searhc of domains only when domains are shown!
[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / phylogeny / PhylogenyNode.java
index ba357c7..651bbbc 100644 (file)
@@ -501,11 +501,9 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
     }
 
     final public List<PhylogenyNode> getAllDescendants() {
-       
         return _descendants;
     }
-    
-    
+
     final public int getNumberOfDescendants() {
         if ( _descendants == null ) {
             return 0;
@@ -1063,16 +1061,12 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
     @Override
     final public String toString() {
         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
-        if ( !ForesterUtil.isEmpty( getName() ) ) {
-            sb.append( getName() );
-            sb.append( " " );
-        }
         if ( getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
                 sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
                 sb.append( " " );
             }
-            else if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
+            else if ( ( sb.length() <= 1 ) && !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
                 sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
                 sb.append( " " );
             }
@@ -1086,15 +1080,19 @@ public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<Phylogeny
                 sb.append( getNodeData().getSequence().getName() );
                 sb.append( " " );
             }
-            else if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
+            if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
                 sb.append( getNodeData().getSequence().getSymbol() );
                 sb.append( " " );
             }
-            else if ( getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) {
-                sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().toString() );
+            if ( getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) {
+                sb.append( getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
                 sb.append( " " );
             }
         }
+        if ( ( sb.length() <= 1 ) && !ForesterUtil.isEmpty( getName() ) ) {
+            sb.append( getName() );
+            sb.append( " " );
+        }
         if ( sb.length() <= 1 ) {
             sb.append( "[" );
             sb.append( getId() );