in progress
[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / io / parsers / nexus / NexusPhylogeniesParser.java
index 879a0e1..0abd855 100644 (file)
@@ -5,7 +5,7 @@
 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
 // All rights reserved
-// 
+//
 // This library is free software; you can redistribute it and/or
 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
 // License as published by the Free Software Foundation; either
@@ -15,7 +15,7 @@
 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
 // Lesser General Public License for more details.
-// 
+//
 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
 // License along with this library; if not, write to the Free Software
 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
@@ -41,6 +41,7 @@ import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
+import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
 import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
 import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
@@ -72,7 +73,7 @@ public class NexusPhylogeniesParser implements PhylogenyParser {
                                   final boolean is_rooted ) throws IOException {
         final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
         final NHXParser pars = new NHXParser();
-        pars.setTaxonomyExtraction( ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
+        pars.setTaxonomyExtraction( PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO );
         pars.setReplaceUnderscores( isReplaceUnderscores() );
         pars.setIgnoreQuotes( isIgnoreQuotes() );
         if ( rooted_info_present ) {
@@ -139,6 +140,7 @@ public class NexusPhylogeniesParser implements PhylogenyParser {
         return _replace_underscores;
     }
 
+    @Override
     public Phylogeny[] parse() throws IOException, NHXFormatException {
         reset();
         final BufferedReader reader = ParserUtils.createReader( getNexusSource() );
@@ -287,6 +289,7 @@ public class NexusPhylogeniesParser implements PhylogenyParser {
         _replace_underscores = replace_underscores;
     }
 
+    @Override
     public void setSource( final Object nexus_source ) throws PhylogenyParserException, IOException {
         if ( nexus_source == null ) {
             throw new PhylogenyParserException( getClass() + ": attempt to parse null object." );