import java.io.IOException;
-import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
+import org.forester.development.DevelopmentTools;
import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
+import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
import org.forester.phylogeny.data.Event;
import org.forester.phylogeny.factories.ParserBasedPhylogenyFactory;
import org.forester.phylogeny.factories.PhylogenyFactory;
+import org.forester.sdi.SDI.TaxonomyComparisonBase;
+import org.forester.util.ForesterUtil;
public final class TestGSDI {
+ private final static String PATH_TO_TEST_DATA = System.getProperty( "user.dir" ) + ForesterUtil.getFileSeparator()
+ + "test_data" + ForesterUtil.getFileSeparator();
+
private final static Phylogeny createPhylogeny( final String nhx ) throws IOException {
final Phylogeny p = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( nhx, new NHXParser() )[ 0 ];
p.setRooted( true );
}
private final static Event getEvent( final Phylogeny p, final String n1, final String n2 ) {
- return PhylogenyMethods.getInstance().obtainLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
+ return PhylogenyMethods.calculateLCA( p.getNode( n1 ), p.getNode( n2 ) ).getNodeData().getEvent();
}
public static boolean test() {
private static boolean testGSDI_general() {
try {
- final PhylogenyMethods pm = PhylogenyMethods.getInstance();
+
final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
+ "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
+ "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
+ "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
s2.setRooted( true );
- // final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
- // final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
- // s1.setRooted( true );
- // final Phylogeny g1 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
- // final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
- // if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
- // .isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !( pm.obtainLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
- // final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
- // if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
- // .isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g3 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
- // final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
- // if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
- // .isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g4 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
- // final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
- // if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g5 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
- // final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
- // if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
- // + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
- // + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
- // + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
- // + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
- // final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
- // gene7_2.setRooted( true );
- // final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
- // if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- //
- // final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
- // final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
- // if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
- // final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
- // if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
- // final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
- // if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
- // final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
- // if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData().getEvent().isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
- // final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
- // if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
- // final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
- // if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
- // final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
- // if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
- // final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
- // if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
- // .isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
- // final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
- // if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
- // .isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !pm.obtainLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent().isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
- // final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
- // if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
- // final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
- // if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
- // final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
- // if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
- // final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
- // if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
- // final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
- // if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
- // final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
- // if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
- // final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
- // if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
- // final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
- // if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
- // final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
- // if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
- // final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
