in progress (special coloring is still true)
[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / archaeopteryx / MainFrame.java
index f9ed538..dedc7ac 100644 (file)
@@ -33,12 +33,10 @@ import java.awt.event.ActionListener;
 import java.io.File;\r
 import java.io.IOException;\r
 import java.util.ArrayList;\r
-import java.util.HashSet;\r
 import java.util.LinkedList;\r
 import java.util.List;\r
 import java.util.Locale;\r
 import java.util.NoSuchElementException;\r
-import java.util.Set;\r
 \r
 import javax.swing.Box;\r
 import javax.swing.JApplet;\r
@@ -100,7 +98,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     static final String         SEARCH_TERMS_ONLY_LABEL                 = "Match Complete Terms Only";\r
     static final String         SEARCH_CASE_SENSITIVE_LABEL             = "Case Sensitive";\r
     static final String         INVERSE_SEARCH_RESULT_LABEL             = "Negate Result";\r
-    static final String         DISPLAY_BRANCH_LENGTH_VALUES_LABEL      = "Branch Length Values";\r
     static final String         COLOR_BY_TAXONOMIC_GROUP                = "Colorize by Taxonomic Group";\r
     static final String         DISPLAY_SCALE_LABEL                     = "Scale";\r
     static final String         NON_LINED_UP_CLADOGRAMS_LABEL           = "Non-Lined Up Cladograms";\r
@@ -110,8 +107,9 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     static final String         SCREEN_ANTIALIAS_LABEL                  = "Antialias";\r
     static final String         COLOR_LABELS_LABEL                      = "Colorize Labels Same as Parent Branch";\r
     static final String         BG_GRAD_LABEL                           = "Background Color Gradient";\r
-    static final String         DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL_EXT            = "External Node Shapes";\r
-    static final String         DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL_INT            = "Internal Node Shapes";\r
+    static final String         DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL_EXT            = "Shapes for External Nodes";\r
+    static final String         DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL_INT            = "Shapes for Internal Nodes";\r
+    static final String         DISPLAY_NODE_BOXES_LABEL_MARKED         = "Shapes for Nodes with Visual Data";\r
     static final String         SHOW_OVERVIEW_LABEL                     = "Overview";\r
     static final String         FONT_SIZE_MENU_LABEL                    = "Font Size";\r
     static final String         NONUNIFORM_CLADOGRAMS_LABEL             = "External Node Sum Dependent Cladograms";\r
@@ -127,6 +125,8 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     static final String         USE_BRACKETS_FOR_CONF_IN_NH_LABEL       = "Use Brackets for Confidence Values";\r
     static final String         USE_INTERNAL_NAMES_FOR_CONF_IN_NH_LABEL = "Use Internal Node Names for Confidence Values";\r
     static final String         SHOW_BASIC_TREE_INFORMATION_LABEL       = "Basic Tree Information";\r
+    static final String         RIGHT_LINE_UP_DOMAINS                   = "Right-align Domain Architectures";\r
+    static final String         LINE_UP_RENDERABLE_DATA                 = "Line Up Diagrams (such as Domain Architectures)";\r
     JMenuBar                    _jmenubar;\r
     JMenu                       _file_jmenu;\r
     JMenu                       _tools_menu;\r
@@ -155,7 +155,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     JMenuItem                   _confcolor_item;\r
     JMenuItem                   _color_rank_jmi;\r
     JMenuItem                   _collapse_species_specific_subtrees;\r
-    JMenuItem                   _collapse_below_threshold;                                                                                                                                                                                    //TODO implememt me\r
     JMenuItem                   _obtain_detailed_taxonomic_information_jmi;\r
     JMenuItem                   _obtain_detailed_taxonomic_information_deleting_jmi;\r
     JMenuItem                   _obtain_seq_information_jmi;\r
