JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction...
[jalview.git] / help / html / calculations / redundancy.html
index 4b42238..5b1badb 100755 (executable)
@@ -1,16 +1,40 @@
 <html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head>
 <title>Removing Redundancy</title>
 </head>
 <body>
-<p><strong>Removing redundancy</strong></p>
-<p>Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
-menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
-asking you to select a threshold. If the percentage identity between the
-aligned positions of any two sequences in the visible alignment exceeds
-this value, the shorter sequence is discarded.<br><em>Note:</em> The redundancy
-calculation is done when the dialog box is opened. For large numbers
-of sequences this can take a long time as all pairs have to be compared.
-</p>
+  <p>
+    <strong>Removing redundancy</strong>
+  </p>
+  <p>
+    Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
+    menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
+    asking you to select a threshold. If the percentage identity between
+    the aligned positions of any two sequences in the visible alignment
+    exceeds this value, the shorter sequence is discarded.<br> <em>Note:</em>
+    The redundancy calculation is done when the dialog box is opened.
+    For large numbers of sequences this can take a long time as all
+    pairs have to be compared.
+  </p>
 </body>
 </html>