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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / test / Test.java
diff --git a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java
index 452be95..db5e28d 100644 (file)
--- a/forester/java/src/org/forester/test/Test.java
+++ b/forester/java/src/org/forester/test/Test.java
@@ -87,7 +87,6 @@ import org.forester.protein.Protein;
 import org.forester.sdi.SDI;
 import org.forester.sdi.SDIR;
 import org.forester.sdi.SDIse;
-import org.forester.sdi.TaxonomyAssigner;
 import org.forester.sdi.TestGSDI;
 import org.forester.sequence.BasicSequence;
 import org.forester.sequence.Sequence;
@@ -496,15 +495,6 @@ public final class Test {
             System.out.println( "failed." );
             failed++;
         }
-        System.out.print( "Taxonomy assigner: " );
-        if ( Test.testTaxonomyAssigner() ) {
-            System.out.println( "OK." );
-            succeeded++;
-        }
-        else {
-            System.out.println( "failed." );
-            failed++;
-        }
         System.out.print( "SDIunrooted: " );
         if ( Test.testSDIunrooted() ) {
             System.out.println( "OK." );
@@ -7497,361 +7487,6 @@ public final class Test {
         return true;
     }
 
-    private static boolean testTaxonomyAssigner() {
-        try {
-            String s0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])[&&NHX:S=AB],[&&NHX:S=C])[&&NHX:S=ABC],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],[&&NHX:S=E])[&&NHX:S=ABCDE]";
-            String g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=B])b,[&&NHX:S=C])c";
-            Phylogeny s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            Phylogeny g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            s0.setRooted( true );
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=A])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "AB" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABC" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=C])b,[&&NHX:S=D])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=E])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCDE" ) ) {
-                return false;
-            }
-            s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])[&&NHX:S=ABCD],"
-                    + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])[&&NHX:S=EFGH],"
-                    + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])[&&NHX:S=IJKL], "
-                    + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])[&&NHX:S=MNOP])[&&NHX:S=ROOT]";
-            s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            s0.setRooted( true );
-            g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H])b,"
-                    + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L])c, "
-                    + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
-                    + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=I])c, "
-                    + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=O])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "IJKL" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "MNOP" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,"
-                    + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=F])b,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
-                    + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=O])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "EFGH" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])a,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])b,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])a,[&&NHX:S=A])b,[&&NHX:S=A])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B])a,[&&NHX:S=I])b,[&&NHX:S=J])c";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L])c)abc, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "L" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
-                    + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( !g0.getNode( "a" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "b" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "ab" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "abc" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ABCD" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "d" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "r" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "ROOT" ) ) {
-                return false;
-            }
-            s0_str = "(([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D]),"
-                    + "([&&NHX:S=E],[&&NHX:S=F],[&&NHX:S=G],[&&NHX:S=H]),"
-                    + "([&&NHX:S=I],[&&NHX:S=J],[&&NHX:S=K],[&&NHX:S=L]), "
-                    + "([&&NHX:S=M],[&&NHX:S=N],[&&NHX:S=O],[&&NHX:S=P]))";
-            s0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( s0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            s0.setRooted( true );
-            g0_str = "(((([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=C],[&&NHX:S=D])a,"
-                    + "([&&NHX:S=D],[&&NHX:S=D],[&&NHX:S=B],[&&NHX:S=A])b)ab,"
-                    + "([&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A],[&&NHX:S=A])c)abc, "
-                    + "([&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=L],[&&NHX:S=A])d)r";
-            g0 = ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create( g0_str, new NHXParser() )[ 0 ];
-            g0.setRooted( true );
-            TaxonomyAssigner.execute( g0, s0 );
-            if ( g0.getNode( "a" ).getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
-                return false;
-            }
-            if ( !g0.getNode( "c" ).getNodeData().getTaxonomy().getScientificName().equals( "A" ) ) {
-                return false;
-            }
-        }
-        catch ( final Exception e ) {
-            e.printStackTrace( System.out );
-            return false;
-        }
-        return true;
-    }
-
     private static boolean testUniprotTaxonomySearch() {
         try {
             List<UniProtTaxonomy> results = SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( "starlet sea anemone",