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Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch'
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
deleted file mode 100755 (executable)
index 3b23a48..0000000
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ /dev/null
@@ -1,96 +0,0 @@
-<html>
-<!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
- * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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- * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
- -->
-<head>
-<title>Annotation Colouring</title>
-</head>
-
-<body>
-       <p>
-               <strong> Annotation Colouring </strong>
-       </p>
-       <p>Jalview allows the columns of an alignment to be coloured using
-               any numerical annotation rows added to that alignment.</p>
-       Select &quot;Colour&quot;
-       <strong>&#8594;</strong> &quot;.. by Annotation&quot; to bring up the
-       Colour by Annotation settings window.
-       <br>
-       <br>
-       <div align="center">
-               <img src="annotationColourSetting.gif" width="471" height="256">
-       </div>
-       <ul>
-               <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using
-                       the top left selection box.<br />If the <strong>Per-sequence
-                               only</strong> tick box is not greyed out, then ticking it will limit the
-                       available annotation rows to just those that are sequence associated
-                       (e.g. T-COFFEE scores and <a
-                       href="../webServices/proteinDisorder.html">protein disorder
-                               predictions</a>), which will colour each sequence according to its own
-                       per-residue scores.<br />
-               <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
-                               in Jalview 2.8</em>
-               </li>
-               <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the
-                       colouring scheme will use the colouring scheme present on the
-                       alignment before the Annotation Colour Settings window was displayed.
-                       <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no colour scheme was
-                               applied previously, then the colours for lines and labels at each
-                               position in the annotation row will be used, for secondary structure
-                               symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
-                               will be coloured black.</em>
-               </li>
-               <li><em>Secondary structure annotation colouring</em><br />By
-                       default, Jalview will employ the helix or sheet colours to shade
-                       sequences and columns by available secondary structure annotation
-                       tracks. In the case of RNA, each structure is processed to identify
-                       distinct RNA helices and rendered in the same way as the <a
-                       href="rnahelicesColouring.html">RNA Helices shading scheme</a>. <em>Structure based sequence shading was added in Jalview 2.8.2</em></li>
-               <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
-                       representing the minimum value in the selected annotation to a colour
-                       representing the maximum value in the selected annotation. Use the
-                       &quot;Min Colour&quot; and &quot;Max Colour&quot; to set the colour
-                       gradient range.
-                       <ul>
-                               <li>Press the &quot;Defaults&quot; button to reset the minimum
-                                       and maximum colours to their default settings (these are configured
-                                       in the applet's parameters or the <a
-                                       href="../features/preferences.html">application's user
-                                               preferences</a>.).<br />
-                               <em>Default min and max colours were introduced in Jalview 2.7</em>
-                       </ul>
-               </li>
-
-               <li>Select whether to colour the alignment above or below an
-                       adjustable threshold with the selection box center left of the
-                       window.</li>
-               <li>Change the threshold value with the slider, or enter the
-                       exact value in the text box.</li>
-               <li>Select the &quot;Threshold is Min/Max&quot; checkbox to
-                       assign colours using the thresholded range's minimum and maximum
-                       values, otherwise the scale will be defined by the range of values in
-                       the annotation row.</li>
-       </ul>
-       <p align="center">
-               <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
-       </p>
-</body>
-</html>