- // if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
- // final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
- // if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
- // final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
- // if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
- // final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
- // if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
- // final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
- // if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
- // final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
- // if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
- // final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
- // if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
- // final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
- // if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
- // final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
- // if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
- // final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
- // if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
- // final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
- // if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
- // final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
- // if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
- // final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
- // if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
- // final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
- // if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
- // final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
- // if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- //-
- final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
- .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
- final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
- Archaeopteryx.createApplication( g2_33_d );
- // Archaeopteryx.createApplication( s2 );
- //-
- final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
- .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
- final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
- Archaeopteryx.createApplication( g2_33 );
- // Archaeopteryx.createApplication( s2 );
- if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
+ final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
+ s1.setRooted( true );
+ final Phylogeny g1 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
+ final GSDI sdi1 = new GSDI( g1, s1, false );
+ // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
+ // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
+ if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
return false;
}
- if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+ if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ final Phylogeny g2 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),C[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
+ final GSDI sdi2 = new GSDI( g2, s1, false );
+ if ( sdi2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2.getNode( "A1" ), g2.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
+ final Phylogeny g3 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((A2[&&NHX:S=A2],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),B[&&NHX:S=B]),D[&&NHX:S=D])" );
+ final GSDI sdi3 = new GSDI( g3, s1, false );
+ if ( sdi3.getDuplicationsSum() != 0 ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "A2" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "C" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
return false;
}
- if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
return false;
}
- // final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
- // final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
- // if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
- // final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
- // if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
- // final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
- // if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
- // final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
- // if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
- // final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
- // if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
- // final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
- // if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
- // final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
- // if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
- // DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
- // final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
- // + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
- // + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
- // + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
- // + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
- // + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
- // + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
- // + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
- // + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
- // + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
- // + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
- // + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
- // final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
- // if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
- // return false;
- // }
- // if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
- // return false;
- // }
- // final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
- // .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
- // + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
- // + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
- // + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
- // + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
- // + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
- // + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
- // + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
- // + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
- // + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
- // + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
- // + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
- // + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
- // final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
- // if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
- // return false;
- // }
- // if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
- // return false;
- // }
- //---------------------
- // final String g2_0_ =
- // "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
- // final Phylogeny g2_0 = factory.create( g2_0_, new NHXParser() )[
- // 0 ];
- // g2_0.setRooted( true );
- // final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
- // if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- // final String g2_1_= "";
- // final Phylogeny g2_1 = factory.create( g2_1_, new NHXParser() )[
- // 0 ];
- // g2_1.setRooted( true );
- // final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
- // if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
- // return false;
- // }
- }
- catch ( final Exception e ) {
- e.printStackTrace( System.out );
- return false;
- }
- return true;
- }
-
- public static void main( final String[] args ) {
- if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
- System.out.println( "binary failed" );
- }
- if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
- System.out.println( "general failed" );
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g3.getNode( "A1" ), g3.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g4 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((B[&&NHX:S=B],C1[&&NHX:S=C]),C2[&&NHX:S=C]),D[&&NHX:S=D])" );
+ final GSDI sdi4 = new GSDI( g4, s1, false );
+ if ( sdi4.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "C2" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g4.getNode( "B" ), g4.getNode( "D" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g5 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((D1[&&NHX:S=D],A1[&&NHX:S=A1]),B[&&NHX:S=B]),((D2[&&NHX:S=D],D3[&&NHX:S=D]),C[&&NHX:S=C]))" );
+ final GSDI sdi5 = new GSDI( g5, s1, false );
+ if ( sdi5.getDuplicationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "B" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D1" ), g5.getNode( "D2" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "D2" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g5.getNode( "C" ), g5.getNode( "D3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny species7 = TestGSDI.createPhylogeny( "(((((((([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),"
+ + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2])),[&&NHX:S=x]),(([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2]),"
+ + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2]))),(([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2]),"
+ + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2]))),(([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2]),"
+ + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2]))),[&&NHX:S=y]),[&&NHX:S=z])" );
+ final Phylogeny gene7_2 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),x[&&NHX:S=x]),m1[&&NHX:S=m1]),i1[&&NHX:S=i1]),j2[&&NHX:S=j2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
+ gene7_2.setRooted( true );
+ final GSDI sdi7_2 = new GSDI( gene7_2, species7, false );
+ if ( sdi7_2.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "m1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "i1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "j2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "y" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( gene7_2, "a1", "z" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_0 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],m3[&&NHX:S=m3])" );
+ final GSDI sdi2_0 = new GSDI( g2_0, s2, false );
+ if ( sdi2_0.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_0.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_0.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_0.getNode( "m1" ), g2_0.getNode( "m3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_1 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],h2[&&NHX:S=h2])" );
+ final GSDI sdi2_1 = new GSDI( g2_1, s2, false );
+ if ( sdi2_1.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_1.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_1.getNode( "e2" ), g2_1.getNode( "h2" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_2 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2[&&NHX:S=e2],p4[&&NHX:S=p4])" );
+ final GSDI sdi2_2 = new GSDI( g2_2, s2, false );
+ if ( sdi2_2.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_2.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_2.getNode( "e2" ), g2_2.getNode( "p4" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_3 = TestGSDI.createPhylogeny( "(e2a[&&NHX:S=e2],e2b[&&NHX:S=e2])" );
+ final GSDI sdi2_3 = new GSDI( g2_3, s2, false );
+ if ( sdi2_3.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_3.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_3.getSpeciationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_3.getNode( "e2a" ), g2_3.getNode( "e2b" ) ).getNodeData()
+ .getEvent().isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_4 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),i3[&&NHX:S=i3])" );
+ final GSDI sdi2_4 = new GSDI( g2_4, s2, false );
+ if ( sdi2_4.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_4.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_4.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_4.getNode( "j1" ), g2_4.getNode( "i3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_5 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],j4[&&NHX:S=j4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
