git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
in progress
[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / ws / uniprot / UniProtWsTools.java
diff --git a/forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtWsTools.java b/forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtWsTools.java
index d24b171..73399ba 100644 (file)
--- a/forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtWsTools.java
+++ b/forester/java/src/org/forester/ws/uniprot/UniProtWsTools.java
@@ -41,6 +41,8 @@ import org.forester.util.ForesterUtil;
 
 public final class UniProtWsTools {
 
+    private static final boolean ALLOW_TAXONOMY_CODE_HACKS = true; //TODO turn off for final realease!
+
     public enum Db {
         UNKNOWN, UNIPROT;
     }
@@ -54,7 +56,7 @@ public final class UniProtWsTools {
     // \Z => end of String
     private final static Pattern UNIPROT_AC_PATTERN = Pattern
                                                             .compile( "(?:\\A|.*[^a-zA-Z0-9])([A-Z]\\d[A-Z0-9]{3}\\d)(?:[^a-zA-Z0-9]|\\Z)" );
-    private final static boolean DEBUG              = true;
+    private final static boolean DEBUG              = false;
 
     private static String encode( final String str ) throws UnsupportedEncodingException {
         return URLEncoder.encode( str.trim(), URL_ENC );
@@ -116,11 +118,14 @@ public final class UniProtWsTools {
             throws IOException {
         // Hack!  Craniata? .. 
         if ( sn.equals( "Drosophila" ) ) {
-            return hack( UniProtTaxonomy.DROSOPHILA_GENUS );
+            return uniProtTaxonomyToList( UniProtTaxonomy.DROSOPHILA_GENUS );
         }
         else if ( sn.equals( "Xenopus" ) ) {
-            return hack( UniProtTaxonomy.XENOPUS_GENUS );
+            return uniProtTaxonomyToList( UniProtTaxonomy.XENOPUS_GENUS );
         }
+        // else if ( sn.equals( "Nucleariidae and Fonticula group" ) ) {
+        //     return hack( UniProtTaxonomy.NUCLEARIIDAE_AND_FONTICULA );
+        // }
         final List<String> result = getTaxonomyStringFromScientificName( sn, max_taxonomies_return );
         if ( result.size() > 0 ) {
             return parseUniProtTaxonomy( result );
@@ -153,13 +158,12 @@ public final class UniProtWsTools {
     public static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String code,
                                                                        final int max_taxonomies_return )
             throws IOException {
-        String my_code = new String( code );
-        // Hacks!
-        if ( my_code.equals( "FUGRU" ) ) {
-            my_code = "TAKRU";
-        }
-        else if ( my_code.equals( "CAP" ) ) {
-            return hack( UniProtTaxonomy.CAPITELLA_TELATA_SPECIES );
+        final String my_code = new String( code );
+        if ( ALLOW_TAXONOMY_CODE_HACKS ) {
+            final List<UniProtTaxonomy> l = resolveFakeTaxonomyCodes( max_taxonomies_return, my_code );
+            if ( l != null ) {
+                return l;
+            }
         }
         final List<String> result = getTaxonomyStringFromTaxonomyCode( my_code, max_taxonomies_return );
         if ( result.size() > 0 ) {
@@ -168,6 +172,100 @@ public final class UniProtWsTools {
         return null;
     }
 
+    private static List<UniProtTaxonomy> resolveFakeTaxonomyCodes( final int max_taxonomies_return, final String code )
+            throws IOException {
+        if ( code.equals( "CAP" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "283909", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "FUGRU" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "31033", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "GIALA" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "5741", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "TRIVE" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "413071", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "CAPOWC" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "192875", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "SPHARC" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "667725", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "THETRA" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "529818", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "CHLVUL" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "574566", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "CITCLE" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "85681", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "MYCPOP" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "85929", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "AGABB" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "597362", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "BAUCOM" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "430998", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "DICSQU" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "114155", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "FOMPIN" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "40483", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "HYDMA" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "6085", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "MYCFI" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "83344", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "OIDMAI" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "78148", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "OSTRC" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "385169", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "POSPL" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "104341", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "SAICOM" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "5606", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "SERLA" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "85982", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "SPORO" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "40563", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "ACRALC" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "398408", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "THITER" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "35720", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "MYCTHE" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "78579", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "CONPUT" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "80637", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "WOLCOC" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "81056", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "CLAGRA" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "27339", max_taxonomies_return );
+        }
+        else if ( code.equals( "XANPAR" ) ) {
+            return getTaxonomiesFromId( "107463", max_taxonomies_return );
+        }
+        else {
+            return null;
+        }
+    }
+
     private static List<String> getTaxonomyStringFromCommonName( final String cn, final int max_lines_to_return )
             throws IOException {
         return queryUniprot( "taxonomy/?query=common%3a%22" + encode( cn ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
@@ -188,7 +286,7 @@ public final class UniProtWsTools {
         return queryUniprot( "taxonomy/?query=mnemonic%3a%22" + encode( code ) + "%22&format=tab", max_lines_to_return );
     }
 
-    private static List<UniProtTaxonomy> hack( final UniProtTaxonomy tax ) {
+    private static List<UniProtTaxonomy> uniProtTaxonomyToList( final UniProtTaxonomy tax ) {
         final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
         l.add( tax );
         return l;
@@ -201,7 +299,13 @@ public final class UniProtWsTools {
                 // Ignore empty lines.
             }
             else if ( line.startsWith( "Taxon" ) ) {
-                //TODO next the check format FIXME
+                final String[] items = line.split( "\t" );
+                if ( !( items[ 1 ].equalsIgnoreCase( "Mnemonic" ) && items[ 2 ].equalsIgnoreCase( "Scientific name" )
+                        && items[ 3 ].equalsIgnoreCase( "Common name" ) && items[ 4 ].equalsIgnoreCase( "Synonym" )
+                        && items[ 5 ].equalsIgnoreCase( "Other Names" ) && items[ 6 ].equalsIgnoreCase( "Reviewed" )
+                        && items[ 7 ].equalsIgnoreCase( "Rank" ) && items[ 8 ].equalsIgnoreCase( "Lineage" ) ) ) {
+                    throw new IOException( "Unreconized UniProt Taxonomy format: " + line );
+                }
             }
             else {
                 if ( line.split( "\t" ).length > 4 ) {
@@ -237,7 +341,9 @@ public final class UniProtWsTools {
         String line;
         final List<String> result = new ArrayList<String>();
         while ( ( line = in.readLine() ) != null ) {
-            System.out.println( line );
+            if ( DEBUG ) {
+                System.out.println( line );
+            }
             result.add( line );
             if ( result.size() > max_lines_to_return ) {
                 break;