JAL-3407 release notes for JAL-3412
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index 1cdfd89..cc6b1f9 100755 (executable)
@@ -58,15 +58,40 @@ li:before {
     <tr>
       <td width="60" align="center" nowrap><strong><a
           name="Jalview.2.11.1">2.11.1</a><a name="Jalview.2.11.1.0">.0</a><br />
-          <em>16/2/2020</em></strong></td>
+          <em>25/2/2020</em></strong></td>
       <td align="left" valign="top">
         <ul>
+          <li><!-- JAL-3121 -->Feature attributes from VCF files can be exported and re-imported as GFF3 files
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS,
+            ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3375 -->More robust VCF numeric data field
+            validation while parsing (e.g. AF* attributes)
+          </li>
           <li>
-            <!-- JAL-3376 -->Record &quot;fixed column&quot; values POS, ID, QUAL, FILTER from VCF as Feature Attributes
+            <!-- JAL-3538 -->Font anti-aliasing in alignment views
+            enabled by default
           </li>
           <li>
           <!-- JAL -->
           </li>
+        </ul><em>Jalview Installer</em>
+       <ul>
+          <li>
+            <!-- JAL-3449 -->Versions for install4j and getdown and installer template version reported
+            in console (may be null when Jalview launched as executable jar or via conda)
+          </li>
+          <li>
+           <!-- JAL-3393 -->Layout improvements for OSX .dmg Finder and higher quality background images
+         </li>
+          <li>
+           <!-- JAL-3393 -->New installer/application launcher generated with install4j 8.0.4
+          </li>
+         <li><!-- JAL-3420 -->Jalview File Associations shown for Unix Platforms</li>
+         <li><!-- JAL-3477 -->Improved defaults for maximum memory setting when running on large memory machines</li>
         </ul> <em>Release processes</em>
         <ul>
           <li>
@@ -89,7 +114,10 @@ li:before {
             <!-- -->
           </li>
           <li>
-            <!-- -->
+            <!-- JAL-3412 -->ID margin for CDS and Protein views not equal when split frame is first opened
+          </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3296 -->Sequence position numbers in status bar not correct after editing a sequence's start position via GUI
           </li>
           <li>
             <!-- JAL-3377 -->Alignment is misaligned in wrapped mode
@@ -125,6 +153,9 @@ li:before {
           <li>
             <!-- JAL-2987 -->OSX - Can't view results in PDB/Uniprot FTS
           </li>
+       </ul> <em>Installer</em>
+        <ul>
+          <li><!-- JAL-3447 -->Jalview does not automatically create file associations for 3D structure files (.pdb, .mmcif. .cif)</li>
         </ul> <em>Repository and Source Release</em>
         <ul>
           <li>
@@ -144,6 +175,9 @@ li:before {
             clipped in headless figure export when Right Align option
             enabled
           </li>
+          <li>
+            <!-- JAL-3542 -->Jalview Installation type always reports 'Source' in console output.
+          </li>
         </ul>
       </td>
     </tr>