+ final GSDI sdi2_5 = new GSDI( g2_5, s2, false );
+ if ( sdi2_5.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_5.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_5.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "j4" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_5.getNode( "j1" ), g2_5.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_6 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j3[&&NHX:S=j3],i4[&&NHX:S=i4]),f3[&&NHX:S=f3])" );
+ final GSDI sdi2_6 = new GSDI( g2_6, s2, false );
+ if ( sdi2_6.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_6.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_6.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "i4" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_6.getNode( "j3" ), g2_6.getNode( "f3" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_7 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k1[&&NHX:S=k1]),i1[&&NHX:S=i1])" );
+ final GSDI sdi2_7 = new GSDI( g2_7, s2, false );
+ if ( sdi2_7.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_7.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_7.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_7.getNode( "j1" ), g2_7.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_8 = TestGSDI.createPhylogeny( "(j1[&&NHX:S=j1],(k1[&&NHX:S=k1],i1[&&NHX:S=i1]))" );
+ final GSDI sdi2_8 = new GSDI( g2_8, s2, false );
+ if ( sdi2_8.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_8.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_8.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "j1" ), g2_8.getNode( "k1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g2_8.getNode( "k1" ), g2_8.getNode( "i1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_9 = TestGSDI.createPhylogeny( "((j1[&&NHX:S=j1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
+ final GSDI sdi2_9 = new GSDI( g2_9, s2, false );
+ if ( sdi2_9.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_9.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_9.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "k4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_9, "j1", "f2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_10 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),f2[&&NHX:S=f2])" );
+ final GSDI sdi2_10 = new GSDI( g2_10, s2, false );
+ if ( sdi2_10.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_10.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_10.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_10, "m1", "f2" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_11 = TestGSDI.createPhylogeny( "((m1[&&NHX:S=m1],k4[&&NHX:S=k4]),x[&&NHX:S=x])" );
+ final GSDI sdi2_11 = new GSDI( g2_11, s2, false );
+ if ( sdi2_11.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_11.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_11.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "k4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_11, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_12 = TestGSDI.createPhylogeny( "(m1[&&NHX:S=m1],(k4[&&NHX:S=k4],x[&&NHX:S=x]))" );
+ final GSDI sdi2_12 = new GSDI( g2_12, s2, false );
+ if ( sdi2_12.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_12.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_12.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "x", "k4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_12, "m1", "x" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_13 = TestGSDI.createPhylogeny( "(x[&&NHX:S=x],(y[&&NHX:S=y],z[&&NHX:S=z]))" );
+ final GSDI sdi2_13 = new GSDI( g2_13, s2, false );
+ if ( sdi2_13.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_13.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_13.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "y", "z" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_13, "x", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_14 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a1_1[&&NHX:S=a1],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
+ final GSDI sdi2_14 = new GSDI( g2_14, s2, false );
+ if ( sdi2_14.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_14.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_14.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_14, "b1", "a1_1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_15 = TestGSDI.createPhylogeny( "(a2[&&NHX:S=a2],(b1[&&NHX:S=b1],a1[&&NHX:S=a1]))" );
+ final GSDI sdi2_15 = new GSDI( g2_15, s2, false );
+ if ( sdi2_15.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_15.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_15.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_15, "b1", "a2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_16 = TestGSDI.createPhylogeny( "(n2[&&NHX:S=n2],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
+ final GSDI sdi2_16 = new GSDI( g2_16, s2, false );
+ if ( sdi2_16.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_16.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_16.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_16, "j3", "n2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_17 = TestGSDI.createPhylogeny( "(p4[&&NHX:S=p4],(j3[&&NHX:S=j3],n1[&&NHX:S=n1]))" );
+ final GSDI sdi2_17 = new GSDI( g2_17, s2, false );
+ if ( sdi2_17.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_17.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_17.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "n1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_17, "j3", "p4" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_18 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n12[&&NHX:S=n1]),(n13[&&NHX:S=n1],n14[&&NHX:S=n1]))" );
+ final GSDI sdi2_18 = new GSDI( g2_18, s2, false );
+ if ( sdi2_18.getDuplicationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_18.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_18.getSpeciationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n13", "n14" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_18, "n11", "n13" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_19 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n21[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n22[&&NHX:S=n2]))" );
+ final GSDI sdi2_19 = new GSDI( g2_19, s2, false );
+ if ( sdi2_19.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_19.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_19.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n21" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n12", "n22" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_19, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_20 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((n11[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n12[&&NHX:S=n1],n3[&&NHX:S=n3]))" );
+ final GSDI sdi2_20 = new GSDI( g2_20, s2, false );
+ if ( sdi2_20.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_20.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_20.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n12", "n3" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_20, "n11", "n12" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_21 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],a1[&&NHX:S=a1]))" );
+ final GSDI sdi2_21 = new GSDI( g2_21, s2, false );
+ if ( sdi2_21.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_21.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_21.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n3", "a1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_21, "n2", "a1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_22 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((n1[&&NHX:S=n1],n2[&&NHX:S=n2]),(n3[&&NHX:S=n3],n4[&&NHX:S=n4]))" );
+ final GSDI sdi2_22 = new GSDI( g2_22, s2, false );
+ //Archaeopteryx.createApplication( g2_22 );
+ //Archaeopteryx.createApplication( s2 );
+ if ( sdi2_22.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_22.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_22.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n3", "n4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_22, "n1", "n3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_23 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),(c1[&&NHX:S=c1],d1[&&NHX:S=d1]))" );
+ final GSDI sdi2_23 = new GSDI( g2_23, s2, false );
+ if ( sdi2_23.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_23.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_23.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "c1", "d1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_23, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_24 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],e1[&&NHX:S=e1]),(i1[&&NHX:S=i1],m1[&&NHX:S=m1]))" );
+ final GSDI sdi2_24 = new GSDI( g2_24, s2, false );
+ if ( sdi2_24.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_24.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_24.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "i1", "m1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_24, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_25 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),(b1[&&NHX:S=b1],c1[&&NHX:S=c1]))" );
+ final GSDI sdi2_25 = new GSDI( g2_25, s2, false );
+ if ( sdi2_25.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_25.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_25.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "b1", "c1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_25, "a1", "b1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_26 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
+ final GSDI sdi2_26 = new GSDI( g2_26, s2, false );
+ if ( sdi2_26.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_26.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_26.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_26, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_27 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],a4[&&NHX:S=a4]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1])" );
+ final GSDI sdi2_27 = new GSDI( g2_27, s2, false );
+ if ( sdi2_27.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_27.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_27.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "a4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_27, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_28 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),e1[&&NHX:S=e1])" );
+ final GSDI sdi2_28 = new GSDI( g2_28, s2, false );
+ if ( sdi2_28.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_28.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_28.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_28, "a1", "e1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_29 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1])" );
+ final GSDI sdi2_29 = new GSDI( g2_29, s2, false );
+ if ( sdi2_29.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_29.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_29.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_29, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_30 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),a2[&&NHX:S=a2])" );
+ final GSDI sdi2_30 = new GSDI( g2_30, s2, false );
+ if ( sdi2_30.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_30.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_30.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_30, "a1", "a2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_31 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1[&&NHX:S=a1],b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),c2[&&NHX:S=c2])" );
+ final GSDI sdi2_31 = new GSDI( g2_31, s2, false );
+ if ( sdi2_31.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_31.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_31.getSpeciationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_31, "a1", "c2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_32 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
+ final GSDI sdi2_32 = new GSDI( g2_32, s2, false );
+ if ( sdi2_32.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_32.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_32.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_32, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_33 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2]),b1[&&NHX:S=b1]),c1[&&NHX:S=c1]),d1[&&NHX:S=d1]),x[&&NHX:S=x]),p1[&&NHX:S=p1]),i1[&&NHX:S=i1]),k2[&&NHX:S=k2]),e1[&&NHX:S=e1]),y[&&NHX:S=y]),z[&&NHX:S=z])" );
+ final GSDI sdi2_33 = new GSDI( g2_33, s2, false );
+ if ( sdi2_33.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_33.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 7 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_33.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "a2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "c1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "d1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "x" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "p1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "i1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "k2" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "e1" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "y" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_33, "a1", "z" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_33_d = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?],(((((((((((a1[&&NHX:S=a1],a2[&&NHX:S=a2])[&&NHX:D=N],b1[&&NHX:S=b1])[&&NHX:D=N],c1[&&NHX:S=c1])[&&NHX:D=?],d1[&&NHX:S=d1])[&&NHX:D=?],x[&&NHX:S=x])[&&NHX:D=N],p1[&&NHX:S=p1])[&&NHX:D=?],i1[&&NHX:S=i1])[&&NHX:D=?],k2[&&NHX:S=k2])[&&NHX:D=Y],e1[&&NHX:S=e1])[&&NHX:D=Y],y[&&NHX:S=y])[&&NHX:D=Y],z[&&NHX:S=z])[&&NHX:D=?])" );
+ final GSDI sdi2_33_d = new GSDI( g2_33_d, s2, false );
+ if ( sdi2_33_d.getDuplicationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_33_d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 14 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_33_d.getSpeciationsSum() != 6 ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_34 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4])" );
+ final GSDI sdi2_34 = new GSDI( g2_34, s2, false );
+ if ( sdi2_34.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_34.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_34.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_34, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_35 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((n1_0[&&NHX:S=n1],n2_0[&&NHX:S=n2]),(n1_1[&&NHX:S=n1],n3_0[&&NHX:S=n3])),n4_0[&&NHX:S=n4]),a1_0[&&NHX:S=a1])" );
+ final GSDI sdi2_35 = new GSDI( g2_35, s2, false );
+ if ( sdi2_35.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_35.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_35.getSpeciationsSum() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n2_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_1", "n3_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n1_1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "n4_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_35, "n1_0", "a1_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_36 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a1_1[&&NHX:S=a1],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
+ final GSDI sdi2_36 = new GSDI( g2_36, s2, false );
+ if ( sdi2_36.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_36.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_36.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_1", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_36, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_37 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((a1_0[&&NHX:S=a1],b1_0[&&NHX:S=b1]),(a2_0[&&NHX:S=a2],c1_0[&&NHX:S=c1])),d1_0[&&NHX:S=d1])" );
+ final GSDI sdi2_37 = new GSDI( g2_37, s2, false );
+ if ( sdi2_37.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_37.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_37.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "b1_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a2_0", "c1_0" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "c1_0" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_37, "a1_0", "d1_0" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_38 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1]),([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n1])),[&&NHX:S=n1]),[&&NHX:S=n1])" );
+ final GSDI sdi2_38 = new GSDI( g2_38, s2, false );
+ if ( sdi2_38.getDuplicationsSum() != 5 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_38.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_38.getSpeciationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_100 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],h2[&&NHX:S=h2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],b1[&&NHX:S=b1])))" );
+ final GSDI sdi2_100 = new GSDI( g2_100, s2, false );
+ if ( sdi2_100.getDuplicationsSum() != 4 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_100.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_100.getSpeciationsSum() != 4 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "h2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "c3" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "i4", "b1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "a1", "i4" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_100, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g2_101 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((e1[&&NHX:S=e1],f2[&&NHX:S=f2]),(d3[&&NHX:S=d3],g4[&&NHX:S=g4])),(((a1[&&NHX:S=a1],b2[&&NHX:S=b2]),c3[&&NHX:S=c3]),(i4[&&NHX:S=i4],j1[&&NHX:S=j1])))" );
+ final GSDI sdi2_101 = new GSDI( g2_101, s2, false );
+ if ( sdi2_101.getDuplicationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_101.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi2_101.getSpeciationsSum() != 5 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "f2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "d3", "g4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "d3" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "b2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "c3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "i4", "j1" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "a1", "i4" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g2_101, "e1", "a1" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny s_7_4 = DevelopmentTools.createBalancedPhylogeny( 7, 4 );
+ DevelopmentTools.numberSpeciesInOrder( s_7_4 );
+ final Phylogeny g_7_4_1 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
+ + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
+ + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
+ + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
+ + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
+ + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
+ + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
+ + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
+ + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
+ + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
+ + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
+ + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65])" );
+ final GSDI sdi7_4_1 = new GSDI( g_7_4_1, s_7_4, false );
+ if ( sdi7_4_1.getDuplicationsSum() != 54 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi7_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi7_4_1.getSpeciationsSum() != 4 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "2" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "3" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "4" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "5" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "6" ).isDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "9" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "13" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "17" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "33" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "49" ).isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !TestGSDI.getEvent( g_7_4_1, "1", "65" ).isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ final Phylogeny g_7_4_2 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((("
+ + "1[&&NHX:S=1],2[&&NHX:S=2]),3[&&NHX:S=3]),4[&&NHX:S=4]),5[&&NHX:S=5]),"
+ + "6[&&NHX:S=6]),7[&&NHX:S=7]),8[&&NHX:S=8]),9[&&NHX:S=9]),10[&&NHX:S=10]),11[&&NHX:S=11]),"
+ + "12[&&NHX:S=12]),13[&&NHX:S=13]),14[&&NHX:S=14]),15[&&NHX:S=15]),16[&&NHX:S=16]),17[&&NHX:S=17]),"
+ + "18[&&NHX:S=18]),19[&&NHX:S=19]),20[&&NHX:S=20]),21[&&NHX:S=21]),22[&&NHX:S=22]),23[&&NHX:S=23]),"
+ + "24[&&NHX:S=24]),25[&&NHX:S=25]),26[&&NHX:S=26]),27[&&NHX:S=27]),28[&&NHX:S=28]),29[&&NHX:S=29]),"
+ + "30[&&NHX:S=30]),31[&&NHX:S=31]),32[&&NHX:S=32]),33[&&NHX:S=33]),34[&&NHX:S=34]),35[&&NHX:S=35]),"
+ + "36[&&NHX:S=36]),37[&&NHX:S=37]),38[&&NHX:S=38]),39[&&NHX:S=39]),40[&&NHX:S=40]),41[&&NHX:S=41]),"
+ + "42[&&NHX:S=42]),43[&&NHX:S=43]),44[&&NHX:S=44]),45[&&NHX:S=45]),46[&&NHX:S=46]),47[&&NHX:S=47]),"
+ + "48[&&NHX:S=48]),49[&&NHX:S=49]),50[&&NHX:S=50]),51[&&NHX:S=51]),52[&&NHX:S=52]),53[&&NHX:S=53]),"
+ + "54[&&NHX:S=54]),55[&&NHX:S=55]),56[&&NHX:S=56]),57[&&NHX:S=57]),58[&&NHX:S=58]),59[&&NHX:S=59]),"
+ + "60[&&NHX:S=60]),61[&&NHX:S=61]),62[&&NHX:S=62]),63[&&NHX:S=63]),64[&&NHX:S=64]),65[&&NHX:S=65]),"
+ + "66[&&NHX:S=66]),257[&&NHX:S=257]),258[&&NHX:S=258]),513[&&NHX:S=513]),514[&&NHX:S=514]),769[&&NHX:S=769]),770[&&NHX:S=770])" );
+ final GSDI sdi7_4_2 = new GSDI( g_7_4_2, s_7_4, false );
+ if ( sdi7_4_2.getDuplicationsSum() != 58 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi7_4_2.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 8 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( sdi7_4_2.getSpeciationsSum() != 5 ) {
+ return false;
+ }
+ final String g2_0_ = "(([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2]),([&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o4]))";
+ final Phylogeny g2_0p = TestGSDI.createPhylogeny( g2_0_ );
+ g2_0.setRooted( true );
+ final GSDI sdi2_0p = new GSDI( g2_0p, s2, false );
+ if ( sdi2_0p.getDuplicationsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny tol_143_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA + "tol_143.xml" )[ 0 ];
+ final Phylogeny gene_tree_tax_code_4_ = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gene_tree_tax_code_4.xml" )[ 0 ];
+ final GSDI gsdi_143_4_1 = new GSDI( gene_tree_tax_code_4_.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
+ if ( gsdi_143_4_1.getDuplicationsSum() != 21 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationsSum() != 28 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( gsdi_143_4_1.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_wnt = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.xml" )[ 0 ];
+ gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.setRooted( true );
+ final GSDI a = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(), tol_143_.copy(), false, true, true );
+ if ( a.getDuplicationsSum() != 33 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( a.getSpeciationsSum() != 31 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( a.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( a.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
+ return false;
+ }
+ if ( a.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 26 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( a.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gsdi_test_species_tree_sn.xml" )[ 0 ];
+ final GSDI b = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
+ gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
+ false,
+ true,
+ true );
+ if ( b.getDuplicationsSum() != 8 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( b.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny gsdi_test_species_tree_sn_nh = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((((('Homo sapiens','Mus musculus')Euarchontoglires,'Petromyzon marinus')Vertebrata,'Nematostella vectensis')'Bilateria Cnidaria',(('Mycosphaerella graminicola','Mycosphaerella pini')Mycosphaerella,'Saccharomyces cerevisiae')'Pezizomycotina Saccharomycetales')Opisthokonta,('Plasmodium chabaudi','Plasmodium falciparum','Plasmodium yoelii yoelii')Plasmodium)Eukaryota,'Pyrococcus horikoshii')Neomura,(('Kineococcus radiotolerans','Kocuria rhizophila','Streptomyces coelicolor','Thermobifida fusca','Microlunatus phosphovorus'),'Bacteroides thetaiotaomicron'))'cellular organisms';" );
+ PhylogenyMethods.transferNodeNameToField( gsdi_test_species_tree_sn_nh,
+ PhylogenyMethods.PhylogenyNodeField.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME,
+ true );
+ final GSDI c = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_wnt.copy(),
+ gsdi_test_species_tree_sn_nh.copy(),
+ false,
+ true,
+ true );
+ if ( c.getDuplicationsSum() != 8 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getSpeciationsSum() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 2 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 87 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( c.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 15 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gsdi_test_gene_tree_codes.xml" )[ 0 ];
+ final Phylogeny gsdi_test_species_tree_codes_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gsdi_test_species_tree_codes.xml" )[ 0 ];
+ final GSDI d = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_codes_xml.copy(),
+ gsdi_test_species_tree_codes_xml.copy(),
+ false,
+ true,
+ true );
+ if ( d.getDuplicationsSum() != 21 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getSpeciationsSum() != 28 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 6 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.CODE ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 17 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 0 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 12 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( d.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ //--
+ final Phylogeny gsdi_test_gene_tree_sn_xml = ParserUtils.readPhylogenies( PATH_TO_TEST_DATA
+ + "gsdi_test_gene_tree_sn.xml" )[ 0 ];
+ final GSDI e = new GSDI( gsdi_test_gene_tree_sn_xml.copy(),
+ gsdi_test_species_tree_sn_xml.copy(),
+ false,
+ true,
+ true );
+ if ( e.getDuplicationsSum() != 7 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getSpeciationsSum() != 9 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getSpeciationOrDuplicationEventsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getTaxCompBase() != TaxonomyComparisonBase.SCIENTIFIC_NAME ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getMappedExternalSpeciesTreeNodes().size() != 12 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getReMappedScientificNamesFromGeneTree().size() != 8 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getStrippedExternalGeneTreeNodes().size() != 3 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( e.getStrippedSpeciesTreeNodes().size() != 7 ) {
+ return false;
+ }
+ }
+ catch ( final Exception e ) {
+ e.printStackTrace( System.out );
+ return false;
+ }
+ return true;
+ }
+
+ private static boolean testGSDIR_general() {
+ try {
+
+ final String s2_ = "((" + "([&&NHX:S=a1],[&&NHX:S=a2],[&&NHX:S=a3],[&&NHX:S=a4]),"
+ + "([&&NHX:S=b1],[&&NHX:S=b2],[&&NHX:S=b3],[&&NHX:S=b4]),"
+ + "([&&NHX:S=c1],[&&NHX:S=c2],[&&NHX:S=c3],[&&NHX:S=c4]),"
+ + "([&&NHX:S=d1],[&&NHX:S=d2],[&&NHX:S=d3],[&&NHX:S=d4])),("
+ + "([&&NHX:S=e1],[&&NHX:S=e2],[&&NHX:S=e3],[&&NHX:S=e4]),"
+ + "([&&NHX:S=f1],[&&NHX:S=f2],[&&NHX:S=f3],[&&NHX:S=f4]),"
+ + "([&&NHX:S=g1],[&&NHX:S=g2],[&&NHX:S=g3],[&&NHX:S=g4]),"
+ + "([&&NHX:S=h1],[&&NHX:S=h2],[&&NHX:S=h3],[&&NHX:S=h4])),("
+ + "([&&NHX:S=i1],[&&NHX:S=i2],[&&NHX:S=i3],[&&NHX:S=i4]),"
+ + "([&&NHX:S=j1],[&&NHX:S=j2],[&&NHX:S=j3],[&&NHX:S=j4]),"
+ + "([&&NHX:S=k1],[&&NHX:S=k2],[&&NHX:S=k3],[&&NHX:S=k4]),"
+ + "([&&NHX:S=l1],[&&NHX:S=l2],[&&NHX:S=l3],[&&NHX:S=l4])),("
+ + "([&&NHX:S=m1],[&&NHX:S=m2],[&&NHX:S=m3],[&&NHX:S=m4]),"
+ + "([&&NHX:S=n1],[&&NHX:S=n2],[&&NHX:S=n3],[&&NHX:S=n4]),"
+ + "([&&NHX:S=o1],[&&NHX:S=o2],[&&NHX:S=o3],[&&NHX:S=o4]),"
+ + "([&&NHX:S=p1],[&&NHX:S=p2],[&&NHX:S=p3],[&&NHX:S=p4])"
+ + "),[&&NHX:S=x],[&&NHX:S=y],[&&NHX:S=z])";
+ final Phylogeny s2 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s2_, new NHXParser() )[ 0 ];
+ s2.setRooted( true );
+ final String s1_ = "((([&&NHX:S=A2],[&&NHX:S=A1]),[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C]),[&&NHX:S=D])";
+ final Phylogeny s1 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s1_, new NHXParser() )[ 0 ];
+ s1.setRooted( true );
+ final Phylogeny g1 = TestGSDI
+ .createPhylogeny( "((((B[&&NHX:S=B],A1[&&NHX:S=A1]),C[&&NHX:S=C]),A2[&&NHX:S=A2]),D[&&NHX:S=D])" );
+ final GSDIR sdi1 = new GSDIR( g1, s1, false, 1 );
+ // Archaeopteryx.createApplication( g1 );
+ // Archaeopteryx.createApplication( s1 );
+ if ( sdi1.getDuplicationsSum() != 1 ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "B" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "C" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciationOrDuplication() ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !( PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "A2" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isDuplication() ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !PhylogenyMethods.calculateLCA( g1.getNode( "D" ), g1.getNode( "A1" ) ).getNodeData().getEvent()
+ .isSpeciation() ) {
+ return false;
+ }
+
+ }
+ catch ( final Exception e ) {
+ e.printStackTrace( System.out );
+ return false;
+ }
+ return true;
+ }
+
+ public static void main( final String[] args ) {
+ if ( !TestGSDI.testGSDI_against_binary_gene_tree() ) {
+ System.out.println( "binary failed" );
+ }
+ if ( !TestGSDI.testGSDI_general() ) {
+ System.out.println( "general failed" );
+ }
+ if ( !TestGSDI.testGSDIR_general() ) {
+ System.out.println( "general re-rooting failed" );
+ }
+ else {
+ System.out.println( "OK" );
}
// boolean success = test();
// if ( success ) {
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff