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JAL-958
[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html
index 5a962a4..d0c524f 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -30,6 +30,17 @@
 <p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from 
 the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the 
 clipboard. 
-</p>
+
+<p><strong>Sequence logo</strong></p>
+       By clicking on the label you can also activate the sequence logo. It
+       indicates the relative amount of residues per column which can be
+       estimated by it's size in the logo. The tooltip of a column gives the
+       exact numbers for all occuring residues.
+       <br />If columns of the alignment are very diverse, then it can
+       sometimes be difficult to see the sequence logo - in this case, right
+       click on the annotation row label and select
+       <strong>Normalise Consensus Logo</strong> to scale all columns of the
+       logo to the same height.
+       </p>
 </body>
 </html>