// Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
//
// Contact: phylosoft @ gmail . com
-// WWW: www.phylosoft.org/forester
+// WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
package org.forester.io.parsers.phyloxml;
+import java.util.ArrayList;
import java.util.HashSet;
+import java.util.List;
import java.util.Set;
import java.util.regex.Pattern;
+import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
+
public final class PhyloXmlUtil {
- public final static Pattern SEQUENCE_SYMBOL_PATTERN = Pattern.compile( "\\S{1,20}" );
- public final static Pattern TAXOMONY_CODE_PATTERN = Pattern.compile( "[a-zA-Z0-9_]{1,10}" );
- public final static Pattern LIT_REF_DOI_PATTERN = Pattern
- .compile( "[a-zA-Z0-9_\\.]+\\S+" );
- public final static Set<String> SEQUENCE_TYPES = new HashSet<String>();
- public final static Set<String> TAXONOMY_RANKS = new HashSet<String>();
- public static final int ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT = 9;
- public static final String VECTOR_PROPERTY_REF = "vector:index=";
- public static final String VECTOR_PROPERTY_TYPE = "xsd:decimal";
- public static final String UNIPROT_TAX_PROVIDER = "uniprot";
+ public static final String OTHER = "other";
+ public static final String UNKNOWN = "unknown";
+ public final static Pattern SEQUENCE_SYMBOL_PATTERN = Pattern.compile( "\\S{1,20}" );
+ public final static Pattern TAXOMONY_CODE_PATTERN = Pattern
+ .compile( ParserUtils.TAX_CODE );
+ public final static Pattern LIT_REF_DOI_PATTERN = Pattern
+ .compile( "[a-zA-Z0-9_\\.]+\\S+" );
+ public final static Set<String> SEQUENCE_TYPES = new HashSet<String>();
+ public final static List<String> TAXONOMY_RANKS_LIST = new ArrayList<String>();
+ public final static Set<String> TAXONOMY_RANKS_SET = new HashSet<String>();
+ public static final int ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT = 9;
+ public static final String VECTOR_PROPERTY_REF = "vector:index=";
+ public static final String VECTOR_PROPERTY_TYPE = "xsd:decimal";
+ public static final String UNIPROT_TAX_PROVIDER = "uniprot";
+ public static final String SEQ_TYPE_RNA = "rna";
+ public static final String SEQ_TYPE_DNA = "dna";
+ public static final String SEQ_TYPE_PROTEIN = "protein";
static {
- SEQUENCE_TYPES.add( "rna" );
- SEQUENCE_TYPES.add( "protein" );
- SEQUENCE_TYPES.add( "dna" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "domain" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superkingdom" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "kingdom" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subkingdom" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "branch" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infrakingdom" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superphylum" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "phylum" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subphylum" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infraphylum" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "microphylum" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superdivision" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "division" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subdivision" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infradivision" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superclass" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "class" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subclass" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infraclass" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superlegion" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "legion" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "sublegion" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infralegion" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "supercohort" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "cohort" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subcohort" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infracohort" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superorder" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "order" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "suborder" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superfamily" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "family" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subfamily" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "supertribe" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "tribe" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subtribe" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "infratribe" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "genus" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subgenus" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "superspecies" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "species" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subspecies" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "variety" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subvariety" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "form" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "subform" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "cultivar" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "strain" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "unknown" );
- TAXONOMY_RANKS.add( "other" );
+ SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_RNA );
+ SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_PROTEIN );
+ SEQUENCE_TYPES.add( SEQ_TYPE_DNA );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "domain" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superkingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "kingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subkingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "branch" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infrakingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "phylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infraphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "microphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superdivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "division" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subdivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infradivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "class" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infraclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superlegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "legion" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "sublegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infralegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "supercohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "cohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subcohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infracohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superorder" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "order" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "suborder" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infraorder" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superfamily" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "family" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subfamily" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "supertribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "tribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subtribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "infratribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "genus" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subgenus" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "superspecies" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "species" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subspecies" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "variety" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "varietas" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subvariety" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "form" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subform" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "cultivar" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "strain" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "section" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( "subsection" );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( UNKNOWN );
+ TAXONOMY_RANKS_LIST.add( OTHER );
+ // same thing as set:
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "domain" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superkingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "kingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subkingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "branch" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infrakingdom" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "phylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infraphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "microphylum" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superdivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "division" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subdivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infradivision" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "class" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infraclass" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superlegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "legion" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "sublegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infralegion" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "supercohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "cohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subcohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infracohort" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superorder" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "order" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "suborder" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infraorder" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superfamily" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "family" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subfamily" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "supertribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "tribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subtribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "infratribe" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "genus" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subgenus" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "superspecies" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "species" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subspecies" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "variety" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "varietas" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subvariety" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "form" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subform" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "cultivar" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "strain" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "section" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( "subsection" );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( UNKNOWN );
+ TAXONOMY_RANKS_SET.add( OTHER );
};
}
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff