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[jalview.git] / help / html / calculations / scorematrices.html
diff --git a/help/html/calculations/scorematrices.html b/help/html/calculations/scorematrices.html

index 3858b53..5c4a498 100644 (file)
--- a/help/html/calculations/scorematrices.html
+++ b/help/html/calculations/scorematrices.html
@@ -1,22 +1,24 @@
  <html>
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- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.1)
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  <head>
  <title>Substitution matrices in Jalview</title>
  </head>
@@ -25,7 +27,7 @@
  <p>Jalview includes a small number of built in substitution matrices, used for different types of analysis.</p>
  <ul>
  <li><a href="#blosum62">BLOSUM62</a> is the standard protein sequence alignment and analysis matrix.</li>
-<li><a href="#pam250">PAM250</a> is another standard protein matrix, but not currently available for use from Jalview's user interface.</li>
+<li><a href="#pam250">PAM250</a> is another standard protein matrix, and (since 2.8.1) is available for Tree and PCA calculations.</li>
  <li><a href="#simplenucleotide">Simple Nucleotide Substition</a> is a (fairly) arbitrary DNA/RNA substitution matrix.</li>
  <!--  <li><a href="#conservation">Conservation Matrices</a> A range of matrices for distinguishing amino-acids by physicochemical property conservation.
  </li> -->
@@ -60,6 +62,8 @@
  <tr><td>Z</td><td>-1</td><td>1</td><td>-3</td><td>1</td><td>4</td><td>-3</td><td>-2</td><td>0</td><td>-3</td><td>1</td><td>-3</td><td>-1</td><td>0</td><td>-1</td><td>3</td><td>0</td><td>0</td><td>-1</td><td>-1</td><td>-2</td><td>-3</td><td>-1</td><td>-2</td><td>4</td></tr>
  </table>
  <p><strong><a name="pam250">PAM250</a></strong><br/>
+<em><strong>P</strong>ercentage <strong>A</strong>ccepted <strong>M</strong>utation matrix. PAM250 estimates substitutions after 250% of sites have changed (each site can be mutated multple times).<br/>
+Jalview 2.8.1 introduced support for PAM250 based <a href="../calculations/pca.html">PCA</a> and <a href="../calculations/trees.html">tree</a> calculations.</em>
  <table border="1">
  <tr><td></td><td>&nbsp;A&nbsp;</td><td>&nbsp;B&nbsp;</td><td>&nbsp;C&nbsp;</td><td>&nbsp;D&nbsp;</td><td>&nbsp;E&nbsp;</td><td>&nbsp;F&nbsp;</td><td>&nbsp;G&nbsp;</td><td>&nbsp;H&nbsp;</td><td>&nbsp;I&nbsp;</td><td>&nbsp;K&nbsp;</td><td>&nbsp;L&nbsp;</td><td>&nbsp;M&nbsp;</td><td>&nbsp;N&nbsp;</td><td>&nbsp;P&nbsp;</td><td>&nbsp;Q&nbsp;</td><td>&nbsp;R&nbsp;</td><td>&nbsp;S&nbsp;</td><td>&nbsp;T&nbsp;</td><td>&nbsp;U&nbsp;</td><td>&nbsp;V&nbsp;</td><td>&nbsp;W&nbsp;</td><td>&nbsp;X&nbsp;</td><td>&nbsp;Y&nbsp;</td><td>&nbsp;Z&nbsp;</td></tr>
  <tr><td>A</td><td>2</td><td>0</td><td>-2</td><td>0</td><td>0</td><td>-3</td><td>1</td><td>-1</td><td>-1</td><td>-1</td><td>-2</td><td>-1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>-2</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>-6</td><td>0</td><td>-3</td><td>0</td></tr>