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2.5.1 release branding
[jalview.git] / help / html / calculations / consensus.html
diff --git a/help/html/calculations/consensus.html b/help/html/calculations/consensus.html
index e18e273..fb0aae8 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/consensus.html
+++ b/help/html/calculations/consensus.html
@@ -1,3 +1,20 @@
+#-------------------------------------------------------------------------------
+# Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
+# Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+# 
+# This file is part of Jalview.
+# 
+# Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+# modify it under the terms of the GNU General Public License 
+# as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+# 
+# Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+# WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+# of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+# PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+# 
+# You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+#-------------------------------------------------------------------------------
 <html>
 <!--
  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
@@ -16,3 +33,20 @@
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
 -->
+<head><title>Alignment Consensus Annotation</title></head>
+<body>
+<p><strong>Alignment Consensus Annotation</strong></p>
+<p>The consensus displayed below the alignment is the percentage of the modal 
+  residue per column. By default this calculation takes includes gaps in column. 
+  You can choose to ignore gaps in the calculation by right clicking on the label 
+  &quot;Consensus&quot; to the left of the consensus bar chart. 
+<p>If the modal value is shared by more than 1 residue, a &quot;+&quot; symbol 
+  is used in the display for the simple reason that it is not possible to display 
+  multiple characters in a single character space.
+<p><strong>Copying the consensus sequence</strong></p>
+<p>Select the <strong>&quot;Copy Consensus Sequence&quot;</strong> entry from 
+the consensus annotation label to copy the alignment's consensus sequence to the 
+clipboard. 
+</p>
+</body>
+</html>