cmd = "#{PRG} -ie=10 -a -pe=1 -m=RRMa -s=#{taxon} #{taxon}.hmmscan_260 #{taxon}_ie10_domain_table > #{taxon}_ie10_summary_table.txt"
puts cmd
output = IO.popen( cmd )
- elsif f =~ /^([A-Z0-9]{3,6})_cdhit090\.hmmscan_260/
+ elsif f =~ /^([A-Z0-9]{3,6})_cdhit090\.hmmscan_260/
taxon = $1
cmd = "#{PRG} -ie=10 -a -pe=1 -m=RRMa -s=#{taxon} #{taxon}_cdhit090.hmmscan_260 #{taxon}_cdhit090_ie10_domain_table > #{taxon}_cdhit090_ie10_summary_table.txt"
puts cmd
output = IO.popen( cmd )
- end
+ end
end
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