria</name>\r
+ <taxonomy>\r
+ </taxonomy>\r
<reference doi="10.1186/1471-2148-10-377">\r
<desc>Evolution of Rhizaria: new insights from phylogenomic analysis of uncultivated protists</desc>\r
</reference>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">33630</id>\r
<scientific_name>Alveolata</scientific_name>\r
+ <rank>superphylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5794</id>\r
- <scientific_name>Apicomplexa</scientific_name>\r
- <rank>phylum</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Apicomplexa & Dinophyceae</name>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">422676</id>\r
- <scientific_name>Aconoidasida</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5794</id>\r
+ <scientific_name>Apicomplexa</scientific_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5820</id>\r
- <scientific_name>Plasmodium</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">422676</id>\r
+ <scientific_name>Aconoidasida</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PLACH</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5825</id>\r
- <code>PLACH</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium chabaudi</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5820</id>\r
+ <scientific_name>Plasmodium</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5825</id>\r
+ <code>PLACH</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium chabaudi</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5833</id>\r
+ <code>PLAFA</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium falciparum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">73239</id>\r
+ <code>PLAYO</code>\r
+ <scientific_name>Plasmodium yoelii yoelii</scientific_name>\r
+ <rank>subspecies</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PLAFA</name>\r
+ <name>Theileria</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5833</id>\r
- <code>PLAFA</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium falciparum</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5873</id>\r
+ <scientific_name>Theileria</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5874</id>\r
+ <code>THEAN</code>\r
+ <scientific_name>Theileria annulata</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5875</id>\r
+ <code>THEPA</code>\r
+ <scientific_name>Theileria parva</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PLAYO</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">73239</id>\r
- <code>PLAYO</code>\r
- <scientific_name>Plasmodium yoelii yoelii</scientific_name>\r
- <rank>subspecies</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5865</id>\r
+ <code>BABBO</code>\r
+ <scientific_name>Babesia bovis</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.perulactea.com/wp-content/uploads/2012/03/Babesia_bovis.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Theileria</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5873</id>\r
- <scientific_name>Theileria</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">423054</id>\r
+ <scientific_name>Eimeriorina</scientific_name>\r
+ <rank>suborder</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>THEAN</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5874</id>\r
- <code>THEAN</code>\r
- <scientific_name>Theileria annulata</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5806</id>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium</scientific_name>\r
+ <rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">237895</id>\r
+ <code>CRYHO</code>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium hominis</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5807</id>\r
+ <code>CRYPV</code>\r
+ <scientific_name>Cryptosporidium parvum</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEPA</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5875</id>\r
- <code>THEPA</code>\r
- <scientific_name>Theileria parva</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
+ <name>Eimeria & Toxoplasma</name>\r
+ <reference doi="10.1093/molbev/msn213">\r
+ <desc>The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees</desc>\r
+ </reference>\r
+ <reference>\r
+ </reference>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5802</id>\r
+ <code>EIMTE</code>\r
+ <scientific_name>Eimeria tenella</scientific_name>\r
+ <common_name>Coccidian parasite</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5811</id>\r
+ <code>TOXGO</code>\r
+ <scientific_name>Toxoplasma gondii</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">423054</id>\r
- <scientific_name>Eimeriorina</scientific_name>\r
- <rank>suborder</rank>\r
+ <id provider="uniprot">2864</id>\r
+ <scientific_name>Dinophyceae</scientific_name>\r
+ <authority>Fritsch, 1927</authority>\r
+ <common_name>dinoflagellates</common_name>\r
+ <synonym>Chromophyta</synonym>\r
+ <synonym>Dinoflagellata</synonym>\r
+ <synonym>Pyrrophyta</synonym>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5806</id>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium</scientific_name>\r
- <rank>genus</rank>\r
+ <id provider="uniprot">2866</id>\r
+ <code>CRYCO</code>\r
+ <scientific_name>Crypthecodinium cohnii</scientific_name>\r
+ <common_name>Dinoflagellate</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.lamolina.net/image/DHAcell.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
- <clade>\r
- <name>CRYHO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">237895</id>\r
- <code>CRYHO</code>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium hominis</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>CRYPV</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5807</id>\r
- <code>CRYPV</code>\r
- <scientific_name>Cryptosporidium parvum</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>Eimeria & Toxoplasma</name>\r
- <reference doi="10.1093/molbev/msn213">\r
- <desc>The Apicomplexan Whole-Genome Phylogeny: An Analysis of Incongruence among Gene Trees</desc>\r
- </reference>\r
- <reference>\r
- </reference>\r
- <clade>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5802</id>\r
- <code>EIMTE</code>\r
- <scientific_name>Eimeria tenella</scientific_name>\r
- <common_name>Coccidian parasite</common_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- <uri>http://www.k-state.edu/parasitology/625tutorials/FIGtenella.jpg</uri>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
- <clade>\r
- <name>TOXGO</name>\r
- <taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5811</id>\r
- <code>TOXGO</code>\r
- <scientific_name>Toxoplasma gondii</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
- </taxonomy>\r
- </clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">2923</id>\r
+ <code>THOHE</code>\r
+ <scientific_name>Thoracosphaera heimii</scientific_name>\r
+ <common_name>Dinoflagellate</common_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://planktonnet.awi.de/repository/rawdata-PlanktonNet2/viewable/fjouenne_21806a_20080123172436_small.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">431838</id>\r
- <scientific_name>Intramacronucleata</scientific_name>\r
- <rank>subphylum</rank>\r
+ <id provider="uniprot">5878</id>\r
+ <scientific_name>Ciliophora</scientific_name>\r
+ <common_name>ciliates</common_name>\r
+ <rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">6020</id>\r
- <scientific_name>Oligohymenophorea</scientific_name>\r
- <rank>class</rank>\r
+ <id provider="uniprot">431838</id>\r
+ <scientific_name>Intramacronucleata</scientific_name>\r
+ <rank>subphylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PARTE</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5888</id>\r
- <code>PARTE</code>\r
- <scientific_name>Paramecium tetraurelia</scientific_name>\r
- <rank>species</rank>\r
+ <id provider="uniprot">6020</id>\r
+ <scientific_name>Oligohymenophorea</scientific_name>\r
+ <rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5888</id>\r
+ <code>PARTE</code>\r
+ <scientific_name>Paramecium tetraurelia</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://research.plattsburgh.edu/ciliates/images/jdopics208.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">5911</id>\r
+ <code>TETTH</code>\r
+ <scientific_name>Tetrahymena thermophila</scientific_name>\r
+ <rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/08/Tetrahymena_thermophila.png/220px-Tetrahymena_thermophila.png</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TETTH</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">5911</id>\r
- <code>TETTH</code>\r
- <scientific_name>Tetrahymena thermophila</scientific_name>\r
+ <id provider="uniprot">1172189</id>\r
+ <scientific_name>Oxytricha trifallax</scientific_name>\r
+ <authority>Stein, 1859</authority>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://centexnaturalist.com/foldermainmenus/sfprotists/folderprotozoans/oxytricha04.gif</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="uniprot">1172189</id>\r
- <scientific_name>Oxytricha trifallax</scientific_name>\r
- <authority>Stein, 1859</authority>\r
+ <id provider="uniprot">5961</id>\r
+ <code>BLEJA</code>\r
+ <scientific_name>Blepharisma japonicum</scientific_name>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://centexnaturalist.com/foldermainmenus/sfprotists/folderprotozoans/oxytricha04.gif</uri>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/2/23/Mikrofoto.de-Blepharisma_japonicum_15.jpg</uri>\r
+ <uri>http://protist.i.hosei.ac.jp/PDB/PCD0473/C/016.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<scientific_name>Bacillariophycidae</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>FRACY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">186039</id>\r
<code>FRACY</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHATR</name>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">912693</id>\r
+ <id provider="uniprot">2850</id>\r
<code>PHATR</code>\r
<scientific_name>Phaeodactylum tricornutum</scientific_name>\r
<authority>Bohlin</authority>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/b/bf/Phaeodactylum_tricornutum.png/637px-Phaeodactylum_tricornutum.png</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<taxonomy>\r
- <id provider="eol">912461</id>\r
+ <id provider="uniprot">44056</id>\r
<code>AURAN</code>\r
<scientific_name>Aureococcus anophagefferens</scientific_name>\r
<authority>Hargraves & Sieburth</authority>\r
+ <common_name>Harmful bloom alga</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://www.dec.ny.gov/images/fish_marine_images/alex1.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<scientific_name>Phytophthora ramorum</scientific_name>\r
<common_name>Sudden oak death agent</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://genome.jgi-psf.org/Phyra1_1/pramorum.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
<common_name>Soybean stem and root rot agent</common_name>\r
<synonym>Phytophthora megasperma f. sp. glycines</synonym>\r
<rank>species</rank>\r
- <uri>http://genome.jgi-psf.org/Physo1_1/pramorum.jpg</uri>\r
+ <uri>http://www.apsnet.org/publications/imageresources/PublishingImages/2003/IW000025b.jpg</uri>\r
+ </taxonomy>\r
+ </clade>\r
+ <clade>\r
+ <taxonomy>\r
+ <id provider="uniprot">4785</id>\r
+ <code>PHYCI</code>\r
+ <scientific_name>Phytophthora cinnamomi</scientific_name>\r
+ <common_name>Cinnamon fungus</common_name>\r
+ <uri>http://genome.jgi.doe.gov/public/Phyci1/Pcinnamomi_hyphae_and_chlamydospores.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>LEIMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5664</id>\r
<code>LEIMA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRYBB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5702</id>\r
<code>TRYBB</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NAEGR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5762</id>\r
<code>NAEGR</code>\r
<scientific_name>Naegleria gruberi</scientific_name>\r
<common_name>Amoeba</common_name>\r
<rank>species</rank>\r
+ <uri>http://media.npr.org/assets/news/2010/03/05/amoeba_custom-a24a7e20b8d9f1b681cf6a25d0d046d84f238349-s3.jpg</uri>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
<name>Metamonada</name>\r
<clade>\r
- <name>GIALA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5741</id>\r
<code>GIALA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRIVA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">5722</id>\r
<code>TRIVA</code>\r
<clade>\r
<name>a_2</name>\r
<clade>\r
- <name>METAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2214</id>\r
<code>METAC</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METBF</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">269797</id>\r
<code>METBF</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2209</id>\r
<code>METMA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METBU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">259564</id>\r
<code>METBU</code>\r
<clade>\r
<name>a_9</name>\r
<clade>\r
- <name>METB6</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">456442</id>\r
<code>METB6</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METHU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2203</id>\r
<code>METHU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METMJ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">368407</id>\r
<code>METMJ</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METLZ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">410358</id>\r
<code>METLZ</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METTP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">349307</id>\r
<code>METTP</code>\r
<clade>\r
<name>a_19</name>\r
<clade>\r
- <name>HALMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2238</id>\r
<code>HALMA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NATPH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2257</id>\r
<code>NATPH</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>HALS3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">478009</id>\r
<code>HALS3</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HALSP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2243</id>\r
<code>HALSP</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HALWD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">362976</id>\r
<code>HALWD</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ARCFU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2234</id>\r
<code>ARCFU</code>\r
<clade>\r
<name>a_31</name>\r
<clade>\r
- <name>METJA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2190</id>\r
<code>METJA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>META3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">419665</id>\r
<code>META3</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>METMP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">39152</id>\r
<code>METMP</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METVS</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">406327</id>\r
<code>METVS</code>\r
<clade>\r
<name>a_38</name>\r
<clade>\r
- <name>METS3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">420247</id>\r
<code>METS3</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METST</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">339860</id>\r
<code>METST</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METTH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">187420</id>\r
<code>METTH</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METKA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2320</id>\r
<code>METKA</code>\r
<clade>\r
<name>a_47</name>\r
<clade>\r
- <name>PYRFU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2261</id>\r
<code>PYRFU</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PYRAB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">29292</id>\r
<code>PYRAB</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PYRHO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">53953</id>\r
<code>PYRHO</code>\r
<clade>\r
<name>a_55</name>\r
<clade>\r
- <name>NANEQ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">228908</id>\r
<code>NANEQ</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>THEAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">273075</id>\r
<code>THEAC</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEVO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">273116</id>\r
<code>THEVO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PICTO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">263820</id>\r
<code>PICTO</code>\r
<clade>\r
<name>a_65</name>\r
<clade>\r
- <name>PYRAR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">340102</id>\r
<code>PYRAR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PYRCJ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">410359</id>\r
<code>PYRCJ</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PYRAE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">13773</id>\r
<code>PYRAE</code>\r
<clade>\r
<name>a_70</name>\r
<clade>\r
- <name>PYRIL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">384616</id>\r
<code>PYRIL</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THENV</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">444157</id>\r
<code>THENV</code>\r
<clade>\r
<name>a_76</name>\r
<clade>\r
- <name>SULAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2285</id>\r
<code>SULAC</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SULTO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">273063</id>\r
<code>SULTO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SULSO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2287</id>\r
<code>SULSO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METS5</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">399549</id>\r
<code>METS5</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>AERPE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">56636</id>\r
<code>AERPE</code>\r
<clade>\r
<name>a_86</name>\r
<clade>\r
- <name>STAMF</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">399550</id>\r
<code>STAMF</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEPD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">368408</id>\r
<code>THEPD</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HYPBU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">415426</id>\r
<code>HYPBU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>IGNH4</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">453591</id>\r
<code>IGNH4</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ECOLI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">83333</id>\r
<code>ECOLI</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ECO57</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">83334</id>\r
<code>ECO57</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SHIFL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">623</id>\r
<code>SHIFL</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SALTY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">90371</id>\r
<code>SALTY</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>YERPE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">632</id>\r
<code>YERPE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PHOLU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">29488</id>\r
<code>PHOLU</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PHOPR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">74109</id>\r
<code>PHOPR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>VIBCH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">666</id>\r
<code>VIBCH</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SHEDO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">318161</id>\r
<code>SHEDO</code>\r
<clade>\r
<name>b_19</name>\r
<clade>\r
- <name>PSEF5</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">220664</id>\r
<code>PSEF5</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PSEPF</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">205922</id>\r
<code>PSEPF</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PSEAE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">287</id>\r
<code>PSEAE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHRSD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">290398</id>\r
<code>CHRSD</code>\r
<rank>class</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>DECAR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">159087</id>\r
<code>DECAR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RALME</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">266264</id>\r
<code>RALME</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>NITEU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">915</id>\r
<code>NITEU</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NITMU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">323848</id>\r
<code>NITMU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THIDE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">36861</id>\r
<code>THIDE</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ALHEH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">187272</id>\r
<code>ALHEH</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HALHL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">349124</id>\r
<code>HALHL</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NITOC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">323261</id>\r
<code>NITOC</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THICR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">317025</id>\r
<code>THICR</code>\r
<clade>\r
<name>b_47</name>\r
<clade>\r
- <name>IDILO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">135577</id>\r
<code>IDILO</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>LEGPN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">446</id>\r
<code>LEGPN</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>XANAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">92829</id>\r
<code>XANAC</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>XYLFT</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">183190</id>\r
<code>XYLFT</code>\r
<scientific_name>Rhizobium/Agrobacterium group</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>AGRT5</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">176299</id>\r
<code>AGRT5</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHIEC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">347834</id>\r
<code>RHIEC</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>BRAJA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">375</id>\r
<code>BRAJA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHOPT</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">395960</id>\r
<code>RHOPT</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>RHOS1</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">349101</id>\r
<code>RHOS1</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ROSDO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">375451</id>\r
<code>ROSDO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CAUCR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">155892</id>\r
<code>CAUCR</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ACICY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">524</id>\r
<code>ACICY</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHORU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1085</id>\r
<code>RHORU</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>HAEIN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">727</id>\r
<code>HAEIN</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PASMU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">747</id>\r
<code>PASMU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NEIME</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">487</id>\r
<code>NEIME</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ACIFE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">905</id>\r
<code>ACIFE</code>\r
<clade>\r
<name>b_83</name>\r
<clade>\r
- <name>DESPS</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">84980</id>\r
<code>DESPS</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DESDE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">876</id>\r
<code>DESDE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SYNAS</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">56780</id>\r
<code>SYNAS</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>GEOME</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">28232</id>\r
<code>GEOME</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GEOSL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">35554</id>\r
<code>GEOSL</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ANADE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">290397</id>\r
<code>ANADE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MYXXA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">34</id>\r
<code>MYXXA</code>\r
<rank>phylum</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>ACIBL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">204669</id>\r
<code>ACIBL</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SOLUS</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">332163</id>\r
<code>SOLUS</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RHOBA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">265606</id>\r
<code>RHOBA</code>\r
<clade>\r
<name>b_115</name>\r
<clade>\r
- <name>KINRD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">266940</id>\r
<code>KINRD</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>KOCRD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">378753</id>\r
<code>KOCRD</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>STRCO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1902</id>\r
<code>STRCO</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEFY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">269800</id>\r
<code>THEFY</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MYCLE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1769</id>\r
<code>MYCLE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MYCTU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1773</id>\r
<code>MYCTU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CORJK</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">306537</id>\r
<code>CORJK</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RUBXD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">266117</id>\r
<code>RUBXD</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CHLAU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1108</id>\r
<code>CHLAU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HERAU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">65</id>\r
<code>HERAU</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>DEIGD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">319795</id>\r
<code>DEIGD</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DEIRA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1299</id>\r
<code>DEIRA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THETH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">274</id>\r
<code>THETH</code>\r
<clade>\r
<name>b_136</name>\r
<clade>\r
- <name>ANAVA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1172</id>\r
<code>ANAVA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NOSS7</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">28072</id>\r
<code>NOSS7</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>NOSP7</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">63737</id>\r
<code>NOSP7</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>ACAMR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">155978</id>\r
<code>ACAMR</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MICAN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">449447</id>\r
<code>MICAN</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TRIER</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1206</id>\r
<code>TRIER</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>SYNEL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">32046</id>\r
<code>SYNEL</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SYNY3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1148</id>\r
<code>SYNY3</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GLOVI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">33072</id>\r
<code>GLOVI</code>\r
<clade>\r
<name>b_157</name>\r
<clade>\r
- <name>PROMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1219</id>\r
<code>PROMA</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PROMP</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">59919</id>\r
<code>PROMP</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PROMM</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">74547</id>\r
<code>PROMM</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SYNS3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">64471</id>\r
<code>SYNS3</code>\r
<clade>\r
<name>b_166</name>\r
<clade>\r
- <name>CHLPB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">331678</id>\r
<code>CHLPB</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PROAE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1102</id>\r
<code>PROAE</code>\r
<scientific_name>Chlorobium/Pelodictyon group</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>PELLU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1100</id>\r
<code>PELLU</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PROVI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">290318</id>\r
<code>PROVI</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CHLP8</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">517417</id>\r
<code>CHLP8</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLTE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1097</id>\r
<code>CHLTE</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLCH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">340177</id>\r
<code>CHLCH</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLTA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">315277</id>\r
<code>CHLTA</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>FLAJO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">986</id>\r
<code>FLAJO</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GRAFK</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">411154</id>\r
<code>GRAFK</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CYTH3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">269798</id>\r
<code>CYTH3</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>BACFR</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">817</id>\r
<code>BACFR</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BACTN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">818</id>\r
<code>BACTN</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>PORGI</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">837</id>\r
<code>PORGI</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SALRD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">309807</id>\r
<code>SALRD</code>\r
<scientific_name>Verrucomicrobia</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>AKKM8</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">349741</id>\r
<code>AKKM8</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>METI4</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">481448</id>\r
<code>METI4</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>LEPIC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">44275</id>\r
<code>LEPIC</code>\r
<scientific_name>Bacillus cereus group</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>BACAN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1392</id>\r
<code>BACAN</code>\r
<clade>\r
<name>b_206</name>\r
<clade>\r
- <name>BACHD</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">86665</id>\r
<code>BACHD</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>GEOKA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1462</id>\r
<code>GEOKA</code>\r
<clade>\r
<name>b_210</name>\r
<clade>\r
- <name>LISMO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1639</id>\r
<code>LISMO</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>STAAU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1280</id>\r
<code>STAAU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CLOP1</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">195103</id>\r
<code>CLOP1</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CARHZ</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">246194</id>\r
<code>CARHZ</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THETN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">119072</id>\r
<code>THETN</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DESHA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">49338</id>\r
<code>DESHA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>EUBR3</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">515619</id>\r
<code>EUBR3</code>\r
<clade>\r
<name>b_222</name>\r
<clade>\r
- <name>FERNB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">381764</id>\r
<code>FERNB</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THELT</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">416591</id>\r
<code>THELT</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>THEMA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2336</id>\r
<code>THEMA</code>\r
<scientific_name>Mycoplasma</scientific_name>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>MYCGE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2097</id>\r
<code>MYCGE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MYCPN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2104</id>\r
<code>MYCPN</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>MESFL</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">2151</id>\r
<code>MESFL</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>UREPA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">134821</id>\r
<code>UREPA</code>\r
<rank>family</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>BORBU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">139</id>\r
<code>BORBU</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>TREPA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">160</id>\r
<code>TREPA</code>\r
<clade>\r
<name>b_240</name>\r
<clade>\r
- <name>CHLPN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">83558</id>\r
<code>CHLPN</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLFF</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">264202</id>\r
<code>CHLFF</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>CHLMU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">83560</id>\r
<code>CHLMU</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>RICTY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">785</id>\r
<code>RICTY</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>FRATU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">263</id>\r
<code>FRATU</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>STRPN</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1313</id>\r
<code>STRPN</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>STRPY</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1314</id>\r
<code>STRPY</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>LACLA</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1360</id>\r
<code>LACLA</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>LACAC</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">1579</id>\r
<code>LACAC</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>BIFLO</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">216816</id>\r
<code>BIFLO</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>FUSNU</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">851</id>\r
<code>FUSNU</code>\r
<rank>genus</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>DEHE1</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">243164</id>\r
<code>DEHE1</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>DEHSB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">216389</id>\r
<code>DEHSB</code>\r
<clade>\r
<name>b_273</name>\r
<clade>\r
- <name>NITSB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">387092</id>\r
<code>NITSB</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>SULNB</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">387093</id>\r
<code>SULNB</code>\r
<rank>order</rank>\r
</taxonomy>\r
<clade>\r
- <name>CAMJE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">197</id>\r
<code>CAMJE</code>\r
</taxonomy>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>HELPH</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">357544</id>\r
<code>HELPH</code>\r
</clade>\r
</clade>\r
<clade>\r
- <name>AQUAE</name>\r
<taxonomy>\r
<id provider="uniprot">63363</id>\r
<code>AQUAE</code>\r
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff