import org.forester.util.ForesterConstants;
import org.forester.util.ForesterUtil;
import org.forester.util.GeneralTable;
+import org.forester.ws.uniprot.DatabaseTools;
+import org.forester.ws.uniprot.SequenceDatabaseEntry;
import org.forester.ws.uniprot.UniProtTaxonomy;
import org.forester.ws.uniprot.UniProtWsTools;
import org.forester.ws.wabi.TxSearch;
System.out.println( "failed." );
failed++;
}
+ System.out.print( "EMBL Entry Retrieval: " );
+ if ( Test.testEmblEntryRetrieval() ) {
+ System.out.println( "OK." );
+ succeeded++;
+ }
+ else {
+ System.out.println( "failed." );
+ failed++;
+ }
+ System.out.print( "Uniprot Entry Retrieval: " );
+ if ( Test.testUniprotEntryRetrieval() ) {
+ System.out.println( "OK." );
+ succeeded++;
+ }
+ else {
+ System.out.println( "failed." );
+ failed++;
+ }
System.out.print( "Uniprot Taxonomy Search: " );
if ( Test.testUniprotTaxonomySearch() ) {
System.out.println( "OK." );
succeeded++;
}
else {
- System.out
- .println( "failed [will not count towards failed tests since it might be due to absence internet connection]" );
+ System.out.println( "failed." );
+ failed++;
}
if ( Mafft.isInstalled() ) {
System.out.print( "MAFFT (external program): " );
return false;
}
final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
- final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
- final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
- final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n3", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n4:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( n1.isHasAssignedEvent() ) {
return false;
}
private static boolean testCopyOfNodeData() {
try {
- final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
+ final PhylogenyNode n1 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:O=22:SO=33:SN=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
final PhylogenyNode n2 = n1.copyNodeData();
if ( !n1.toNewHampshireX().equals( n2.toNewHampshireX() ) ) {
return false;
private static boolean testNHXconversion() {
try {
final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
- final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
- final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
- final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
- final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
- final PhylogenyNode n6 = new PhylogenyNode( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
+ final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
+ final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
+ final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
+ final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:Co=Y:B=56:T=1:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1]" );
+ final PhylogenyNode n6 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n6:0.000001[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=N:Co=N:B=100:T=1:W=2:C=0.0.0:XN=B=bool_tag=T]" );
if ( !n1.toNewHampshireX().equals( "" ) ) {
return false;
}
private static boolean testNHXNodeParsing() {
try {
final PhylogenyNode n1 = new PhylogenyNode();
- final PhylogenyNode n2 = new PhylogenyNode( "" );
- final PhylogenyNode n3 = new PhylogenyNode( "n3" );
- final PhylogenyNode n4 = new PhylogenyNode( "n4:0.01" );
- final PhylogenyNode n5 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
+ final PhylogenyNode n2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "" );
+ final PhylogenyNode n3 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n3" );
+ final PhylogenyNode n4 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n4:0.01" );
+ final PhylogenyNode n5 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:E=1.1.1.1:D=Y:B=56:T=1:On=22:SOn=33:SNn=44:W=2:C=10.20.30:XN=S=tag1=value1=unit1:XN=S=tag3=value3=unit3]" );
if ( !n3.getName().equals( "n3" ) ) {
return false;
}
if ( n5.getNodeData().getProperties().getPropertyRefs().length != 2 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n8 = new PhylogenyNode( "n8_ECOLI/12:0.01",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n8 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n8_ECOLI/12:0.01", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n8.getName().equals( "n8_ECOLI/12" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n8 ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n9 = new PhylogenyNode( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n9 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n9_ECOLI/12=12:0.01",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n9.getName().equals( "n9_ECOLI/12=12" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n9 ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n10 = new PhylogenyNode( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n10 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10.ECOLI", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n10.getName().equals( "n10.ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n20 = new PhylogenyNode( "n20_ECOLI/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n20 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n20_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n20.getName().equals( "n20_ECOLI/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20 ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n20x = new PhylogenyNode( "n20_ECOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
+ final PhylogenyNode n20x = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n20_ECOL1/1-2",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
if ( !n20x.getName().equals( "n20_ECOL1/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n20x ).equals( "ECOL1" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n20xx = new PhylogenyNode( "n20_eCOL1/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n20xx = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n20_eCOL1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n20xx.getName().equals( "n20_eCOL1/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xx ).length() > 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n20xxx = new PhylogenyNode( "n20_ecoli/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n20xxx = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n20_ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n20xxx.getName().equals( "n20_ecoli/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxx ).length() > 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n20xxxx = new PhylogenyNode( "n20_Ecoli/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n20xxxx = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n20_Ecoli/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n20xxxx.getName().equals( "n20_Ecoli/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n20xxxx ).length() > 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n21 = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
+ final PhylogenyNode n21 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n21_PIG",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.YES );
if ( !n21.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n21 ).equals( "PIG" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n21x = new PhylogenyNode( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n21x = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n21_PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n21x.getName().equals( "n21_PIG" ) ) {
return false;
}
if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n21x ).length() > 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n22 = new PhylogenyNode( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n22 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n22/PIG", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n22.getName().equals( "n22/PIG" ) ) {
return false;
}
if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n22 ).length() > 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n23 = new PhylogenyNode( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n23 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n23/PIG_1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n23.getName().equals( "n23/PIG_1" ) ) {
return false;
}
return false;
}
if ( NHXParser.LIMIT_SPECIES_NAMES_TO_FIVE_CHARS ) {
- final PhylogenyNode a = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode a = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !a.getName().equals( "n10_ECOLI/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( a ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode b = new PhylogenyNode( "n10_ECOLI1/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode b = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10_ECOLI1/1-2",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !b.getName().equals( "n10_ECOLI1/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( b ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode c = new PhylogenyNode( "n10_RATAF12/1000-2000",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode c = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10_RATAF12/1000-2000",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !c.getName().equals( "n10_RATAF12/1000-2000" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( c ).equals( "RATAF" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode d = new PhylogenyNode( "n10_RAT1/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode d = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !d.getName().equals( "n10_RAT1/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( d ).equals( "RAT" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode e = new PhylogenyNode( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode e = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n10_RAT1", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !e.getName().equals( "n10_RAT1" ) ) {
return false;
}
return false;
}
}
- final PhylogenyNode n11 = new PhylogenyNode( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n11 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n111111_ECOLI/jdj:0.4",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n11.getName().equals( "n111111_ECOLI/jdj" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n11 ).equals( "ECOLI" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n12 = new PhylogenyNode( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n12 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n111111-ECOLI---/jdj:0.4",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n12.getName().equals( "n111111-ECOLI---/jdj" ) ) {
return false;
}
if ( n2.getDistanceToParent() != PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n00 = new PhylogenyNode( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
+ final PhylogenyNode n00 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "n7:0.000001[&&NHX:GN=gene_name:AC=accession123:ID=node_identifier:S=Ecoli:D=N:Co=N:B=100:T=1:On=100:SOn=100:SNn=100:W=2:C=0.0.0:XN=U=url_tag=www.yahoo.com]" );
if ( !n00.getNodeData().getNodeIdentifier().getValue().equals( "node_identifier" ) ) {
return false;
}
if ( !n00.getNodeData().getProperties().getProperty( "url_tag" ).getUnit().equals( "" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode nx = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
+ final PhylogenyNode nx = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:GN=gene_1]" );
if ( !nx.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_1" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode nx2 = new PhylogenyNode( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
+ final PhylogenyNode nx2 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "n5:0.1[&&NHX:S=Ecoli:G=gene_2]" );
if ( !nx2.getNodeData().getSequence().getName().equals( "gene_2" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n13 = new PhylogenyNode( "blah_12345/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n13 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "blah_12345/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n13.getName().equals( "blah_12345/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n13 ).equals( "" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n14 = new PhylogenyNode( "blah_12X45/1-2",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n14 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "blah_12X45/1-2", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n14.getName().equals( "blah_12X45/1-2" ) ) {
return false;
}
if ( !PhylogenyMethods.getSpecies( n14 ).equals( "12X45" ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n15 = new PhylogenyNode( "something_wicked[123]",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n15 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "something_wicked[123]",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n15.getName().equals( "something_wicked" ) ) {
return false;
}
if ( !isEqual( n15.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 123 ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n16 = new PhylogenyNode( "something_wicked2[9]",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n16 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "something_wicked2[9]",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n16.getName().equals( "something_wicked2" ) ) {
return false;
}
if ( !isEqual( n16.getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(), 9 ) ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n17 = new PhylogenyNode( "something_wicked3[a]",
- ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n17 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( "something_wicked3[a]",
+ ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !n17.getName().equals( "something_wicked3" ) ) {
return false;
}
if ( n17.getBranchData().getNumberOfConfidences() != 0 ) {
return false;
}
- final PhylogenyNode n18 = new PhylogenyNode( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
+ final PhylogenyNode n18 = PhylogenyNode
+ .createInstanceFromNhxString( ":0.5[91]", ForesterUtil.TAXONOMY_EXTRACTION.PFAM_STYLE_ONLY );
if ( !isEqual( n18.getDistanceToParent(), 0.5 ) ) {
return false;
}
private static boolean testPhylogenyBranch() {
try {
- final PhylogenyNode a1 = new PhylogenyNode( "a" );
- final PhylogenyNode b1 = new PhylogenyNode( "b" );
+ final PhylogenyNode a1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "a" );
+ final PhylogenyNode b1 = PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "b" );
final PhylogenyBranch a1b1 = new PhylogenyBranch( a1, b1 );
final PhylogenyBranch b1a1 = new PhylogenyBranch( b1, a1 );
if ( !a1b1.equals( a1b1 ) ) {
final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
//Archaeopteryx.createApplication( p0 );
final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
- ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, false, ex );
// System.out.println( s0.toString() );
//
Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
// }
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
///////////////////////////
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "X" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "Y" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "X" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "Y" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
final PhylogenyFactory factory = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
final Phylogeny p0 = factory.create( "(((A,B,C),D),(E,(F,G)))R", new NHXParser() )[ 0 ];
final Set<PhylogenyNode> ex = new HashSet<PhylogenyNode>();
- ex.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- ex.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ ex.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
final TreeSplitMatrix s0 = new TreeSplitMatrix( p0, true, ex );
Set<PhylogenyNode> query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( !s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "C" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "C" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "F" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "F" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "B" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "B" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
//
query_nodes = new HashSet<PhylogenyNode>();
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "E" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "D" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "A" ) );
- query_nodes.add( new PhylogenyNode( "G" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "E" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "D" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "A" ) );
+ query_nodes.add( PhylogenyNode.createInstanceFromNhxString( "G" ) );
if ( s0.match( query_nodes ) ) {
return false;
}
return false;
}
}
+ catch ( final IOException e ) {
+ System.out.println();
+ System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
+ e.printStackTrace( System.out );
+ return true;
+ }
catch ( final Exception e ) {
+ return false;
+ }
+ return true;
+ }
+
+ private static boolean testEmblEntryRetrieval() {
+ //The format for GenBank Accession numbers are:
+ //Nucleotide: 1 letter + 5 numerals OR 2 letters + 6 numerals
+ //Protein: 3 letters + 5 numerals
+ //http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/acc.html
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY423861" ).equals( "AY423861" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( ".AY423861." ).equals( "AY423861" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY423861" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AY4238612" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "AAY4238612" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "Y423861" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "S12345" ).equals( "S12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S12345|" ).equals( "S12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "|S123456" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC123456" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABC12345" ).equals( "ABC12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "&ABC12345&" ).equals( "ABC12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( DatabaseTools.parseGenbankAccessor( "ABCD12345" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ return true;
+ }
+
+ private static boolean testUniprotEntryRetrieval() {
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "3 4P12345" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345E" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P123455" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "EP12345E" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "AY423861" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDD5" ).equals( "P1DDD5" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1DDDD" ) != null ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X P12345 12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P12345/12-42" ).equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !UniProtWsTools.parseUniProtAccessor( "P1234X/P12345" ).equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ try {
+ final SequenceDatabaseEntry entry = UniProtWsTools.obtainUniProtEntry( "P12345", 200 );
+ if ( !entry.getAccession().equals( "P12345" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !entry.getTaxonomyScientificName().equals( "Oryctolagus cuniculus" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !entry.getSequenceName().equals( "Aspartate aminotransferase, mitochondrial" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !entry.getSequenceSymbol().equals( "GOT2" ) ) {
+ return false;
+ }
+ if ( !entry.getTaxonomyIdentifier().equals( "9986" ) ) {
+ return false;
+ }
+ }
+ catch ( final IOException e ) {
System.out.println();
System.out.println( "the following might be due to absence internet connection:" );
e.printStackTrace( System.out );
+ return true;
+ }
+ catch ( final Exception e ) {
return false;
}
return true;
git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff