git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
0.9916 beta
[jalview.git] / forester / test_data / temp.txt
diff --git a/forester/test_data/temp.txt b/forester/test_data/temp.txt
index 1993c20..6274dc6 100644 (file)
--- a/forester/test_data/temp.txt
+++ b/forester/test_data/temp.txt
@@ -1,65 +1,189 @@
-
-1.69 0.00 1.52 1.48 1.45 1.44 1.46     1.69=0  
-1.72 1.52 0.00 0.71 0.60 0.62 0.56     1.52=1  1.72=0  
-1.66 1.48 0.71 0.00 0.46 0.51 0.47     0.71=2  1.48=1  1.66=0  
-1.52 1.45 0.60 0.46 0.00 0.35 0.31     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-1.60 1.44 0.62 0.51 0.35 0.00 0.27     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
-1.59 1.46 0.56 0.47 0.31 0.27 0.00     0.27=5  0.31=4  0.47=3  0.56=2  1.46=1  1.59=0  
-N=7
-
-1.69 0.00 1.52 1.48 1.45 1.44 1.46     1.69=0  
-1.72 1.52 0.00 0.71 0.60 0.62 0.56     1.52=1  1.72=0  
-1.66 1.48 0.71 0.00 0.46 0.51 0.47     0.71=2  1.48=1  1.66=0  
-1.52 1.45 0.60 0.46 0.00 0.35 0.31     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-1.60 1.44 0.62 0.51 0.35 0.00 0.27     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
-1.59 1.46 0.56 0.47 0.31 0.27 0.00     0.27=5  0.31=4  0.47=3  0.56=2  1.46=1  1.59=0  
-
-0 1 => -2.08 (1.69)
+S
+  OK.
+NJR
+0->9.78610  
+0->9.78610  1->9.04220  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  4->4.68640  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  4->4.68640  5->4.78480  
+0 1
 Node Bovine joins Mouse
--------------------------------------------------------------
-
-N=6
-
-0.78 0.00 0.71 0.60 0.62 0.56     1.52=1  1.72=0  
-0.73 0.71 0.00 0.46 0.51 0.47     0.71=2  1.48=1  1.66=0  
-0.64 0.60 0.46 0.00 0.35 0.31     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-0.68 0.62 0.51 0.35 0.00 0.27     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
-0.68 0.56 0.47 0.31 0.27 0.00     0.27=5  0.31=4  0.47=3  0.56=2  1.46=1  1.59=0  
-
-0 1 => -0.91 (0.78)
+0.77820 0.72905 0.64210 0.67830 0.68340 1----->2
+2----->3
+3----->4
+4----->5
+5----->6
+0-->0
+1-->2
+2-->3
+3-->4
+4-->5
+5-->6
+6-->6
+0->3.51105  
+0->3.51105  1->3.26170  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  3->2.35770  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  3->2.35770  4->2.41990  
+0 1
 Node 7 (Bovine+Mouse) joins Gibbon
--------------------------------------------------------------
-
-N=5
-
-0.33 0.00 0.46 0.51 0.47     0.71=2  1.48=1  1.66=0  
-0.23 0.46 0.00 0.35 0.31     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-0.26 0.51 0.35 0.00 0.27     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
-0.23 0.47 0.31 0.27 0.00     0.27=5  0.31=4  0.47=3  0.56=2  1.46=1  1.59=0  
-
-3 4 => -0.62 (0.27)
+0.33117 0.22985 0.25900 0.23175 2----->3
+3----->4
+4----->5
+5----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->3
+2-->4
+3-->5
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->1.05177  
+0->1.05177  1->1.77138  
+0->1.05177  1->1.77138  2->1.34965  
+0->1.05177  1->1.77138  2->1.34965  3->1.38270  
+3 4
 Node Chimp joins Human
--------------------------------------------------------------
-
-N=4
-
-0.33 0.00 0.46 0.51     0.71=2  1.48=1  1.66=0  
-0.23 0.46 0.00 0.35     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-0.11 0.35 0.19 0.00     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
-
-0 1 => -0.58 (0.33)
+0.11077 0.35395 0.19375 6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->3
+2-->4
+3-->5
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->0.67180  
+0->0.67180  1->1.14822  
+0->0.67180  1->1.14822  2->0.88670  
+0 1
 Node 8 (7+Gibbon) joins Orang
--------------------------------------------------------------
-
-N=3
+0.18089 0.06677 3----->4
+4----->5
+5----->6
+6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->4
+2-->5
+3-->6
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->0.24766  
+0->0.24766  1->0.37464  
+0 2
+Node 10 (8+Orang) joins 9 (Chimp+Human)
+0.15393 5----->6
+6----->6
+6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->4
+2-->6
+3-->6
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+Node 11 (10+9) joins Gorilla
+============================================================================================
 
-0.18 0.00 0.35     0.46=3  0.60=2  1.45=1  1.52=0  
-0.07 0.19 0.00     0.35=4  0.51=3  0.62=2  1.44=1  1.60=0  
 
-0 2 => -0.44 (0.07)
+0->9.78610  
+0->9.78610  1->9.04220  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  4->4.68640  
+0->9.78610  1->9.04220  2->5.72650  3->5.29640  4->4.68640  5->4.78480  
+0 1
+Node Bovine joins Mouse
+1----->2
+2----->3
+3----->4
+4----->5
+5----->6
+0-->0
+1-->2
+2-->3
+3-->4
+4-->5
+5-->6
+6-->6
+0->3.51105  
+0->3.51105  1->3.26170  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  3->2.35770  
+0->3.51105  1->3.26170  2->2.88075  3->2.35770  4->2.41990  
+0 1
+Node 7 (Bovine+Mouse) joins Gibbon
+2----->3
+3----->4
+4----->5
+5----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->3
+2-->4
+3-->5
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->1.05177  
+0->1.05177  1->1.77138  
+0->1.05177  1->1.77138  2->1.34965  
+0->1.05177  1->1.77138  2->1.34965  3->1.38270  
+3 4
+Node Chimp joins Human
+6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->3
+2-->4
+3-->5
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->0.67180  
+0->0.67180  1->1.14822  
+0->0.67180  1->1.14822  2->0.88670  
+0 1
+Node 8 (7+Gibbon) joins Orang
+3----->4
+4----->5
+5----->6
+6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->4
+2-->5
+3-->6
+4-->6
+5-->6
+6-->6
+0->0.24766  
+0->0.24766  1->0.37464  
+0 2
 Node 10 (8+Orang) joins 9 (Chimp+Human)
--------------------------------------------------------------
-
+5----->6
+6----->6
+6----->6
+6----->6
+0-->0
+1-->4
+2-->6
+3-->6
+4-->6
+5-->6
+6-->6
 Node 11 (10+9) joins Gorilla
+0: 
+1: 1.6866->0  
+2: 1.5232->1  1.7198->0  
+3: 0.7115->2  1.4841->1  1.6606->0  
+4: 0.4631->3  0.5958->2  1.4465->1  1.5243->0  
+5: 0.3484->4  0.5061->3  0.6179->2  1.4389->1  1.6043->0  
+6: 0.2692->5  0.3083->4  0.4710->3  0.5583->2  1.4629->1  1.5905->0