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JAL-1793 spike branch updated to latest
[jalview.git] / help / html / calculations / pairwise.html
diff --git a/help/html/calculations/pairwise.html b/help/html/calculations/pairwise.html
index 48cebdf..1090253 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/pairwise.html
+++ b/help/html/calculations/pairwise.html
@@ -19,22 +19,40 @@
  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
-<head><title>Pairwise Alignment</title></head>
+<head>
+<title>Pairwise Alignment</title>
+</head>
 <body>
-<p><strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong></p>
-<p>This calculation is performed on the selected sequences only. Java is not the
-  fastest language in the world and aligning more than a handful of sequences
-  will take a fair amount of time. <br>
-  For each pair of sequences the best global alignment is found using BLOSUM62
-  as the scoring matrix. The scores reported are the raw scores. The sequences
-  are aligned using a dynamic programming technique and using the following gap
-  penalties : </p>
-<p>Gap open : 12 <br>
-  Gap extend : 2 </p>
-<p>When you select the pairwise alignment option a new window will come up which
-  will display the alignments in a text format as they are calculated. Also displayed
-  is information about the alignment such as alignment score, length and percentage
-  identity between the sequences.</p>
-<p>&nbsp; </p>
+  <p>
+    <strong>Pairwise alignment (Proteins only)</strong>
+  </p>
+  <p>
+    This calculation is performed on the selected sequences only. Java
+    is not the fastest language in the world and aligning more than a
+    handful of sequences will take a fair amount of time. <br> For
+    each pair of sequences the best global alignment is found using
+    BLOSUM62 as the scoring matrix. The scores reported are the raw
+    scores. The sequences are aligned using a dynamic programming
+    technique and using the following gap penalties :
+  </p>
+  <p>
+    Gap open : 12 <br> Gap extend : 2
+  </p>
+  <p>When you select the pairwise alignment option, a new window
+    will come up which displays the alignments in a text format, for
+    example:</p>
+  <p>
+  <pre>
+    FER1_SPIOL/5-13 TTMMGMAT<br />
+                    |. .. ||<br />
+    FER1_MESCR/5-15 TAALSGAT
+    </pre>
+  shows the aligned sequences, where '|' links identical residues, and
+  (for peptide) '.' links residues that have a positive PAM250 score.
+  <p>The window also shows information about the alignment such as
+    alignment score, length and percentage identity between the
+    sequences.</p>
+  <p>A button is also provided to allow you to view the sequences as
+    an alignment.</p>
 </body>
 </html>