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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html
deleted file mode 100644 (file)
index d0c524f..0000000
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ /dev/null
@@ -1,46 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
- * 
- * This file is part of Jalview.
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- * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
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- * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
- * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
- * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
- * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
- * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
-<head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
-<body>
-<p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
-<p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal 
-  residue per column. By default this calculation takes includes gaps in column. 
-  You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label 
-  &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart. 
-<p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol 
-  is used in the display for the simple reason that it is not possible to display 
-  multiple characters in a single character space.
-<p><strong>Copying the consensus sequence</strong></p>
-<p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from 
-the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the 
-clipboard. 
-
-<p><strong>Sequence logo</strong></p>
-       By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
-       indicates the relative amount of residues per column which can be
-       estimated by it's size in the logo. The tooltip of a column gives the
-       exact numbers for all occuring residues.
-       <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
-       sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
-       click on the annotation row label and select
-       <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
-       logo to the same height.
-       </p>
-</body>
-</html>