JAL-913; Extending documentation; VARNA help;

[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html

index 1f14352..74bf247 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,6 +1,6 @@
  <html>
  <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
   * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   * 
   * This file is part of Jalview.
@@ -15,7 +15,7 @@
   * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
   * 
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
---!>
+-->
  <head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
  <body>
  <p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
@@ -30,6 +30,12 @@
  <p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from 
  the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the 
  clipboard. 
+
+<p><strong>Sequence logo</strong></p> 
+By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
+indicates the relative amount of residues per column which can be
+estimated by it's size in the logo. The tooltip of a column gives the
+exact numbers for all occuring residues.
  </p>
  </body>
  </html>