@@ -184,7 +183,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     JRadioButtonMenuItem        _non_lined_up_cladograms_rbmi;\r
     JRadioButtonMenuItem        _uniform_cladograms_rbmi;\r
     JRadioButtonMenuItem        _ext_node_dependent_cladogram_rbmi;\r
-    JCheckBoxMenuItem           _show_branch_length_values_cbmi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _color_by_taxonomic_group_cbmi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _show_scale_cbmi;                                                                                                                                                                                             //TODO fix me\r
     JCheckBoxMenuItem           _show_overview_cbmi;\r
@@ -196,10 +194,13 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
     JMenuItem                   _choose_minimal_confidence_mi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _show_default_node_shapes_internal_cbmi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _show_default_node_shapes_external_cbmi;\r
+    JCheckBoxMenuItem           _show_default_node_shapes_for_marked_cbmi;\r
     JMenuItem                   _cycle_node_shape_mi;\r
     JMenuItem                   _cycle_node_fill_mi;\r
     JMenuItem                   _choose_node_size_mi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _show_confidence_stddev_cbmi;\r
+    JCheckBoxMenuItem           _right_line_up_domains_cbmi;\r
+    JCheckBoxMenuItem           _line_up_renderable_data_cbmi;\r
     // _  print\r
     JCheckBoxMenuItem           _graphics_export_visible_only_cbmi;\r
     JCheckBoxMenuItem           _antialias_print_cbmi;\r
@@ -344,7 +345,9 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
             switchColors();\r
         }\r
         else if ( o == _display_basic_information_item ) {\r
-            displayBasicInformation( getCurrentTreePanel().getTreeFile() );\r
+            if ( getCurrentTreePanel() != null ) {\r
+                displayBasicInformation( getCurrentTreePanel().getTreeFile() );\r
+            }\r
         }\r
         else if ( o == _view_as_NH_item ) {\r
             viewAsNH();\r
@@ -428,6 +431,9 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         else if ( o == _show_default_node_shapes_external_cbmi ) {\r
             updateOptions( getOptions() );\r
         }\r
+        else if ( o == _show_default_node_shapes_for_marked_cbmi ) {\r
+            updateOptions( getOptions() );\r
+        }\r
         else if ( o == _non_lined_up_cladograms_rbmi ) {\r
             updateOptions( getOptions() );\r
             showWhole();\r
@@ -458,9 +464,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         else if ( o == _show_scale_cbmi ) {\r
             updateOptions( getOptions() );\r
         }\r
-        else if ( o == _show_branch_length_values_cbmi ) {\r
-            updateOptions( getOptions() );\r
-        }\r
         else if ( o == _color_by_taxonomic_group_cbmi ) {\r
             updateOptions( getOptions() );\r
         }\r
@@ -488,17 +491,33 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
                 getCurrentTreePanel().updateOvSizes();\r
             }\r
         }\r
+        else if ( o == _line_up_renderable_data_cbmi ) {\r
+            if ( !_line_up_renderable_data_cbmi.isSelected() ) {\r
+                _right_line_up_domains_cbmi.setSelected( false );\r
+            }\r
+            updateOptions( getOptions() );\r
+        }\r
+        else if ( o == _right_line_up_domains_cbmi ) {\r
+            if ( _right_line_up_domains_cbmi.isSelected() ) {\r
+                _line_up_renderable_data_cbmi.setSelected( true );\r
+            }\r
+            updateOptions( getOptions() );\r
+        }\r
         else if ( ( o == _rectangular_type_cbmi ) || ( o == _triangular_type_cbmi ) || ( o == _curved_type_cbmi )\r
                 || ( o == _convex_type_cbmi ) || ( o == _euro_type_cbmi ) || ( o == _rounded_type_cbmi )\r
                 || ( o == _unrooted_type_cbmi ) || ( o == _circular_type_cbmi ) ) {\r
             typeChanged( o );\r
         }\r
-        \r
         else if ( o == _about_item ) {\r
             about();\r
         }\r
         else if ( o == _help_item ) {\r
-            help();\r
+            try {\r
