final private void mafft() throws IOException, InterruptedException {
final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( "/home/czmasek/bin/mafft" );
final List<String> opts = new ArrayList<String>();
- opts.add( "--maxiterate" );
- opts.add( "1000" );
- opts.add( "--localpair" );
+ // opts.add( "--maxiterate" );
+ // opts.add( "1000" );
+ // opts.add( "--localpair" );
opts.add( "--quiet" );
_msa = mafft.infer( _msa.asSequenceList(), opts );
}