public static String getTaxGroupByTaxCode( final String code ) {
return _default_taxcode_taxgroup_map.get( code );
}
-
+
public static int getTaxIdFromFakeTaxCode( final String code ) {
- return FAKE_CODE_TO_ID_MAP.get( code );
+ return FAKE_CODE_TO_ID_MAP.get( code );
}
-
+
public static boolean isHasTaxIdFromFakeTaxCode( final String code ) {
return FAKE_CODE_TO_ID_MAP.containsKey( code );
- }
-
- private final static Map<String, String> _default_taxcode_taxgroup_map = new HashMap<String, String>();
+ }
+ private final static Map<String, String> _default_taxcode_taxgroup_map = new HashMap<String, String>();
static {
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "HUMAN", "deuterostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "HOMSA", "deuterostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "BRAFL", "deuterostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "SACKO", "deuterostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "STRPU", "deuterostomia" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "FICAL", "deuterostomia" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "OPHHA", "deuterostomia" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PYTBI", "deuterostomia" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "LYTVA", "deuterostomia" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PATMI", "deuterostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROSE", "protostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROSI", "protostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "DROME", "protostomia" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "PICAB", "embryophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "SELML", "embryophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHYPA", "embryophyta" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "AMBTC", "embryophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "OSTLU", "chlorophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "ORCXX", "chlorophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "OSTTA", "chlorophyta" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "TETTS", "alveolata" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "OTRXX", "alveolata" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "BLEJA", "alveolata" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "PERM5", "alveolata" );
+ _default_taxcode_taxgroup_map.put( "ICHMG", "alveolata" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "FCYXX", "stramenopiles" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "PHATR", "stramenopiles" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "THAPS", "stramenopiles" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "HELPH", "bacteria" );
_default_taxcode_taxgroup_map.put( "AQUAE", "bacteria" );
}
-
- private final static Map<String,Integer> FAKE_CODE_TO_ID_MAP = new HashMap<String,Integer>();
-
+ private final static Map<String, Integer> FAKE_CODE_TO_ID_MAP = new HashMap<String, Integer>();
static {
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CTEXX", 283909);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "HMAXX", 6085);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SARXX", 72019);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AALXX", 398408);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PFIXX", 83344);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MPSXX", 692275);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "BCOXX", 430998);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APPXX", 178873);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APMXX", 46634);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APSXX", 1042127);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CPUXX", 80637);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "JARXX", 202697);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FPIXX", 40483);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PPLXX", 104341);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MVNXX", 1069443);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CREXX", 61392);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FALXX", 691883);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CCLXX", 85681);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ORCXX", 385169);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ASCXX", 763042);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CSUXX", 574566);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "OTRXX", 1172189);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FCYXX", 186039);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AKEXX", 702273);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SAGXX", 876976);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ALIXX", 87102);
- FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "TTRXX", 529818);
-
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CTEXX", 283909 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "HMAXX", 6085 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SARXX", 72019 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AALXX", 398408 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PFIXX", 83344 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MPSXX", 692275 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "BCOXX", 430998 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APPXX", 178873 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APMXX", 46634 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "APSXX", 1042127 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CPUXX", 80637 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "JARXX", 202697 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FPIXX", 40483 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "PPLXX", 104341 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "MVNXX", 1069443 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CREXX", 61392 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FALXX", 691883 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CCLXX", 85681 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ORCXX", 385169 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ASCXX", 763042 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "CSUXX", 574566 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "OTRXX", 1172189 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "FCYXX", 186039 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "AKEXX", 702273 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "SAGXX", 876976 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "ALIXX", 87102 );
+ FAKE_CODE_TO_ID_MAP.put( "TTRXX", 529818 );
}
}