+                AptxUtil.openWebsite( Constants.APTX_DOC_SITE, is_applet, applet );\r
+            }\r
+            catch ( final IOException e1 ) {\r
+                ForesterUtil.printErrorMessage( Constants.PRG_NAME, e1.toString() );\r
+            }\r
         }\r
         else if ( o == _website_item ) {\r
             try {\r
@@ -544,21 +563,20 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         _contentpane.repaint();\r
     }\r
 \r
-    private void deleteSelectedNodes( boolean delete ) {\r
+    private void deleteSelectedNodes( final boolean delete ) {\r
         final Phylogeny phy = getMainPanel().getCurrentPhylogeny();\r
-        if ( phy == null || phy.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) {\r
+        if ( ( phy == null ) || ( phy.getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {\r
             return;\r
         }\r
-        List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();\r
+        final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();\r
         if ( ( getCurrentTreePanel().getFoundNodes0() != null ) || ( getCurrentTreePanel().getFoundNodes1() != null ) ) {\r
-            final List<PhylogenyNode>  all_selected_nodes = getCurrentTreePanel().getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes();\r
+            final List<PhylogenyNode> all_selected_nodes = getCurrentTreePanel().getFoundNodesAsListOfPhylogenyNodes();\r
             for( final PhylogenyNode n : all_selected_nodes ) {\r
                 if ( n.isExternal() ) {\r
                     nodes.add( n );\r
                 }\r
             }\r
         }\r
-        \r
         String function = "Retain";\r
         if ( delete ) {\r
             function = "Delete";\r
@@ -725,9 +743,10 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
 \r
     void buildHelpMenu() {\r
         _help_jmenu = createMenu( "Help", getConfiguration() );\r
-        _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Help" ) );\r
+        _help_jmenu.add( _help_item = new JMenuItem( "Documentation" ) );\r
+        _help_jmenu.addSeparator();\r
         _help_jmenu.add( _website_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Home" ) );\r
-        _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" );\r
+        _aptx_ref_item = new JMenuItem( "Archaeopteryx Reference" ); //TODO need to add this...\r
         _help_jmenu.add( _phyloxml_website_item = new JMenuItem( "phyloXML Home" ) );\r
         _help_jmenu.add( _phyloxml_ref_item = new JMenuItem( "phyloXML Reference" ) );\r
         _help_jmenu.addSeparator();\r
@@ -1083,96 +1102,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         return _species_tree;\r
     }\r
 \r
-    void help() {\r
-        final StringBuilder sb = new StringBuilder();\r
-        sb.append( "Display options\n" );\r
-        sb.append( "-------------------\n" );\r
-        sb.append( "Use the checkboxes to select types of information to display on the tree.\n\n" );\r
-        sb.append( "Clickable tree nodes\n" );\r
-        sb.append( "--------------------\n" );\r
-        sb.append( "Tree nodes can be clicked, the action is determined by the 'click on node to' menu\n" );\r
-        sb.append( "or by right clicking:\n" );\r
-        sb.append( "o  Display Node Data -- display information for a node\n" );\r
-        sb.append( "o  Collapse/Uncollapse -- collapse and uncollapse subtree from clicked node\n" );\r
-        sb.append( "o  Root/Reroot -- change tree root to clicked node\n" );\r
-        sb.append( "o  Sub/Super Tree -- toggle between subtree from clicked node and whole tree\n" );\r
-        sb.append( "o  Swap Descendants -- switch descendant on either side of clicked node\n" );\r
-        sb.append( "o  Colorize Subtree -- color a subtree\n" );\r
-        sb.append( "o  Open Sequence Web -- launch a web browser to display sequence information\n" );\r
-        sb.append( "o  Open Taxonomy Web -- launch a web browser to display taxonomy information\n" );\r
-        sb.append( "-  there may be additional choices depending on this particular setup\n\n" );\r
-        sb.append( "Right clicking on a node always displays the information of a node.\n\n" );\r
-        sb.append( "Zooming\n" );\r
-        sb.append( "---------\n" );\r
-        sb.append( "The mouse wheel and the plus and minus keys control zooming.\n" );\r
-        sb.append( "Mouse wheel+Ctrl changes the text size.\n" );\r
-        sb.append( "Mouse wheel+Shift controls zooming in vertical direction only.\n" );\r
-        sb.append( "Use the buttons on the control panel to zoom the tree in and out, horizontally or vertically.\n" );\r
-        sb.append( "The entire tree can be fitted into the window by clicking the \"F\" button, or by pressing F, Delete, or Home.\n" );\r
-        sb.append( "The up, down, left, and right keys can be used to move the visible part (if zoomed in).\n" );\r
-        sb.append( "Up, down, left, and right+Shift can be used to control zooming horizontally and vertically.\n" );\r
-        sb.append( "Plus and minus keys+Ctrl change the text size; F+Ctrl, Delete+Ctrl, or Home+Ctrl resets it.\n\n" );\r
-        sb.append( "Quick tree manipulation:\n" );\r
-        sb.append( "------------------------\n" );\r
-        sb.append( "Order Subtrees -- order the tree by branch length\n" );\r
-        sb.append( "Uncollapse All -- uncollapse any and all collapsed branches\n\n" );\r
-        sb.append( "Memory problems (Java heap space error)\n" );\r
-        sb.append( "---------------------------------------\n" );\r
-        sb.append( "Since the Java default memory allocation is quite small, it might by necessary (for trees\n" );\r
-        sb.append( "with more than approximately 5000 external nodes) to increase the memory which Java can use, with\n" );\r
-        sb.append( "the '-Xmx' Java command line option. For example:\n" );\r
-        sb.append( "java -Xmx1024m -cp path\\to\\forester.jar org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx\n\n" );\r
-        // + "General remarks\n"\r
-        // + "---------------\n"\r
-        // +\r
-        // "o  The application version permits copying to the clipboard \n"\r
-        // +\r
-        // "    in the \"View\"|\"View as ...\" frame (either by control-c or button press).\n"\r
-        // +\r
-        // "o  Changes made to a subtree affect this subtree and its subtrees,\n"\r
-        // + "    but not any of its parent tree(s).\n"\r
-        // +\r
-        // "o  Archaeopteryx tries to detect whether the numerical values in a NH tree\n"\r
-        // +\r
-        // "    are likely to be bootstrap values instead of branch length values.\n\n"\r
-        // +\r
-        // " Remarks regarding SDI (Speciation Duplication Inference):\n"\r
-        // +\r
-        // "o  Each external node of the gene tree (in display) needs to be associated with\n"\r
-        // +\r
-        // "    a species: either directly through the \"Species\" field, or the species\n"\r
-        // +\r
-        // "    is part of the sequence name in the form \"XXXX_SPECIES\"\n"\r
-        // +\r
-        // "    (e.g. \"ACON_DROME\" or \"ACON_DROME/123-4489\" which is also acceptable).\n"\r
-        // +\r
-        // "o  A species tree for each species of the gene tree needs to be loaded with\n"\r
-        // +\r
-        // "   \"SDI\"|\"Load species tree\" prior the SDI execution.\n"\r
-        // +\r
-        // "o  !External nodes of the gene tree associated with species not present in\n"\r
-        // +\r
-        // "    the species tree are REMOVED prior to SDI execution!\n"\r
-        // +\r
-        // "o  Both the gene tree and the species tree must be completely binary.\n"\r
-        // +\r
-        // "o  Duplications and speciations are a function of the position of the root.\n"\r
-        // +\r
-        // "    Hence, after each manual \"Root/Reroot\"ing some duplications will be\n"\r
-        // + "    incorrect and need to be inferred again\n"\r
-        // +\r
-        // "    with: \"SDI\"|\"SDI (Speciation Duplication Inference)\n\n"\r
-        sb.append( "phyloXML\n" );\r
-        sb.append( "-------------------\n" );\r
-        sb.append( "Reference: " + Constants.PHYLOXML_REFERENCE + "\n" );\r
-        sb.append( "Website: " + Constants.PHYLOXML_WEB_SITE + "\n" );\r
-        sb.append( "Version: " + ForesterConstants.PHYLO_XML_VERSION + "\n" );\r
-        sb.append( "\n" );\r
-        sb.append( "For more information: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/archaeopteryx\n" );\r
-        sb.append( "Email: " + Constants.AUTHOR_EMAIL + "\n\n" );\r
-        TextFrame.instantiate( sb.toString(), "Help", _textframes );\r
-    }\r
-\r
     void initializeTypeMenu( final Options options ) {\r
         setTypeMenuToAllUnselected();\r
         switch ( options.getPhylogenyGraphicsType() ) {\r
@@ -1384,6 +1313,8 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
                 && _show_default_node_shapes_internal_cbmi.isSelected() );\r
         options.setShowDefaultNodeShapesExternal( ( _show_default_node_shapes_external_cbmi != null )\r
                 && _show_default_node_shapes_external_cbmi.isSelected() );\r
+        options.setShowDefaultNodeShapesForMarkedNodes( ( _show_default_node_shapes_for_marked_cbmi != null )\r
+                && _show_default_node_shapes_for_marked_cbmi.isSelected() );\r
         if ( ( _non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) && ( _non_lined_up_cladograms_rbmi.isSelected() ) ) {\r
             options.setCladogramType( CLADOGRAM_TYPE.NON_LINED_UP );\r
         }\r
@@ -1409,9 +1340,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         options.setShowOverview( ( _show_overview_cbmi != null ) && _show_overview_cbmi.isSelected() );\r
         options.setShowConfidenceStddev( ( _show_confidence_stddev_cbmi != null )\r
                 && _show_confidence_stddev_cbmi.isSelected() );\r
-        if ( ( _show_branch_length_values_cbmi != null ) && _show_branch_length_values_cbmi.isEnabled() ) {\r
-            options.setShowBranchLengthValues( _show_branch_length_values_cbmi.isSelected() );\r
-        }\r
         if ( ( _color_by_taxonomic_group_cbmi != null ) && _color_by_taxonomic_group_cbmi.isEnabled() ) {\r
             options.setColorByTaxonomicGroup( _color_by_taxonomic_group_cbmi.isSelected() );\r
         }\r
@@ -1489,6 +1417,12 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         else if ( ( _circular_type_cbmi != null ) && _circular_type_cbmi.isSelected() ) {\r
             options.setPhylogenyGraphicsType( PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR );\r
         }\r
+        if ( ( _right_line_up_domains_cbmi != null ) && _right_line_up_domains_cbmi.isEnabled() ) {\r
+            options.setRightLineUpDomains( _right_line_up_domains_cbmi.isSelected() );\r
+        }\r
+        if ( ( _line_up_renderable_data_cbmi != null ) && _line_up_renderable_data_cbmi.isEnabled() ) {\r
+            options.setLineUpRendarableNodeData( _line_up_renderable_data_cbmi.isSelected() );\r
+        }\r
     }\r
 \r
     void updateTypeCheckboxes( final Options options, final Object o ) {\r
@@ -1689,7 +1623,7 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
      */\r
     static void about() {\r
         final StringBuffer about = new StringBuffer( "Archaeopteryx\nVersion " + Constants.VERSION + "\n" );\r
-        about.append( "Copyright (C) 2013 Christian M. Zmasek\n" );\r
+        about.append( "Copyright (C) 2014 Christian M Zmasek\n" );\r
         about.append( "All Rights Reserved\n" );\r
         about.append( "License: GNU Lesser General Public License (LGPL)\n" );\r
         about.append( "Last modified: " + Constants.PRG_DATE + "\n" );\r
@@ -1713,6 +1647,8 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         about.append( Constants.PHYLOXML_REFERENCE_SHORT + "\n" );\r
         about.append( "For more information & download:\n" );\r
         about.append( Constants.APTX_WEB_SITE + "\n" );\r
+        about.append( "Documentation:\n" );\r
+        about.append( Constants.APTX_DOC_SITE + "\n" );\r
         about.append( "Comments: " + Constants.AUTHOR_EMAIL );\r
         JOptionPane.showMessageDialog( null, about, Constants.PRG_NAME, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE );\r
     }\r
@@ -1888,84 +1824,6 @@ public abstract class MainFrame extends JFrame implements ActionListener {
         mi.setText( "Enter Default Node Shape Size... (current: " + options.getDefaultNodeShapeSize() + ")" );\r
     }\r
 \r
-    static void updateOptionsMenuDependingOnPhylogenyType( final MainPanel main_panel,\r
-                                                           final JCheckBoxMenuItem scale,\r
-                                                           final JCheckBoxMenuItem branch_lengths,\r
-                                                           final JRadioButtonMenuItem non_lined_up,\r
-                                                           final JRadioButtonMenuItem uniform_clado,\r
-                                                           final JRadioButtonMenuItem nonuniform_clado,\r
-                                                           final JCheckBoxMenuItem label_direction_cbmi ) {\r
-        final TreePanel tree_panel = main_panel.getCurrentTreePanel();\r
-        final ControlPanel control = main_panel.getControlPanel();\r
-        final Options options = main_panel.getOptions();\r
-        scale.setSelected( options.isShowScale() );\r
-        branch_lengths.setSelected( options.isShowBranchLengthValues() );\r
-        // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );\r
-        if ( ( tree_panel != null ) && ( !tree_panel.isPhyHasBranchLengths() ) ) {\r
-            scale.setSelected( false );\r
-            scale.setEnabled( false );\r
-            branch_lengths.setSelected( false );\r
-            branch_lengths.setEnabled( false );\r
-        }\r
-        else if ( ( tree_panel != null ) && !control.isDrawPhylogram() ) {\r
-            scale.setSelected( false );\r
-            scale.setEnabled( false );\r
-            branch_lengths.setEnabled( true );\r
-        }\r
-        else {\r
-            scale.setEnabled( true );\r
-            branch_lengths.setEnabled( true );\r
-        }\r
-        if ( ( tree_panel != null )\r
-                && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.ROUNDED )\r
-                        && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel\r
-                        .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {\r
-            branch_lengths.setSelected( false );\r
-            branch_lengths.setEnabled( false );\r
-        }\r
-        if ( tree_panel != null ) {\r
-            if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )\r
-                    || ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {\r
-                non_lined_up.setEnabled( false );\r
-                uniform_clado.setEnabled( false );\r
-                nonuniform_clado.setEnabled( false );\r
-            }\r
-            else {\r
-                non_lined_up.setEnabled( true );\r
-                uniform_clado.setEnabled( true );\r
-                nonuniform_clado.setEnabled( true );\r
-            }\r
-        }\r
-        else {\r
-            if ( ( tree_panel != null )\r
-                    && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.EURO_STYLE ) && ( tree_panel\r
-                            .getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.RECTANGULAR ) ) ) {\r
-                branch_lengths.setSelected( false );\r
-                branch_lengths.setEnabled( false );\r
-            }\r
-            if ( ( tree_panel != null )\r
-                    && ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( tree_panel\r
-                            .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {\r
-                non_lined_up.setEnabled( false );\r
-            }\r
-            else {\r
-                // non_lined_up.setSelected( options.isNonLinedUpCladogram() );\r
-                non_lined_up.setEnabled( true );\r
-            }\r
-        }\r
-        label_direction_cbmi.setEnabled( true );\r
-        if ( tree_panel != null ) {\r
-            if ( ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED )\r
-                    && ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() != PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) ) {\r
-                label_direction_cbmi.setEnabled( false );\r
-            }\r
-            if ( tree_panel.getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) {\r
-                scale.setSelected( false );\r
-                scale.setEnabled( false );\r
-            }\r
-        }\r
-    }\r
-\r
     static void updateScreenTextAntialias( final List<TreePanel> treepanels ) {\r
         for( final TreePanel tree_panel : treepanels ) {\r
             tree_panel.setTextAntialias();\r